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万見
- PDB-5ktf: Structure of the C-terminal transmembrane domain of scavenger rec... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ktf
タイトルStructure of the C-terminal transmembrane domain of scavenger receptor BI (SR-BI)
要素Scavenger receptor class B member 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / SR-BI / transmembrane domain / cholesterol
機能・相同性
機能・相同性情報


vitamin transmembrane transport / high-density lipoprotein particle receptor activity / Scavenging by Class B Receptors / HDL clearance / intestinal lipid absorption / recognition of apoptotic cell / positive regulation of cholesterol storage / regulation of phosphatidylcholine catabolic process / lipopolysaccharide immune receptor activity / apolipoprotein A-I binding ...vitamin transmembrane transport / high-density lipoprotein particle receptor activity / Scavenging by Class B Receptors / HDL clearance / intestinal lipid absorption / recognition of apoptotic cell / positive regulation of cholesterol storage / regulation of phosphatidylcholine catabolic process / lipopolysaccharide immune receptor activity / apolipoprotein A-I binding / detection of lipopolysaccharide / cholesterol import / low-density lipoprotein particle clearance / blood vessel endothelial cell migration / high-density lipoprotein particle binding / adhesion of symbiont to host / positive regulation of triglyceride biosynthetic process / low-density lipoprotein particle binding / lipopolysaccharide transport / high-density lipoprotein particle clearance / high-density lipoprotein particle remodeling / phospholipid transport / reverse cholesterol transport / cholesterol transport / cholesterol catabolic process / triglyceride homeostasis / endothelial cell proliferation / cholesterol efflux / apolipoprotein binding / cholesterol homeostasis / lipopolysaccharide binding / caveola / amyloid-beta binding / lysosome / cell surface / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CD36/scavenger receptor class B member 1 / CD36 family / CD36 family
類似検索 - ドメイン・相同性
Scavenger receptor class B member 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR
データ登録者Chadwick, A.C. / Peterson, F.C. / Volkman, B.F. / Sahoo, D.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)R01HL58012 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI058072 米国
American Heart AssociationAHA14PRE185800221 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: NMR Structure of the C-Terminal Transmembrane Domain of the HDL Receptor, SR-BI, and a Functionally Relevant Leucine Zipper Motif.
著者: Chadwick, A.C. / Jensen, D.R. / Hanson, P.J. / Lange, P.T. / Proudfoot, S.C. / Peterson, F.C. / Volkman, B.F. / Sahoo, D.
履歴
登録2016年7月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月22日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年12月4日Group: Author supporting evidence / Data collection
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.42023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.52024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Scavenger receptor class B member 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,1861
ポリマ－8,1861
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / -
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 Scavenger receptor class B member 1 / SRB1 / SR-BI


分子量: 8185.792 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Scarb1, Srb1 / プラスミド: pQE30-SMT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-[pREP4] / 参照: UniProt: Q61009

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111anisotropic23D 1H-15N NOESY
121anisotropic23D 1H-13C NOESY aliphatic
131anisotropic23D 1H-13C NOESY aromatic

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試料調製

詳細タイプ: micelle
内容: 1 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] scavenger receptor BI (SR-BI), 5.0 w/v [U-2H] LPPG, 0.02 w/v sodium azide, 90% H2O/10% D2O
Label: SR-BI / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMscavenger receptor BI (SR-BI)[U-99% 13C; U-99% 15N]1
5.0 w/vLPPG[U-2H]1
0.02 w/vsodium azidenatural abundance1
試料状態イオン強度: 0 Not defined / Label: conditon_1 / pH: 6.8 / 圧: 1 atm / 温度: 313 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III5001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6002

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解析

NMR software
名称開発者分類
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
XEASYBartels et al.chemical shift assignment
XEASYBartels et al.peak picking
TopSpinBruker Biospincollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Cloregeometry optimization
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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