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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5kze | ||||||
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タイトル | N-acetylneuraminate lyase from methicillin-resistant Staphylococcus aureus | ||||||
![]() | N-acetylneuraminate lyase | ||||||
![]() | LYASE / TIM-barrel / N-acetylneuraminate lyase | ||||||
機能・相同性 | ![]() N-acetylneuraminate lyase / N-acetylneuraminate lyase activity / N-acetylneuraminate catabolic process / carbohydrate metabolic process / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | North, R.A. / Watson, A.J.A. / Pearce, F.G. / Muscroft-Taylor, A.C. / Friemann, R. / Fairbanks, A.J. / Dobson, R.C.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure and inhibition of N-acetylneuraminate lyase from methicillin-resistant Staphylococcus aureus. 著者: North, R.A. / Watson, A.J. / Pearce, F.G. / Muscroft-Taylor, A.C. / Friemann, R. / Fairbanks, A.J. / Dobson, R.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 496.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 404.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 511.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 543.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 102.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 148.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33076.465 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: USA300 / 遺伝子: nanA, SAUSA300_0315 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q2FJU9, UniProt: Q2G160*PLUS, N-acetylneuraminate lyase #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.64 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: PEG 3350, ammonium sulfate, Bis Tris |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月2日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9537 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection twin | Operator: h,-k,-l / Fraction: 0.41 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.74→32.223 Å / Num. obs: 213902 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 3.6 % / Rsym value: 0.056 / Net I/av σ(I): 11.734 / Net I/σ(I): 15.9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1f6p 解像度: 1.74→32.223 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.16
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 48.21 Å2 / Biso mean: 15.0893 Å2 / Biso min: 7.38 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.74→32.223 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14
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