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- PDB-5krt: HIV-1 Integrase Catalytic Core Domain (CCD) in Complex with a Fra... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5krt
タイトルHIV-1 Integrase Catalytic Core Domain (CCD) in Complex with a Fragment-Derived Allosteric Inhibitor
要素Integrase
キーワードhydrolase / transferase/inhibitor / HIV-1 Integrase / Catalytic Core Domain (CCD) / p75/LEDGF inhibitor / transferase-inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus ...HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / host cell / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral nucleocapsid / endonuclease activity / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral ...Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retropepsin-like catalytic domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Ribonuclease H domain / RNase H type-1 domain profile. / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Ribonuclease H superfamily / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6W6 / Gag-Pol polyprotein / Integrase
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.651 Å
データ登録者Patel, D. / Bauman, J.D. / Arnold, E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM103368, AI110310, AI110270 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: A New Class of Allosteric HIV-1 Integrase Inhibitors Identified by Crystallographic Fragment Screening of the Catalytic Core Domain.
著者: Patel, D. / Antwi, J. / Koneru, P.C. / Serrao, E. / Forli, S. / Kessl, J.J. / Feng, L. / Deng, N. / Levy, R.M. / Fuchs, J.R. / Olson, A.J. / Engelman, A.N. / Bauman, J.D. / Kvaratskhelia, M. / Arnold, E.
履歴
登録2016年7月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月5日Group: Database references
改定 1.22016年11月16日Group: Database references
改定 1.32017年9月20日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Integrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,5063
ポリマ－16,9821
非ポリマー5242
水2,072115
1
A: Integrase
ヘテロ分子

A: Integrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,0136
ポリマ－33,9642
非ポリマー1,0484
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z+1/31
Buried area2900 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area13510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.069, 72.069, 66.348
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Integrase


分子量: 16982.039 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 57-207 / 変異: F185K / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q76353, UniProt: P12497*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-6W6 / 3-[2,5-bis(chloranyl)pyrrol-1-yl]thiophene-2-carboxylic acid


分子量: 262.113 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H5Cl2NO2S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.28 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1 mM manganese chloride, 100 mM MES pH 6.7, 10% (w/v) PEG 8000, and 5 mM DTT

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.917 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.917 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 24271 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 7.3 % / Net I/σ(I): 29.55

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.2-1309精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 1.651→28.239 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.71
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1952 1997 8.23 %
Rwork0.1847 --
obs0.1856 24261 99.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.651→28.239 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1129 0 30 115 1274
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081193
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3291623
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.855679
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.063178
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005202
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6505-1.69180.28331430.26811592X-RAY DIFFRACTION100
1.6918-1.73760.25121410.23661574X-RAY DIFFRACTION100
1.7376-1.78870.26671410.22551573X-RAY DIFFRACTION100
1.7887-1.84640.22261410.21351584X-RAY DIFFRACTION100
1.8464-1.91240.24621430.19851571X-RAY DIFFRACTION100
1.9124-1.98890.16971410.18181570X-RAY DIFFRACTION100
1.9889-2.07940.1841440.17821594X-RAY DIFFRACTION100
2.0794-2.1890.19421420.17521575X-RAY DIFFRACTION100
2.189-2.32610.18561450.17011599X-RAY DIFFRACTION100
2.3261-2.50560.18111430.18151578X-RAY DIFFRACTION100
2.5056-2.75760.20131420.17791611X-RAY DIFFRACTION100
2.7576-3.15610.1961440.17651613X-RAY DIFFRACTION100
3.1561-3.97460.2061430.17151616X-RAY DIFFRACTION99
3.9746-28.24320.16891440.19121614X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.70590.81220.08991.0028-0.0760.5482-0.20450.30290.1159-0.15290.10610.0816-0.0690.125-0.00730.1636-0.0142-0.01130.15790.02980.19623.0257-27.70971.5817
20.6396-0.01010.41610.8696-0.53770.726-0.09570.15260.1138-0.2707-0.0532-0.1273-0.02420.1235-0.00010.2033-0.02840.01730.21650.00580.176530.974-24.60687.3212
31.71530.1542-0.13311.17480.1350.892-0.12860.6383-0.2237-0.46830.0364-0.13520.2128-0.084-0.19650.2174-0.06110.02750.1916-0.02950.167217.7448-37.1268-1.3065
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 56 through 93 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 94 through 149 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 150 through 207 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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