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万見
- PDB-5kvn: NMR Solution Structure of Designed Peptide NC_HEE_D1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kvn
タイトルNMR Solution Structure of Designed Peptide NC_HEE_D1
要素Designed peptide NC_HEE_D1
キーワードDE NOVO PROTEIN / designed peptide
生物種synthetic construct (人工物)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Harvey, P.J. / Craik, D.J.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: Accurate de novo design of hyperstable constrained peptides.
著者: Bhardwaj, G. / Mulligan, V.K. / Bahl, C.D. / Gilmore, J.M. / Harvey, P.J. / Cheneval, O. / Buchko, G.W. / Pulavarti, S.V. / Kaas, Q. / Eletsky, A. / Huang, P.S. / Johnsen, W.A. / Greisen, P.J. ...著者: Bhardwaj, G. / Mulligan, V.K. / Bahl, C.D. / Gilmore, J.M. / Harvey, P.J. / Cheneval, O. / Buchko, G.W. / Pulavarti, S.V. / Kaas, Q. / Eletsky, A. / Huang, P.S. / Johnsen, W.A. / Greisen, P.J. / Rocklin, G.J. / Song, Y. / Linsky, T.W. / Watkins, A. / Rettie, S.A. / Xu, X. / Carter, L.P. / Bonneau, R. / Olson, J.M. / Coutsias, E. / Correnti, C.E. / Szyperski, T. / Craik, D.J. / Baker, D.
履歴
登録2016年7月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月26日Group: Database references
改定 1.22016年11月2日Group: Database references
改定 1.32023年6月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Structure summary
カテゴリ: citation / database_2 ...citation / database_2 / entity / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_number_of_molecules / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.42024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Designed peptide NC_HEE_D1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,3321
ポリマ－3,3321
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area2410 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Designed peptide NC_HEE_D1


分子量: 3331.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-1H TOCSY
121isotropic12D 1H-1H NOESY
131isotropic12D 1H-15N HSQC
152isotropic12D 1H-13C HSQC
162isotropic12D 1H-1H ECOSY
172isotropic12D 1H-1H NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution11.0 mg/mL NC_HEE_D1, 90% H2O/10% D2Osample190% H2O/10% D2O
solution21.0 mg/mL NC_HEE_D1, 100% D2Osample2100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.0 mg/mLNC_HEE_D1natural abundance1
1.0 mg/mLNC_HEE_D1natural abundance2
試料状態Ionic strength units: Not defined / Label: conditions_1 / pH: 3 / PH err: 0.05 / 圧: ambient / 温度: 298 K / Temperature err: 0.1

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin2.1Bruker Biospin解析
CcpNMRCCPNchemical shift assignment
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 4
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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