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- PDB-5kt8: Crystal structure of the W139F variant of the catalase-peroxidase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kt8
タイトルCrystal structure of the W139F variant of the catalase-peroxidase from B. pseudomallei treated with isoniazid
要素Catalase-peroxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / catalase / peroxidase / W139F / isoniazid / heme
機能・相同性
機能・相同性情報


catalase-peroxidase / catalase activity / hydrogen peroxide catabolic process / cellular response to hydrogen peroxide / heme binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Catalase-peroxidase haem / Peroxidase; domain 2 / Peroxidase, domain 2 / Peroxidase; domain 1 - #10 / Peroxidases heam-ligand binding site / Peroxidase, active site / Peroxidases active site signature. / Plant heme peroxidase family profile. / Haem peroxidase / Peroxidase ...Catalase-peroxidase haem / Peroxidase; domain 2 / Peroxidase, domain 2 / Peroxidase; domain 1 - #10 / Peroxidases heam-ligand binding site / Peroxidase, active site / Peroxidases active site signature. / Plant heme peroxidase family profile. / Haem peroxidase / Peroxidase / Peroxidase; domain 1 / Peroxidases proximal heme-ligand signature. / Haem peroxidase superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / pyridine-4-carbohydrazide / OXYGEN MOLECULE / Catalase-peroxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Loewen, P.C.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)D9600 カナダ
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Structure of the W139F variant of the catalase-peroxidase from B. pseudomallei treated with isoniazid at 2 Angstroms.
著者: Loewen, P.C.
履歴
登録2016年7月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / refine_hist / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _refine_hist.d_res_low / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Catalase-peroxidase
B: Catalase-peroxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,43818
ポリマ－159,0602
非ポリマー2,37816
水21,3661186
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13230 Å2
ΔGint-189 kcal/mol
Surface area49970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.651, 112.782, 174.539
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYGLYAA36 - 11016 - 90
21GLYGLYBB36 - 11016 - 90
12HISHISAA112 - 74892 - 728
22HISHISBB112 - 74892 - 728

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Catalase-peroxidase / CP / Peroxidase/catalase


分子量: 79529.953 Da / 分子数: 2 / 変異: W139F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia pseudomallei (strain 1710b) (類鼻疽菌)
株: 1710b / 遺伝子: katG, BURPS1710b_3366 / プラスミド: pKS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): UM262 / 参照: UniProt: Q3JNW6, catalase-peroxidase

-
非ポリマー , 7種, 1202分子

#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-OXY / OXYGEN MOLECULE / ペルオキシラジカル


分子量: 31.999 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2
#6: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-NIZ / pyridine-4-carbohydrazide / isonicotinic acid hydrazid / イソニアジド


分子量: 137.139 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H7N3O / コメント: 抗生剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1186 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.29 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.1 / 詳細: MPD, 0.1 M sodium citrate, isoniazid

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月9日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→174.539 Å / Num. all: 126470 / Num. obs: 126470 / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 4 % / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.09 / Rsym value: 0.079 / Net I/av σ(I): 9.655 / Net I/σ(I): 14.6 / Num. measured all: 505864
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2-2.113.90.5461.473044186960.30.6270.5462.496.5
2.11-2.243.90.3792.169698176910.2050.4330.3793.596.1
2.24-2.3940.256365219164870.1370.2920.2565.195.6
2.39-2.5840.1874.161098153350.10.2130.1877.195.2
2.58-2.8340.128656115139880.0680.1450.12810.194.5
2.83-3.164.10.0819.551339126710.0430.0920.08115.694
3.16-3.654.10.04317.545120110800.0230.0490.04327.393.1
3.65-4.474.10.02826.33836093400.0150.0320.02840.392.1
4.47-6.324.10.02528.22971871870.0130.0290.02543.590.9
6.32-48.35640.0231.81615339950.0110.0230.0254.988.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC精密化
SCALA3.3.21データスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
REFMAC5.8.0151位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1MWV

1mwv
PDB 未公開エントリ


解像度: 2→48.356 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / WRfactor Rfree: 0.1584 / WRfactor Rwork: 0.1263 / FOM work R set: 0.8486 / SU B: 6.97 / SU ML: 0.097 / SU R Cruickshank DPI: 0.131 / SU Rfree: 0.1244 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.131 / ESU R Free: 0.124 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: MOLECULAR REPLACEMENT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1863 6269 5 %RANDOM
Rwork0.1502 ---
obs0.152 120133 94.03 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 121.19 Å2 / Biso mean: 31.46 Å2 / Biso min: 15.32 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.81 Å20 Å20 Å2
2--2.1 Å20 Å2
3----1.29 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→48.356 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11008 0 160 1186 12354
Biso mean--39.2 35.89 -
残基数----1426
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.01911546
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0210758
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0411.95615708
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.185324630
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.95351442
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.45323.61543
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.897151755
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.3711590
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1320.21659
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.02113343
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0090.022816
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0712.5245724
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.072.5245723
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.9943.7747145
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A43880.07
12B43880.07
21A415740.06
22B415740.06
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.276 478 -
Rwork0.239 9041 -
all-9519 -
obs--96.14 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.01350.0021-0.01970.16360.09380.16680.00090.007-0.01520.00510.0005-0.03040.01710.0042-0.00140.0047-0.00190.00040.0849-0.01550.027-24.3873-61.0521-21.3434
20.1217-0.00690.01760.0309-0.04920.0933-0.026-0.00950.00380.00930.0103-0.0155-0.01280.00030.01580.0208-0.0139-0.01430.07860.00130.0184-9.2819-32.30325.064
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A36 - 807
2X-RAY DIFFRACTION2B36 - 809

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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