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- PDB-5kxi: X-ray structure of the human Alpha4Beta2 nicotinic receptor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kxi
タイトルX-ray structure of the human Alpha4Beta2 nicotinic receptor
要素(Neuronal acetylcholine receptor subunit ...) x 2
キーワードTRANSPORT PROTEIN / acetylcholine receptor / Cys-loop receptor / ligand-gated ion channel / membrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


vestibulocochlear nerve development / lateral geniculate nucleus development / regulation of circadian sleep/wake cycle, REM sleep / regulation of synaptic transmission, dopaminergic / synaptic transmission involved in micturition / quaternary ammonium group binding / Highly sodium permeable postsynaptic acetylcholine nicotinic receptors / Highly calcium permeable nicotinic acetylcholine receptors / optic nerve morphogenesis / central nervous system projection neuron axonogenesis ...vestibulocochlear nerve development / lateral geniculate nucleus development / regulation of circadian sleep/wake cycle, REM sleep / regulation of synaptic transmission, dopaminergic / synaptic transmission involved in micturition / quaternary ammonium group binding / Highly sodium permeable postsynaptic acetylcholine nicotinic receptors / Highly calcium permeable nicotinic acetylcholine receptors / optic nerve morphogenesis / central nervous system projection neuron axonogenesis / Highly calcium permeable postsynaptic nicotinic acetylcholine receptors / acetylcholine receptor activity / response to acetylcholine / cholinergic synapse / acetylcholine-gated channel complex / negative regulation of action potential / positive regulation of dopamine secretion / regulation of dopamine metabolic process / behavioral response to nicotine / acetylcholine-gated monoatomic cation-selective channel activity / inhibitory postsynaptic potential / nervous system process / synaptic transmission, cholinergic / acetylcholine binding / acetylcholine receptor signaling pathway / postsynaptic specialization membrane / heterocyclic compound binding / regulation of synapse assembly / regulation of dendrite morphogenesis / action potential / regulation of dopamine secretion / plasma membrane raft / B cell activation / associative learning / membrane depolarization / social behavior / ligand-gated monoatomic ion channel activity / smooth muscle contraction / monoatomic ion transport / positive regulation of B cell proliferation / sensory perception of pain / visual perception / regulation of membrane potential / learning / response to cocaine / locomotory behavior / response to nicotine / sensory perception of sound / visual learning / memory / cognition / calcium ion transport / presynaptic membrane / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane / response to ethanol / response to oxidative stress / response to hypoxia / neuron projection / external side of plasma membrane / DNA repair / neuronal cell body / dendrite / synapse / protein-containing complex binding / signal transduction / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Nicotinic acetylcholine receptor / Acetylcholine Binding Protein; Chain: A, / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel, conserved site / Neurotransmitter-gated ion-channels signature. / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel ...Nicotinic acetylcholine receptor / Acetylcholine Binding Protein; Chain: A, / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel, conserved site / Neurotransmitter-gated ion-channels signature. / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(S)-3-(1-METHYLPYRROLIDIN-2-YL)PYRIDINE / Neuronal acetylcholine receptor subunit beta-2 / Neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.941 Å
データ登録者Morales-Perez, C.L. / Noviello, C.M. / Hibbs, R.E.
資金援助 米国, 9件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)T32 NS069562 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI)Gilliam Fellowship 米国
National Institutes of Health/National Institute on Drug Abuse (NIH/NIDA)DA037492 米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)NS077983 米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)NS095899 米国
Welch FoundationI-1812 米国
McKnight Scholar Award 米国
Klingenstein-Simons Fellowship Award 米国
National Institutes of Health/National Institute on Drug Abuse (NIH/NIDA)DA042072 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: X-ray structure of the human alpha 4 beta 2 nicotinic receptor.
著者: Morales-Perez, C.L. / Noviello, C.M. / Hibbs, R.E.
履歴
登録2016年7月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月19日Group: Database references
改定 1.22016年11月2日Group: Database references
改定 1.32017年9月27日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年11月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.62024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.72024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-4
B: Neuronal acetylcholine receptor subunit beta-2
C: Neuronal acetylcholine receptor subunit beta-2
D: Neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-4
E: Neuronal acetylcholine receptor subunit beta-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)231,42513
ポリマ－229,9715
非ポリマー1,4538
水905
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area28830 Å2
ΔGint-178 kcal/mol
Surface area74570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)127.099, 132.633, 202.440
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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Neuronal acetylcholine receptor subunit ... , 2種, 5分子 ADBCE

#1: タンパク質 Neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-4


分子量: 44862.367 Da / 分子数: 2
断片: UNP residues 27-364, 586-627,UNP residues 27-364, 586-627
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CHRNA4, NACRA4 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P43681
#2: タンパク質 Neuronal acetylcholine receptor subunit beta-2


分子量: 46748.863 Da / 分子数: 3
断片: UNP residues 26-355,446-502,UNP residues 26-353,446-502
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CHRNB2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P17787

-
糖 , 1種, 5分子

#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 8分子

#4: 化合物 ChemComp-NCT / (S)-3-(1-METHYLPYRROLIDIN-2-YL)PYRIDINE / (S)-(-)-NICOTINE / 3-[(2S)-1-METHYL-2-PYRROLIDINYL] PYRIDINE / ニコチン


分子量: 162.232 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C10H14N2 / コメント: alkaloid*YM
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.85 %
結晶化温度: 287.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.05 M ADA pH 6.8, 12.5% PEG 1500 and 10% PEG 1000

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データ収集

回折平均測定温度: 93.15 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.94→40 Å / Num. obs: 30759 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 9.1 % / Rmerge(I) obs: 0.137 / Rpim(I) all: 0.044 / Net I/σ(I): 14.9
反射 シェル解像度: 3.94→4.01 Å / 冗長度: 7.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / CC1/2: 0.547 / Rpim(I) all: 0.716 / % possible all: 97.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Homology model

解像度: 3.941→24.996 Å / SU ML: 0.62 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 34.78
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3074 1330 4.98 %
Rwork0.2849 --
obs0.286 26718 86.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.941→24.996 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14705 0 95 5 14805
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00315223
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.74520807
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.2885519
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0452448
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062533
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.9407-4.08090.4016500.3761953X-RAY DIFFRACTION33
4.0809-4.24360.3672970.36951671X-RAY DIFFRACTION59
4.2436-4.43570.29571260.33392286X-RAY DIFFRACTION79
4.4357-4.66810.34031380.30472798X-RAY DIFFRACTION97
4.6681-4.95850.37211490.3032899X-RAY DIFFRACTION99
4.9585-5.33790.31931550.29292910X-RAY DIFFRACTION100
5.3379-5.86870.29751720.29412884X-RAY DIFFRACTION100
5.8687-6.70360.33471300.32582956X-RAY DIFFRACTION100
6.7036-8.39240.29921550.27962965X-RAY DIFFRACTION100
8.3924-24.99670.2771580.253066X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.98813.1543-5.0973.0757-2.52575.04150.2422-0.2235-1.12550.3402-0.2927-0.8997-0.28470.125401.66540.1753-0.05361.4226-0.03781.88373.777-19.0905-26.902
25.63280.73983.75271.8199-1.38970.49030.7795-2.497-1.8070.433-0.0251.48030.093-0.7206-01.6158-0.02060.26972.73470.58462.190118.9977-20.5078-5.8247
310.8137-0.3129-3.15841.9489-0.27214.3989-0.12980.0741-0.0737-1.0761-0.2724-0.45040.29670.039501.94440.1570.10081.2421-0.00881.433161.104-20.9502-50.1244
42.31120.89430.7442.57561.30141.2409-0.3382-0.0549-0.41310.20960.06341.30240.2667-1.090501.53590.1090.19972.42660.24442.16099.834-13.0864-24.6448
57.68691.3892-5.51073.71110.41796.83650.08040.35520.11720.0555-0.3181-0.7725-0.5436-0.074801.8478-0.0220.21291.2407-0.161.917165.545721.5556-40.3198
61.8461-1.6315-2.49232.76133.83811.84590.3405-0.494-0.30550.7789-0.34710.3894-1.2652-0.9549-02.44770.7320.51842.65520.09611.909419.437115.7746-3.9826
78.93860.5531-2.82534.05270.74654.9127-0.06010.1591-0.0438-1.05410.5269-0.4829-0.1075-0.0163-01.93380.04580.03771.25960.05631.350155.74174.0283-58.6736
80.2169-2.33170.5874.85951.57983.2277-0.0390.1066-0.55850.53350.04911.6685-0.6863-1.803701.42080.35920.1142.6222-0.01562.02539.81399.5629-23.9046
95.48820.954-2.18142.8896-1.49554.3469-0.1934-0.2996-0.25120.1885-0.1921-1.0719-0.17680.365101.6361-0.0382-0.34571.5918-0.26862.026377.74637.7345-21.1054
102.15480.66760.8164-1.16283.64446.14720.9156-1.5166-0.2880.8719-0.5311-0.080.2367-1.520402.19520.15870.15092.4120.13761.934927.3576-2.41885.734
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 8 through 217 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 218 through 381 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 1 through 206 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 207 through 373 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'D' and (resid 8 through 217 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'D' and (resid 218 through 381 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 1 through 206 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 207 through 373 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'E' and (resid 1 through 206 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'E' and (resid 207 through 373 )

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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