PDB-5ks1: 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase from Vibrio vulnificus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ks1

タイトル

1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase from Vibrio vulnificus

要素

1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Dxr / 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase

機能・相同性

機能・相同性情報

isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway involved in terpenoid biosynthetic process / 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate reductoisomerase / 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate reductoisomerase activity / NADPH binding / manganese ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio vulnificus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Ussin, N. / Abdulsalam, R.W. / Offermann, L.R. / Chruszcz, M.

引用

ジャーナル: Biochim Biophys Acta Proteins Proteom / 年: 2018
タイトル: Structural characterization of 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate Reductoisomerase from Vibrio vulnificus.
著者: Ussin, N.K. / Bagnell, A.M. / Offermann, L.R. / Abdulsalam, R. / Perdue, M.L. / Magee, P. / Chruszcz, M.

履歴

登録	2016年7月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年7月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年6月12日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ks1.cif.gz	318.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ks1.ent.gz	260.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ks1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ks1_validation.pdf.gz	462.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ks1_full_validation.pdf.gz	470.6 KB	表示
XML形式データ	5ks1_validation.xml.gz	30.6 KB	表示
CIF形式データ	5ks1_validation.cif.gz	43.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ks/5ks1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ks/5ks1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5kqoSC 5krrC 5krvC 5kryC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5kry-d 2egh-d 5krr-d 1jvs-d 1onp-d 5krv-d 4zn6-d 5jo0-d 3au8-d 4kp7-d 3anm-d 3ann-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase

B: 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase

ヘテロ分子

87.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.063, 149.247, 243.768
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase / DXP reductoisomerase / 1-deoxyxylulose-5-phosphate reductoisomerase / 2-C-methyl-D-erythritol 4- ...DXP reductoisomerase / 1-deoxyxylulose-5-phosphate reductoisomerase / 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate synthase 分子量: 43591.023 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Vibrio vulnificus (strain CMCP6) (バクテリア) 株: CMCP6 / 遺伝子: dxr, VV1_1866 / プラスミド: pJExpress411 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q8DBF5, 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate reductoisomerase
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.19 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 0.1 M Sodium citrate pH 5.0, 0.8 M Ammonium phosphate, 0.2 M NaCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97912 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97912 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 46042 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6 % / R_merge(I) obs: 0.051 / R_sym value: 0.051 / Net I/σ(I): 31
反射シェル	解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 5.4 % / R_merge(I) obs: 0.402 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / CC_1/2: 0.934 / % possible all: 92.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0135	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 5KQO

5kqo

解像度: 2.4→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.26 / ESU R Free: 0.209 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22883	2274	5 %	RANDOM
R_work	0.18875	-	-	-
obs	0.19077	43578	99.16 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 88.721 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	6.43 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-2.97 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.46 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.4→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5890	0	36	158	6084

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.019	6010
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.02	5919
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.909	1.979	8152
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	3.629	3	13589
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.52	5	787
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.886	25.714	238
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.119	15	1028
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.978	15	26
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.113	0.2	982
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	6824
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.014	0.02	1242
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.539	5.795	3151
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.54	5.794	3150
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.539	8.664	3931
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.539	8.666	3932
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.008	6.393	2859
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.466	6.377	2851
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.311	9.321	4208
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	10.799	46.263	6767
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	10.799	46.268	6768
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.347	137	-
R_work	0.319	3024	-
obs	-	-	92.92 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.392	-0.5382	1.8611	1.7268	-0.0489	5.5399	-0.3814	-0.3388	0.1396	-0.0306	0.2341	0.1048	-0.1857	-0.8492	0.1473	0.2337	-0.0127	-0.046	0.1962	-0.0106	0.0618	0.444	-24.044	3.13
2	2.6618	-0.4432	0.7638	4.2909	-0.9407	4.1596	-0.433	-0.2283	0.6668	-0.0262	-0.0889	-0.4105	-0.9713	-0.3922	0.522	0.5366	0.1828	-0.1687	0.0794	-0.0876	0.2519	14.839	-13.948	20.413
3	2.2899	-0.4141	1.4577	1.4369	-1.2009	5.0888	-0.3092	0.0221	0.4334	0.1202	-0.1207	-0.0991	-0.1089	-0.1303	0.43	0.2551	0.0795	-0.0234	0.0764	-0.0024	0.1378	19.036	-26.418	19.944
4	3.2399	-1.1019	0.0362	6.3823	-1.7519	1.9671	-0.2409	0.017	0.8126	-0.1669	-0.0297	-0.4589	-1.0041	-0.3069	0.2707	0.8567	0.2294	-0.2672	0.1073	-0.0454	0.4845	9.091	0.702	14.842
5	0.9508	0.3207	0.7608	2.327	-1.2726	4.7473	0.0642	-0.449	-0.0942	0.0778	-0.1498	-0.1159	0.4884	-0.7895	0.0855	0.2754	-0.0603	0.0181	0.3608	0.0294	0.0166	16.689	-46.621	50.158
6	5.8103	-0.3192	2.5047	0.7578	-0.4274	4.1331	0.044	-0.264	0.2446	-0.0571	-0.1206	-0.0133	0.4712	0.6202	0.0765	0.3891	0.1872	0.0518	0.2631	-0.0005	0.02	35.73	-42.316	31.603
7	1.6948	-0.2755	1.263	0.3726	-0.4991	3.317	-0.0133	-0.1115	0.0552	-0.041	-0.1433	0.0118	0.5646	0.2936	0.1566	0.4008	0.1568	0.0552	0.1656	0.0209	0.0192	29.632	-43.331	31.233
8	7.0335	2.5559	-1.2245	1.5909	-0.2757	0.4855	0.2815	-0.4214	-0.6605	0.2272	-0.2157	-0.1533	0.2214	0.0991	-0.0658	0.4414	0.1158	-0.1193	0.1588	0.0675	0.3388	36.146	-64.933	38.954

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 160
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	161 - 245
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	246 - 313
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	314 - 400
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	0 - 169
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	170 - 227
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	228 - 364
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	365 - 401

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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