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- PDB-5kvu: Crystal structure of isocitrate dehydrogenase-2 in complex with N... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kvu
タイトルCrystal structure of isocitrate dehydrogenase-2 in complex with NADP(+) from Mycobacterium tuberculosis
要素Isocitrate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / ICD / Structural Genomics / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC
機能・相同性
機能・相同性情報


isocitrate metabolic process / isocitrate dehydrogenase (NADP+) / isocitrate dehydrogenase (NADP+) activity / glyoxylate cycle / tricarboxylic acid cycle / peptidoglycan-based cell wall / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / extracellular region / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Isocitrate dehydrogenase NADP-dependent, monomeric / Monomeric isocitrate dehydrogenase
類似検索 - ドメイン・相同性
MALONIC ACID / D-MALATE / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / SUCCINIC ACID / Isocitrate dehydrogenase [NADP] 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.66 Å
データ登録者Cheng, Y.S. / Sacchettini, J.C. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural and kinetic characterization of isocitrate dehydrogenase-2 from Mycobacterium tuberculosis
著者: Sacchettini, J.C. / Cheng, Y.S.
履歴
登録2016年7月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年7月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isocitrate dehydrogenase
B: Isocitrate dehydrogenase
C: Isocitrate dehydrogenase
D: Isocitrate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)334,59420
ポリマ－330,6044
非ポリマー3,99116
水7,620423
1
A: Isocitrate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,5904
ポリマ－82,6511
非ポリマー9403
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Isocitrate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,6235
ポリマ－82,6511
非ポリマー9724
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Isocitrate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,7296
ポリマ－82,6511
非ポリマー1,0785
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Isocitrate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,6535
ポリマ－82,6511
非ポリマー1,0024
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.827, 110.861, 114.914
Angle α, β, γ (deg.)86.010, 78.620, 76.790
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Isocitrate dehydrogenase / Probable isocitrate dehydrogenase [NADP] Icd2 (Oxalosuccinate decarboxylase) (IDH) (NADP+-specific ICDH) (IDP)


分子量: 82650.906 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: icd2, Rv0066c, LH57_00380 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O53611, isocitrate dehydrogenase (NADP+)

-
非ポリマー , 7種, 439分子

#2: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-MLT / D-MALATE / (2R)-2-HYDROXYBUTANEDIOIC ACID / 2-HYDROXY-SUCCINIC ACID


分子量: 134.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O5
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-MLA / MALONIC ACID / DICARBOXYLIC ACID C3 / PROPANEDIOLIC ACID / METHANEDICARBOXYLIC ACID


分子量: 104.061 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O4
#6: 化合物 ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID


分子量: 118.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O4
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 423 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.29 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 8-10% Tacsimate and 18-20% (w/v) PEG 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0723 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0723 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.66→50 Å / Num. obs: 99474 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 35.89 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Rpim(I) all: 0.067 / Rrim(I) all: 0.133 / Χ2: 2.136 / Net I/av σ(I): 18.377 / Net I/σ(I): 10.5 / Num. measured all: 390141
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.67-2.723.90.59648920.820.3470.691.34398
2.72-2.773.90.52949740.8510.3070.6111.34198.1
2.77-2.8240.45749260.8860.2650.5281.36298.1
2.82-2.8840.40849450.9040.2360.4721.41298.2
2.88-2.9440.36149210.9150.2090.4171.41898.2
2.94-3.0140.28750120.9440.1660.3321.46798.4
3.01-3.0840.2649610.9520.1510.31.52498.4
3.08-3.1740.22749270.9640.1310.2621.68198.4
3.17-3.2640.19549750.9680.1130.2261.798.6
3.26-3.3640.15549760.9770.090.181.88698.7
3.36-3.483.90.13849700.9820.080.1592.14598.7
3.48-3.623.90.11449720.9870.0660.1322.24998.8
3.62-3.793.90.1149990.9860.0640.1272.58998.9
3.79-3.993.90.09149910.990.0540.1062.74699.1
3.99-4.243.90.07649970.9930.0450.0882.80299.1
4.24-4.563.90.06649680.9950.0390.0773.03799.2
4.56-5.023.90.06250530.9950.0360.0723.01499.4
5.02-5.753.90.06750010.9940.040.0783.08399.5
5.75-7.243.90.06249840.9950.0360.0722.99499.5
7.24-503.80.04250300.9980.0250.0493.05899.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.2_1309精密化
HKL-3000データ収集
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-3000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1j1w

1j1w


解像度: 2.66→48.503 Å / FOM work R set: 0.8258 / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 24.85 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.228 4964 4.99 %
Rwork0.1784 94479 -
obs0.1809 99443 98.32 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 112.22 Å2 / Biso mean: 53.6 Å2 / Biso min: 25.36 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.66→48.503 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数22875 0 259 423 23557
Biso mean--48.21 44.15 -
残基数----2942
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00523647
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.92332046
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0583573
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0044168
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7928892
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.6601-2.69040.33361350.26812718285386
2.6904-2.7220.31311550.25013143329898
2.722-2.75520.32081600.2353182334298
2.7552-2.79010.3111740.23253129330398
2.7901-2.82680.27071540.2273148330298
2.8268-2.86550.30161580.23273157331598
2.8655-2.90640.2941650.23243122328798
2.9064-2.94980.33931760.23183137331398
2.9498-2.99590.26051410.2163214335598
2.9959-3.0450.27811720.2113123329598
3.045-3.09750.26291630.2133170333398
3.0975-3.15380.26941630.21313167333098
3.1538-3.21450.28611710.22483130330199
3.2145-3.28010.27511730.21083200337399
3.2801-3.35140.26741650.19673120328599
3.3514-3.42930.2431740.19063166334099
3.4293-3.51510.24321420.17733178332099
3.5151-3.61010.21911600.17613191335199
3.6101-3.71630.23851650.1773159332499
3.7163-3.83620.21071760.17023186336299
3.8362-3.97320.20861570.16493168332599
3.9732-4.13220.21091890.1653163335299
4.1322-4.32020.20341640.14723130329499
4.3202-4.54780.2011570.14163213337099
4.5478-4.83250.16051690.13713201337099
4.8325-5.20520.19181670.14543153332099
5.2052-5.72830.22141800.16253217339799
5.7283-6.55540.19351910.16283146333799
6.5554-8.25260.16991810.153531913372100
8.2526-48.51120.1621670.13743157332499

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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