PDB-5kxq: mouse POFUT1 in complex with GDP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5kxq

タイトル

mouse POFUT1 in complex with GDP

要素

GDP-fucose protein O-fucosyltransferase 1

キーワード

TRANSFERASE / glycosyltransferase O-fucosyltransferase GT-B inverting

機能・相同性

機能・相同性情報

peptide-O-fucosyltransferase / protein O-linked fucosylation / peptide-O-fucosyltransferase activity / fucosyltransferase activity / regulation of Notch signaling pathway / fucose metabolic process / protein O-linked glycosylation / somitogenesis / Notch signaling pathway / nervous system development ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Li, Z. / Rini, J.M.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2017
タイトル: Recognition of EGF-like domains by the Notch-modifying O-fucosyltransferase POFUT1.
著者: Li, Z. / Han, K. / Pak, J.E. / Satkunarajah, M. / Zhou, D. / Rini, J.M.

履歴

登録	2016年7月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年5月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年5月31日	Group: Database references
改定 1.2	2017年6月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_volume ..._citation.country / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2020年1月8日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5kxq.cif.gz	548.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5kxq.ent.gz	454.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5kxq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5kxq_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5kxq_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	5kxq_validation.xml.gz	57.4 KB	表示
CIF形式データ	5kxq_validation.cif.gz	81.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kx/5kxq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kx/5kxq	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5kxhC 5ky0C 5ky2C 5ky3C 5ky4C 5ky5C 5ky7C 5ky8C 5ky9C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3l27-d 3rzz-d 2p7j-d 6eon-d 4ije-d 2gk6-1 1z0a-d 4yar-d 3p06-3 2ntm-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: GDP-fucose protein O-fucosyltransferase 1

B: GDP-fucose protein O-fucosyltransferase 1

C: GDP-fucose protein O-fucosyltransferase 1

D: GDP-fucose protein O-fucosyltransferase 1

ヘテロ分子

165 kDa, 4 ポリマー
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1

A: GDP-fucose protein O-fucosyltransferase 1

B: GDP-fucose protein O-fucosyltransferase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
82.7 kDa, 2 ポリマー
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2

C: GDP-fucose protein O-fucosyltransferase 1

D: GDP-fucose protein O-fucosyltransferase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
82.7 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	56.140, 251.820, 56.080
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 95.810, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質

GDP-fucose protein O-fucosyltransferase 1 / Peptide-O-fucosyltransferase 1 / O-FucT-1

分子量: 40446.266 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Pofut1 / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q91ZW2, peptide-O-fucosyltransferase

#2: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#3: 化合物

ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP

タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM

#4: 化合物

ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン

分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Na

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 815 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.2 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 1.5M malonic acid, pH 6.0 / PH範囲: 5.5-6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→47 Å / Num. obs: 114238 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 2.2 % / B_iso Wilson estimate: 30 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.036 / Net I/σ(I): 14.2
反射シェル	解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 2.1 % / R_merge(I) obs: 0.421 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / CC_1/2: 0.746 / % possible all: 90

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_2341	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.9→46.499 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 19.45

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1907	5645	4.94 %	0
R_work	0.1616	-	-	-
obs	0.163	114157	94.22 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 95.7 Å² / B_iso mean: 37.4461 Å² / B_iso min: 14.87 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.9→46.499 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10343	0	225	815	11383
B_iso mean	-	-	40.02	44.13	-
残基数	-	-	-	-	1300

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	11013
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.122	15027
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.061	1614
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	1899
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.048	6517

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.9-1.9216	0.324	171	0.2857	3169	3340	82
1.9216-1.9442	0.2929	173	0.2587	3504	3677	90
1.9442-1.9679	0.2633	186	0.2331	3676	3862	98
1.9679-1.9928	0.2601	191	0.2206	3773	3964	97
1.9928-2.019	0.2531	164	0.2165	3729	3893	97
2.019-2.0467	0.2825	203	0.2097	3697	3900	97
2.0467-2.0759	0.2438	198	0.2073	3798	3996	97
2.0759-2.1069	0.222	219	0.1952	3597	3816	97
2.1069-2.1399	0.2437	180	0.1901	3800	3980	97
2.1399-2.1749	0.2395	219	0.1879	3670	3889	96
2.1749-2.2124	0.2194	215	0.1839	3647	3862	96
2.2124-2.2527	0.2406	200	0.1804	3782	3982	97
2.2527-2.296	0.199	180	0.1789	3607	3787	96
2.296-2.3429	0.2087	238	0.1735	3708	3946	96
2.3429-2.3938	0.2238	164	0.1655	3626	3790	96
2.3938-2.4495	0.1981	196	0.1624	3752	3948	95
2.4495-2.5107	0.1934	188	0.1579	3639	3827	95
2.5107-2.5786	0.2005	188	0.1542	3673	3861	96
2.5786-2.6545	0.189	219	0.1606	3637	3856	96
2.6545-2.7402	0.1821	196	0.1599	3572	3768	95
2.7402-2.8381	0.2016	163	0.1575	3695	3858	95
2.8381-2.9517	0.1992	183	0.1623	3654	3837	94
2.9517-3.086	0.1869	186	0.1516	3605	3791	94
3.086-3.2487	0.1891	161	0.1611	3588	3749	93
3.2487-3.4521	0.1955	169	0.1516	3600	3769	93
3.4521-3.7186	0.1578	191	0.1397	3572	3763	93
3.7186-4.0926	0.1571	176	0.1306	3496	3672	91
4.0926-4.6843	0.1438	177	0.1275	3498	3675	90
4.6843-5.8999	0.1485	193	0.1466	3410	3603	90
5.8999-46.513	0.1897	158	0.1761	3338	3496	85

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3675	-0.484	0.1042	0.6701	-0.1333	0.1616	-0.0681	0.1097	0.0001	-0.0039	0.0886	0.1427	0.062	-0.0428	-0.0003	0.2101	0.007	0.0263	0.2202	0.0403	0.2992	16.9927	-54.4545	66.0159
2	1.4039	-0.5912	0.5981	0.8482	0.0839	0.6822	-0.0342	-0.051	-0.0585	0.1971	0.0255	0.3423	0.0478	-0.1398	0.0002	0.2003	-0.0061	0.0704	0.2516	0.0679	0.4271	6.4941	-53.7416	66.1048
3	1.0784	-0.0332	-0.1749	0.6782	-0.2022	1.0374	-0.0642	-0.0972	0.2012	0.1703	0.1233	0.044	0	0.0064	0.0004	0.2155	0.0159	0.0303	0.1762	-0.0015	0.2465	21.3909	-50.6381	69.748
4	0.9536	0.225	0.493	0.7337	0.347	0.8336	-0.0471	0.3131	0.4756	-0.1555	-0.13	-0.1942	-0.2004	0.0723	-0.0003	0.2145	0.0123	0.0372	0.3306	0.0838	0.3815	38.8472	-42.0537	50.8799
5	0.5958	-0.0821	-0.3192	0.5773	0.3282	0.3092	0.0744	0.6475	0.0727	-0.3266	-0.1163	-0.0966	0.1221	-0.0004	-0.0008	0.2675	0.0351	0.0582	0.4787	0.0897	0.3043	42.9621	-51.1435	44.4367
6	1.1493	0.2069	-0.0779	0.8269	-0.1495	0.9527	-0.0093	0.1615	0.1389	-0.1549	-0.0478	-0.1406	-0.0379	0.1063	0.0001	0.169	0.0119	0.0145	0.2326	0.0447	0.2273	38.4587	-51.2726	55.5825
7	1.732	-0.7605	0.3885	0.623	0.0622	0.3256	-0.1603	-0.0989	0.2098	0.1678	0.0965	-0.3286	-0.1096	0.1198	-0.0005	0.2251	0.0169	-0.0677	0.2415	-0.0277	0.3175	26.4845	-16.7714	74.3839
8	0.3464	0.2687	-0.6432	0.3771	-0.1472	2.0687	-0.2912	-0.1118	-0.0181	-0.1477	0.0039	0.3711	-0.01	0.3429	-0.4481	0.2742	0.0131	-0.1866	0.3713	-0.0867	0.647	41.9188	-21.1455	73.9289
9	0.6024	-0.531	-0.2125	0.3748	0.0636	0.5487	-0.0419	0.0741	0.3077	0.1499	0.0629	-0.6409	-0.0506	0.2345	0.0285	0.2342	-0.0003	-0.0609	0.4075	-0.0106	0.6326	41.7329	-20.8484	66.3898
10	1.5378	-0.4996	0.3267	0.8876	0.1939	0.2431	-0.0544	-0.0179	-0.1337	0.1415	0.081	-0.1026	0.0638	0.0113	-0.0018	0.1777	0.0254	-0.0045	0.1741	-0.0082	0.2196	19.393	-22.0491	69.4334
11	0.4301	0.3527	-0.4714	0.4466	-0.1856	0.4846	-0.084	0.1814	-0.4553	-0.3054	-0.1669	0.2997	0.2889	-0.0854	0.0006	0.3253	0.0181	-0.0094	0.3244	-0.0731	0.3784	3.3397	-27.9908	53.8123
12	0.1584	-0.0879	0.0319	0.4684	-0.3064	0.2381	0.1157	0.4538	0.1921	-0.1813	-0.1795	-0.005	-0.1201	0.0033	-0.0008	0.2752	0.0539	-0.0291	0.3556	-0.0418	0.2261	0.4577	-13.9034	50.5365
13	0.8457	-0.2894	0.1957	0.8486	0.11	1.2396	-0.0216	0.0476	-0.1156	-0.0102	-0.0377	0.02	0.0397	-0.0396	0.0002	0.1531	-0.0079	0.0078	0.1979	-0.0194	0.2008	6.3868	-17.8749	61.9524
14	0.5956	-0.0279	-0.1782	1.4463	0.6567	1.7838	-0.0071	-0.0736	-0.0317	0.415	0.0703	-0.1288	0.0327	0.002	0.0026	0.3416	0.0156	-0.049	0.1842	-0.0157	0.154	1.5228	10.29	88.5759
15	0.0146	0.1167	0.1369	0.4201	0.025	0.4759	-0.0488	0.1057	-0.0213	-0.0562	0.0377	0.0217	-0.1008	0.0368	0.0001	0.2139	0.0039	-0.0135	0.2334	-0.0368	0.2456	-1.7151	5.3366	66.0646
16	1.4849	0.2495	-0.0596	1.9049	0.4228	1.714	0.0406	0.0302	0.1232	-0.2573	-0.0508	0.1483	-0.3961	-0.2343	-0.0005	0.3059	0.0883	-0.016	0.2472	-0.0092	0.1846	-10.5552	17.8628	59.108
17	0.1675	0.3246	0.4442	0.5862	0.4532	1.3523	-0.1001	0.1654	-0.0723	-0.185	0.1329	-0.059	-0.0609	0.1095	0.0002	0.3853	-0.0382	0.0658	0.2834	-0.0451	0.2535	13.4396	42.215	73.1625
18	0.2371	0.1665	0.1441	0.0896	0.0194	0.3453	0.0291	-0.022	0.1644	-0.4554	0.242	-0.4564	-0.4432	0.3935	0.0058	0.383	-0.104	0.1269	0.3793	-0.1215	0.3445	19.3221	47.8613	77.2022
19	0.8701	-0.3191	-0.071	1.0667	-0.6805	0.5673	0.272	0.3654	0.0831	-0.5121	0.0679	0.023	-0.1839	0.3237	0.792	0.7502	-0.2011	0.3199	0.4993	-0.0574	0.2648	16.0082	40.1118	58.8169
20	0.1644	-0.1699	0.337	0.3084	-0.2942	0.4596	-0.0348	0.0638	-0.0655	-0.7284	0.0367	0.0542	-0.39	-0.1556	0.0078	0.7532	-0.0647	0.0929	0.4001	-0.0453	0.2652	8.3376	41.6721	58.7875
21	0.2193	0.2201	0.3868	0.3925	0.1546	0.4965	0.0603	0.0744	-0.2285	0.0222	0.1876	-0.1935	0.2609	0.1797	0.0154	0.4134	0.0349	0.0432	0.3262	-0.1089	0.316	16.6934	30.228	68.5955
22	0.3498	0.0826	0.3581	0.2194	-0.0315	1.0305	-0.037	-0.1163	-0.0136	-0.1816	0.1649	0.0121	-0.0848	0.3963	0.0004	0.3285	-0.0242	0.0116	0.2334	-0.0341	0.2407	11.2078	47.6522	89.6746
23	0.6524	0.27	-0.1325	0.6264	-0.4616	0.3621	0.0644	0.1516	-0.1057	-0.1166	0.0598	0.0515	0.315	-0.0019	0.0002	0.3572	0.0021	-0.0479	0.2448	-0.0507	0.21	-5.6086	39.0416	89.5435
24	0.176	-0.0919	-0.1404	0.2522	0.0365	0.1526	0.2189	-0.3545	-0.3085	0.2201	-0.186	0.2855	0.3879	-0.477	0.0027	0.3467	-0.0591	0.0303	0.3645	-0.0615	0.298	-10.6796	39.944	98.9854
25	0.7532	0.4053	0.2624	1.2641	0.3266	1.1005	0.036	-0.0405	0.1187	-0.0198	-0.0973	0.233	-0.0716	-0.2053	-0.0005	0.2848	0.0001	0.0243	0.2525	-0.0447	0.2627	-4.7995	49.859	95.2949
26	0.3896	-0.0741	-0.1893	0.2725	0.309	0.3374	-0.0923	-0.1018	-0.197	0.0413	0.0349	-0.0958	0.2129	-0.0122	-0.0001	0.3086	0.0028	-0.0045	0.2172	-0.0125	0.2223	3.223	39.2911	93.8693

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 33 through 95 )	A	33 - 95
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 96 through 170 )	A	96 - 170
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 171 through 234 )	A	171 - 234
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 235 through 306 )	A	235 - 306
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 307 through 327 )	A	307 - 327
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 328 through 383 )	A	328 - 383
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 33 through 115 )	B	33 - 115
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 116 through 138 )	B	116 - 138
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 139 through 170 )	B	139 - 170
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 171 through 254 )	B	171 - 254
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 255 through 306 )	B	255 - 306
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 307 through 328 )	B	307 - 328
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 329 through 383 )	B	329 - 383
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 33 through 207 )	C	33 - 207
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 208 through 234 )	C	208 - 234
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 235 through 383 )	C	235 - 383
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 33 through 91 )	D	33 - 91
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 92 through 115 )	D	92 - 115
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 116 through 138 )	D	116 - 138
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 139 through 170 )	D	139 - 170
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 171 through 207 )	D	171 - 207
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 208 through 234 )	D	208 - 234
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 235 through 284 )	D	235 - 284
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 285 through 306 )	D	285 - 306
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 307 through 361 )	D	307 - 361
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 362 through 384 )	D	362 - 384

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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