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- PDB-5kvs: Substrate Analog and NADP+ bound structure of Irp3, a Thiazolinyl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kvs
タイトルSubstrate Analog and NADP+ bound structure of Irp3, a Thiazolinyl Imine Reductase from Yersinia enterocolitica
要素Irp3 protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / imine reductase / Irp3 / siderophore / substrate analog / HPTT-COOH / yersiniabactin
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Thiazolinyl imide reductase / : / Thiazolinyl imine reductase Irp3-like, C-terminal / : / Gfo/Idh/MocA-like oxidoreductase, N-terminal / Oxidoreductase family, NAD-binding Rossmann fold / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily ...Thiazolinyl imide reductase / : / Thiazolinyl imine reductase Irp3-like, C-terminal / : / Gfo/Idh/MocA-like oxidoreductase, N-terminal / Oxidoreductase family, NAD-binding Rossmann fold / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6XR / FORMIC ACID / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Irp3 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia enterocolitica (腸炎エルシニア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.28 Å
データ登録者Meneely, K.M. / Lamb, A.L.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI77725 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)K02 AI093675 米国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE-1403293 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32 GM08545 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016
タイトル: Holo Structure and Steady State Kinetics of the Thiazolinyl Imine Reductases for Siderophore Biosynthesis.
著者: Meneely, K.M. / Ronnebaum, T.A. / Riley, A.P. / Prisinzano, T.E. / Lamb, A.L.
履歴
登録2016年7月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月5日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Irp3 protein
B: Irp3 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,16910
ポリマ－85,8542
非ポリマー2,3168
水8,539474
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12380 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area26070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.389, 148.553, 65.396
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.30, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Irp3 protein


分子量: 42926.852 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Yersinia enterocolitica (腸炎エルシニア)
遺伝子: irp3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O54512

-
非ポリマー , 5種, 482分子

#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-6XR / (4~{R})-2-[2-(2-hydroxyphenyl)-1,3-thiazol-4-yl]-4,5-dihydro-1,3-thiazole-4-carboxylic acid / (4R)-2-[2-(2-ヒドロキシフェニル)-4-チアゾリル]-2-チアゾリン-4-カルボン酸


分子量: 306.360 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H10N2O3S2
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 474 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.25 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3 / 詳細: 0.2 M sodium formate, pH 7.3, 20% PEG 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.1887 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月29日 / 詳細: Rh coated flat mirror
放射モノクロメーター: Si(111) side scattering I-beam bent single crystal; asymmetric cut 4.9650 deg.
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1887 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.28→39.42 Å / Num. obs: 196862 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 14.26 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル解像度: 1.28→1.34 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.488 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 84.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155)精密化
REFMAC精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5KVQ

5kvq


解像度: 1.28→36.037 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 17.06
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1742 9896 5.03 %Random selection
Rwork0.1616 ---
obs0.1622 196796 96.69 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 20.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.28→36.037 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5563 0 150 474 6187
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0086115
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2528410
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.1452248
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.081923
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081077
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.2751-1.28960.29641900.28573750X-RAY DIFFRACTION58
1.2896-1.30480.26422970.25335248X-RAY DIFFRACTION82
1.3048-1.32070.25833120.24245983X-RAY DIFFRACTION93
1.3207-1.33740.23613150.22066457X-RAY DIFFRACTION100
1.3374-1.3550.21283200.22656358X-RAY DIFFRACTION100
1.355-1.37360.25073420.21546474X-RAY DIFFRACTION100
1.3736-1.39320.20653870.21596355X-RAY DIFFRACTION100
1.3932-1.4140.23313660.20856381X-RAY DIFFRACTION100
1.414-1.43610.22142910.19926483X-RAY DIFFRACTION100
1.4361-1.45960.20733170.19216382X-RAY DIFFRACTION100
1.4596-1.48480.19563550.18266451X-RAY DIFFRACTION100
1.4848-1.51180.20773420.17456355X-RAY DIFFRACTION100
1.5118-1.54090.19283550.16936382X-RAY DIFFRACTION99
1.5409-1.57230.18963140.16466425X-RAY DIFFRACTION99
1.5723-1.60650.18863420.1616360X-RAY DIFFRACTION99
1.6065-1.64390.18893560.166368X-RAY DIFFRACTION99
1.6439-1.6850.16633310.15136327X-RAY DIFFRACTION98
1.685-1.73060.16843550.14926328X-RAY DIFFRACTION98
1.7306-1.78150.17693140.15266312X-RAY DIFFRACTION98
1.7815-1.8390.18473340.15226301X-RAY DIFFRACTION98
1.839-1.90470.15973250.15216348X-RAY DIFFRACTION98
1.9047-1.9810.17113580.15076296X-RAY DIFFRACTION98
1.981-2.07110.15223270.14856311X-RAY DIFFRACTION98
2.0711-2.18030.16033380.1496314X-RAY DIFFRACTION98
2.1803-2.31690.16343230.14636264X-RAY DIFFRACTION98
2.3169-2.49570.15673080.14096316X-RAY DIFFRACTION98
2.4957-2.74680.15623270.156361X-RAY DIFFRACTION98
2.7468-3.14410.17983590.15826341X-RAY DIFFRACTION99
3.1441-3.96040.15733610.15676361X-RAY DIFFRACTION99
3.9604-36.05110.16873350.16436508X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 9.9785 Å / Origin y: 36.1634 Å / Origin z: 15.62 Å
111213212223313233
T0.0659 Å20.0064 Å2-0.0003 Å2-0.1141 Å2-0.0001 Å2--0.0887 Å2
L0.2021 °2-0.0144 °2-0.0494 °2-0.9038 °2-0.2077 °2--0.3335 °2
S0.0175 Å °0.0091 Å °0.0074 Å °-0.0231 Å °0.0226 Å °0.0694 Å °-0.0265 Å °-0.0196 Å °-0.038 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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