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- PDB-5krv: 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase from Vibrio vulni... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5krv
タイトル1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase from Vibrio vulnificus in complex Arginine
要素1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Dxr 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase
機能・相同性
機能・相同性情報


isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway involved in terpenoid biosynthetic process / 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate reductoisomerase / 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate reductoisomerase activity / NADPH binding / manganese ion binding
類似検索 - 分子機能
1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase / 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase, N-terminal / 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase, C-terminal / DXP reductoisomerase C-terminal domain / DXP reductoisomerase, C-terminal domain superfamily / 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase / 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase C-terminal domain / DXP reductoisomerase C-terminal domain / RNA polymerase sigma factor, region 2, helix turn helix motif / Rna Polymerase Sigma Factor; Chain: A ...1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase / 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase, N-terminal / 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase, C-terminal / DXP reductoisomerase C-terminal domain / DXP reductoisomerase, C-terminal domain superfamily / 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase / 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase C-terminal domain / DXP reductoisomerase C-terminal domain / RNA polymerase sigma factor, region 2, helix turn helix motif / Rna Polymerase Sigma Factor; Chain: A / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ARGININE / S,R MESO-TARTARIC ACID / 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio vulnificus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Ussin, N. / Abdulsalam, R.W. / Magee, P. / Chruszcz, M.
引用ジャーナル: Biochim Biophys Acta Proteins Proteom / 年: 2018
タイトル: Structural characterization of 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate Reductoisomerase from Vibrio vulnificus.
著者: Ussin, N.K. / Bagnell, A.M. / Offermann, L.R. / Abdulsalam, R. / Perdue, M.L. / Magee, P. / Chruszcz, M.
履歴
登録2016年7月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月12日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase
B: 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,34316
ポリマ－92,3002
非ポリマー1,04314
水3,153175
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5550 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area32180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.165, 149.129, 245.089
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase / DXP reductoisomerase / 1-deoxyxylulose-5-phosphate reductoisomerase / 2-C-methyl-D-erythritol 4- ...DXP reductoisomerase / 1-deoxyxylulose-5-phosphate reductoisomerase / 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate synthase


分子量: 46149.750 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio vulnificus (strain CMCP6) (バクテリア)
株: CMCP6 / 遺伝子: dxr, VV1_1866 / プラスミド: pJExpress411 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q8DBF5, 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate reductoisomerase

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非ポリマー , 5種, 189分子

#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-ARG / ARGININE / L-アルギニン-ω′-カチオン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 175.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15N4O2
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-SRT / S,R MESO-TARTARIC ACID / meso-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 175 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.87 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.8 M Sodium potassium tartrate 20% (w/v) PEG 3350 5 mM Arginine

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 53084 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 22.7
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.766 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / CC1/2: 0.871 / % possible all: 98.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 5KQO

5kqo


解像度: 2.3→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.213 / ESU R Free: 0.176 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21469 2686 5.1 %RANDOM
Rwork0.18553 ---
obs0.18701 50360 99.38 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 66.277 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.35 Å20 Å2-0 Å2
2---1.65 Å20 Å2
3----1.71 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.3→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5904 0 67 175 6146
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0196047
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.025983
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3921.9818179
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.715313741
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4315783
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.22225.685241
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.639151046
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.4931527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2983
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0216834
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.021245
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7354.2493150
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.7314.2473149
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.8456.3543927
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.8456.3563928
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3324.6562897
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.3324.6562897
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.8296.8064253
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.12433.4936460
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.12433.5026461
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.303→2.362 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.329 181 -
Rwork0.304 3588 -
obs--97.11 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.40040.1595-1.07051.52850.31924.2961-0.20420.1424-0.06490.00340.10060.07930.1632-0.33920.10350.18870.02870.02080.0796-0.00180.01230.82123.798121.342
20.73310.3149-1.3162.39241.20226.5551-0.12010.25960.0477-0.01750.03490.11140.0555-0.67770.08530.2256-0.0936-0.0120.2037-0.01740.04227.20825.69598.232
32.51610.99160.26944.2689-1.62682.33960.0951-0.0231-0.36170.1006-0.3491-0.67530.33710.04820.25410.4167-0.10570.04370.070.00720.188619.71210.797104.484
41.18381.3966-0.18073.0391-0.22691.28760.0549-0.0576-0.27790.1585-0.2318-0.34710.279-0.06870.17680.3433-0.08970.01010.08110.01620.081314.88210.998105.851
51.2486-0.2574-0.03031.677-0.81984.7523-0.00590.31460.1901-0.0448-0.0581-0.0148-0.375-0.28250.06410.2493-0.0465-0.02010.27540.07190.035517.89746.67471.517
65.04240.1201-3.01450.6216-0.07023.0590.14740.2578-0.2199-0.0367-0.08570.0529-0.38190.1676-0.06180.4098-0.1228-0.01760.2028-0.030.063833.71742.75791.451
71.05280.8783-0.19931.3271-0.6582.3278-0.08630.1204-0.0703-0.0181-0.0231-0.0653-0.21950.050.10950.3106-0.0886-0.01740.12460.00270.010623.78436.53292.002
83.2202-1.6373-0.04373.93190.19313.13470.18560.09240.5175-0.3406-0.0621-0.2125-0.5510.53-0.12350.5155-0.26070.03360.23190.01990.095639.63157.72687.475
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 144
2X-RAY DIFFRACTION2A145 - 179
3X-RAY DIFFRACTION3A180 - 249
4X-RAY DIFFRACTION4A250 - 401
5X-RAY DIFFRACTION5B0 - 161
6X-RAY DIFFRACTION6B162 - 228
7X-RAY DIFFRACTION7B229 - 308
8X-RAY DIFFRACTION8B309 - 401

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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