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万見
- PDB-5kr7: KDM4C bound to pyrazolo-pyrimidine scaffold -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kr7
タイトルKDM4C bound to pyrazolo-pyrimidine scaffold
要素Lysine-specific demethylase 4C
キーワードOXIDOREDUCTASE / inhibitor / histone / lysine demethylase
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H3K36 demethylase activity / regulation of stem cell differentiation / blastocyst formation / regulation of androgen receptor signaling pathway / [histone H3]-trimethyl-L-lysine9 demethylase / histone H3K9me2/H3K9me3 demethylase activity / nuclear androgen receptor binding / stem cell population maintenance / androgen receptor signaling pathway / histone H3K9 demethylase activity ...histone H3K36 demethylase activity / regulation of stem cell differentiation / blastocyst formation / regulation of androgen receptor signaling pathway / [histone H3]-trimethyl-L-lysine9 demethylase / histone H3K9me2/H3K9me3 demethylase activity / nuclear androgen receptor binding / stem cell population maintenance / androgen receptor signaling pathway / histone H3K9 demethylase activity / histone demethylase activity / pericentric heterochromatin / nuclear receptor coactivator activity / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / HDMs demethylate histones / regulation of gene expression / chromatin remodeling / positive regulation of cell population proliferation / chromatin / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Lysine-specific demethylase 4, Tudor domain / Jumonji domain-containing protein 2A Tudor domain / Tudor domain / Tudor domain / PHD-finger / PHD-zinc-finger like domain / JmjN domain / jmjN domain / JmjN domain profile. / Small domain found in the jumonji family of transcription factors ...Lysine-specific demethylase 4, Tudor domain / Jumonji domain-containing protein 2A Tudor domain / Tudor domain / Tudor domain / PHD-finger / PHD-zinc-finger like domain / JmjN domain / jmjN domain / JmjN domain profile. / Small domain found in the jumonji family of transcription factors / Extended PHD (ePHD) domain / Extended PHD (ePHD) domain profile. / Cupin / JmjC domain, hydroxylase / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / JmjC domain / JmjC domain profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6X9 / : / Lysine-specific demethylase 4C
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Bellon, S.F. / Poy, F. / Setser, J.W.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2016
タイトル: Identification of potent, selective KDM5 inhibitors.
著者: Gehling, V.S. / Bellon, S.F. / Harmange, J.C. / LeBlanc, Y. / Poy, F. / Odate, S. / Buker, S. / Lan, F. / Arora, S. / Williamson, K.E. / Sandy, P. / Cummings, R.T. / Bailey, C.M. / Bergeron, ...著者: Gehling, V.S. / Bellon, S.F. / Harmange, J.C. / LeBlanc, Y. / Poy, F. / Odate, S. / Buker, S. / Lan, F. / Arora, S. / Williamson, K.E. / Sandy, P. / Cummings, R.T. / Bailey, C.M. / Bergeron, L. / Mao, W. / Gustafson, A. / Liu, Y. / VanderPorten, E. / Audia, J.E. / Trojer, P. / Albrecht, B.K.
履歴
登録2016年7月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月31日Group: Database references
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysine-specific demethylase 4C
B: Lysine-specific demethylase 4C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,42010
ポリマ－84,6752
非ポリマー7468
水7,476415
1
A: Lysine-specific demethylase 4C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,7105
ポリマ－42,3371
非ポリマー3734
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Lysine-specific demethylase 4C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,7105
ポリマ－42,3371
非ポリマー3734
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.817, 89.876, 100.011
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Lysine-specific demethylase 4C / Gene amplified in squamous cell carcinoma 1 protein / GASC-1 protein / JmjC domain-containing ...Gene amplified in squamous cell carcinoma 1 protein / GASC-1 protein / JmjC domain-containing histone demethylation protein 3C / Jumonji domain-containing protein 2C


分子量: 42337.273 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KDM4C, GASC1, JHDM3C, JMJD2C, KIAA0780 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9H3R0, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: Q9H3R0, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む

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非ポリマー , 5種, 423分子

#2: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-6X9 / 6-ethyl-2,5-dimethyl-7-oxidanylidene-4~{H}-pyrazolo[1,5-a]pyrimidine-3-carbonitrile


分子量: 216.239 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H12N4O
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 415 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.73 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 10-15% PEG 3350 0.2 magnesium chloride 0.1 HEPES pH 7.5
Temp details: cold room

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→66.82 Å / Num. obs: 64012 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4 % / Rsym value: 0.105 / Net I/σ(I): 13.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0069精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3dxu

3dxu


解像度: 1.9→66.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 7.893 / SU ML: 0.116 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.151 / ESU R Free: 0.143
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2339 3241 5.1 %RANDOM
Rwork0.1924 ---
obs0.1945 60706 99.09 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 117.3 Å2 / Biso mean: 26.056 Å2 / Biso min: 9.61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å2-0 Å2
2--0.58 Å2-0 Å2
3----0.58 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→66.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5565 0 38 415 6018
Biso mean--19.81 30.78 -
残基数----679
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0195777
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4671.9517806
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5765677
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.78223.741278
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.71215979
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.0361530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1250.2792
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0180.0214448
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4031.4972714
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.5552.2273389
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.1381.8573063
LS精密化 シェル解像度: 1.899→1.948 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.339 243 -
Rwork0.3 4217 -
all-4460 -
obs--94.39 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.35260.0874-0.16330.0829-0.13540.3688-0.0301-0.0263-0.0361-0.0097-0.0001-0.029-0.0335-0.0430.03020.0210.00530.01010.22980.00270.012427.373243.432512.3616
20.37560.0935-0.17590.0844-0.13520.3771-0.0233-0.0145-0.0114-0.0020.0039-0.0155-0.0259-0.01960.01930.01930.00670.00370.22940.00640.00427.4233-1.186-18.1162
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A10 - 349
2X-RAY DIFFRACTION2B10 - 348

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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