PDB-5kry: 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase from Vibrio vulnificus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5kry

タイトル

1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase from Vibrio vulnificus

要素

1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Dxr 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase

機能・相同性

機能・相同性情報

isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway involved in terpenoid biosynthetic process / 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate reductoisomerase / 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate reductoisomerase activity / NADPH binding / manganese ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio vulnificus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Ussin, N. / Abdulsalam, R.W. / Chruszcz, M.

引用

ジャーナル: Biochim Biophys Acta Proteins Proteom / 年: 2018
タイトル: Structural characterization of 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate Reductoisomerase from Vibrio vulnificus.
著者: Ussin, N.K. / Bagnell, A.M. / Offermann, L.R. / Abdulsalam, R. / Perdue, M.L. / Magee, P. / Chruszcz, M.

履歴

登録	2016年7月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年7月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年6月12日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5kry.cif.gz	316.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5kry.ent.gz	259.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5kry.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5kry_validation.pdf.gz	443.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5kry_full_validation.pdf.gz	445 KB	表示
XML形式データ	5kry_validation.xml.gz	31.9 KB	表示
CIF形式データ	5kry_validation.cif.gz	46.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kr/5kry ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kr/5kry	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5kqoSC 5krrC 5krvC 5ks1C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ks1-d 5krr-d 5krv-d 4zn6-d 2egh-d 4kp7-d 3anm-d 1onp-d 1jvs-d 5jo0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase

B: 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase

ヘテロ分子

87.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.356, 149.853, 246.008
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-746- HOH

#1: タンパク質	1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase / DXP reductoisomerase / 1-deoxyxylulose-5-phosphate reductoisomerase / 2-C-methyl-D-erythritol 4- ...DXP reductoisomerase / 1-deoxyxylulose-5-phosphate reductoisomerase / 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate synthase 分子量: 43591.023 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Vibrio vulnificus (strain CMCP6) (バクテリア) 株: CMCP6 / 遺伝子: dxr, VV1_1866 / プラスミド: pJExpress411 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q8DBF5, 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate reductoisomerase
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 370 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.84 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1.0 M Succinic acid pH 7.0, 0.1 M HEPES pH 7.0, 1% w/v PEG 2000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 53399 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.1 % / R_merge(I) obs: 0.07 / R_sym value: 0.07 / Net I/σ(I): 21
反射シェル	解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 7.4 % / R_merge(I) obs: 0.668 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / CC_1/2: 0.859 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0135	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 5KQO

5kqo

解像度: 2.3→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.942 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.216 / ESU R Free: 0.186 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22452	2571	4.8 %	RANDOM
R_work	0.1847	-	-	-
obs	0.18663	50748	99.93 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 49.587 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.42 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-2.21 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.21 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5938	0	16	370	6324

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.019	6055
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.02	5983
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.661	1.975	8208
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	3.727	3	13748
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.689	5	787
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.862	25.569	246
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.176	15	1055
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.319	15	29
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	983
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	6876
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.009	0.02	1263
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.6	2.483	3157
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.6	2.482	3156
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.655	3.71	3941
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.655	3.711	3942
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.278	2.826	2898
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.276	2.826	2898
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.691	4.102	4268
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.441	20.545	6773
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	7.441	20.551	6774
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.321	192	-
R_work	0.268	3681	-
obs	-	-	99.85 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3649	0.2389	-0.94	1.692	0.2633	3.2952	-0.2259	0.0779	-0.0944	-0.0253	0.1144	0.076	0.1906	-0.2147	0.1114	0.2087	0.0073	0.0146	0.0783	0.005	0.0128	1.319	23.81	121.855
2	1.6461	0.6576	-0.9939	1.6206	0.9085	7.6954	-0.181	0.2141	0.0531	-0.1898	0.0433	0.0353	0.0562	-0.6461	0.1376	0.245	-0.1083	0.005	0.1704	-0.0291	0.0175	7.472	25.555	98.393
3	1.1192	1.652	-0.1145	3.8725	-1.707	1.9147	0.0361	0.0071	-0.4281	-0.0042	-0.2817	-0.7341	0.3177	0.1424	0.2456	0.4643	-0.1138	0.0865	0.1877	-0.053	0.2267	20.465	14.567	102.564
4	0.9944	1.3183	-0.0196	3.3351	-0.1504	1.2823	0.0473	-0.0227	-0.2975	0.0955	-0.1796	-0.3699	0.3527	-0.1078	0.1323	0.3344	-0.0753	0.0269	0.0732	-0.0024	0.1033	14.471	8.766	108.043
5	0.978	0.2047	-0.0887	1.6399	-0.5653	3.4284	-0.0678	0.2968	0.1114	-0.1315	0.0113	0.0583	-0.1783	-0.332	0.0566	0.3262	-0.0315	-0.0222	0.3531	0.0406	0.0165	17.906	46.9	71.703
6	2.9919	0.0353	-1.6664	0.8235	-0.0411	2.4253	0.0447	0.2891	-0.3072	-0.138	-0.0868	0.0583	-0.169	0.1376	0.0422	0.4673	-0.0606	-0.0368	0.2526	-0.0166	0.061	33.03	42.287	91.364
7	1.1074	0.8741	-0.4601	1.0435	0.1754	1.7503	-0.1528	0.1988	-0.0953	-0.0921	0.0442	-0.0561	-0.0494	-0.0242	0.1085	0.37	-0.0573	0.0033	0.1854	-0.0002	0.0144	24.731	37.397	92.615
8	3.7429	-1.7737	-0.1644	2.725	0.3138	2.3458	0.1471	0.174	0.6135	-0.2844	-0.0617	-0.2281	-0.5249	0.4493	-0.0855	0.4394	-0.165	0.0189	0.2483	0.0489	0.1117	39.425	58.574	87.326

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 144
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	145 - 180
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	181 - 271
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	272 - 401
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	0 - 160
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	161 - 225
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	226 - 311
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	312 - 401

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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