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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5kt1 | ||||||
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タイトル | The crystal structure of 4-methylthiobenzoate-bound CYP199A4 | ||||||
![]() | Cytochrome P450 | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / P450 / Substrate | ||||||
機能・相同性 | ![]() cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase activity / steroid hydroxylase activity / cholesterol catabolic process / iron ion binding / heme binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Coleman, T. / Bruning, J.B. / Bell, S.G. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The crystal structure of 4-methylthiobenzoate-bound CYP199A4 著者: Coleman, T. / Bruning, J.B. / Bell, S.G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 103 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 73.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 815.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 817.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 19.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 30 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4do1S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 42898.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: HaA2 / 遺伝子: RPB_3613 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 370分子 ![](data/chem/img/4MI.gif)
![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-4MI / |
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#3: 化合物 | ChemComp-HEM / |
#4: 化合物 | ChemComp-CL / |
#5: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.84 % 解説: rectangular plate - approx dimensions 300 um by 150 um by 20 um |
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結晶化 | 温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.2M Magnesium acetate PEG 3350 - 23% w/v Bis-Tris 0.1M - pH 5.5 PH範囲: 5.25-6 / Temp details: 16 celsius |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月21日 | ||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9537 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.01→44.05 Å / Num. obs: 23479 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.1 % / CC1/2: 0.984 / Rmerge(I) obs: 0.297 / Rpim(I) all: 0.119 / Rrim(I) all: 0.32 / Net I/σ(I): 7.2 / Num. measured all: 167452 / Scaling rejects: 6 | ||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB: 4DO1 解像度: 2.015→44.047 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.42
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 74.7 Å2 / Biso mean: 18.5446 Å2 / Biso min: 4.88 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.015→44.047 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9
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