PDB-5kpd: Mouse pgp 34 linker deleted double EQ mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5kpd

タイトル

Mouse pgp 34 linker deleted double EQ mutant

要素

Multidrug resistance protein 1A

キーワード

HYDROLASE / multidrug resistance / ABC transporter / membrane protein / drug efflux

機能・相同性

機能・相同性情報

hormone transport / cellular response to nonylphenol / cellular response to borneol / response to codeine / response to cyclosporin A / Atorvastatin ADME / cellular response to mycotoxin / daunorubicin transport / positive regulation of response to drug / negative regulation of sensory perception of pain ...hormone transport / cellular response to nonylphenol / cellular response to borneol / response to codeine / response to cyclosporin A / Atorvastatin ADME / cellular response to mycotoxin / daunorubicin transport / positive regulation of response to drug / negative regulation of sensory perception of pain / positive regulation of establishment of Sertoli cell barrier / regulation of intestinal absorption / response to quercetin / cellular response to external biotic stimulus / response to antineoplastic agent / Prednisone ADME / terpenoid transport / ceramide floppase activity / establishment of blood-retinal barrier / response to glycoside / protein localization to bicellular tight junction / ceramide translocation / floppase activity / ABC-family proteins mediated transport / response to thyroxine / establishment of blood-brain barrier / phosphatidylethanolamine flippase activity / phosphatidylcholine floppase activity / cellular response to L-glutamate / xenobiotic transport across blood-brain barrier / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane / intercellular canaliculus / response to vitamin D / export across plasma membrane / P-type phospholipid transporter / ABC-type xenobiotic transporter / response to alcohol / response to vitamin A / response to glucagon / intestinal absorption / ABC-type xenobiotic transporter activity / cellular response to antibiotic / phospholipid translocation / cellular hyperosmotic salinity response / cellular response to alkaloid / maintenance of blood-brain barrier / efflux transmembrane transporter activity / xenobiotic transmembrane transporter activity / transmembrane transporter activity / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / response to cadmium ion / lactation / cellular response to dexamethasone stimulus / response to progesterone / female pregnancy / placenta development / cellular response to estradiol stimulus / brush border membrane / circadian rhythm / cellular response to tumor necrosis factor / cellular response to lipopolysaccharide / response to hypoxia / apical plasma membrane / response to xenobiotic stimulus / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 3.35 Å

データ登録者

Xia, D. / Esser, L. / Zhou, F.

引用

ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Structures of the Multidrug Transporter P-glycoprotein Reveal Asymmetric ATP Binding and the Mechanism of Polyspecificity.
著者: Esser, L. / Zhou, F. / Pluchino, K.M. / Shiloach, J. / Ma, J. / Tang, W.K. / Gutierrez, C. / Zhang, A. / Shukla, S. / Madigan, J.P. / Zhou, T. / Kwong, P.D. / Ambudkar, S.V. / Gottesman, M.M. / Xia, D.

履歴

登録	2016年7月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年11月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年12月21日	Group: Database references
改定 1.2	2017年1月25日	Group: Data collection / Database references
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5kpd.cif.gz	1.3 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5kpd.ent.gz	1.1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5kpd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kp/5kpd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kp/5kpd	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5ko2SC 5koyC 5kpiC 5kpjC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4m2t-2 3g61-1 4m2t-1 5koy-2 6h4v-d 4lsg-1 6h4w-d 5acb-d 4m1m-2 3g61-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#123 - 2010年3月 P-糖タンパク質 (P-glycoprotein) 類似性 (14) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (10) #80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (1) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Multidrug resistance protein 1A

B: Multidrug resistance protein 1A

276 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Multidrug resistance protein 1A

登録者が定義した集合体
138 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Multidrug resistance protein 1A

登録者が定義した集合体
138 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	97.953, 116.594, 375.557
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Multidrug resistance protein 1A / ATP-binding cassette sub-family B member 1A / MDR1A / Multidrug resistance protein 3 / P-glycoprotein 3 分子量: 137793.328 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: From original mouse PGP the linker the following protion was deleted: 649-682 ms skdsgsslir rrstrksicg phdqdrklst ke Also Walker B sequence was mutated. The sequence numbering of the orginal ...詳細: From original mouse PGP the linker the following protion was deleted: 649-682 ms skdsgsslir rrstrksicg phdqdrklst ke Also Walker B sequence was mutated. The sequence numbering of the orginal mouse pgp was maintained (despite the 2nd have being shifted by 34). Thus resiues 552 and 1197 which are E were mutated to Q to make the ATP site inactive. 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Abcb1a, Abcb4, Mdr1a, Mdr3, Pgy-3, Pgy3 / 発現宿主: Komagataella pastoris GS115 (菌類) / 参照: UniProt: P21447, EC: 3.6.3.44

#1: タンパク質

Multidrug resistance protein 1A / ATP-binding cassette sub-family B member 1A / MDR1A / Multidrug resistance protein 3 / P-glycoprotein 3

分子量: 137793.328 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: From original mouse PGP the linker the following protion was deleted: 649-682 ms skdsgsslir rrstrksicg phdqdrklst ke Also Walker B sequence was mutated. The sequence numbering of the orginal ...
由来: (組換発現)

Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Abcb1a, Abcb4, Mdr1a, Mdr3, Pgy-3, Pgy3 / 発現宿主:

Komagataella pastoris GS115 (菌類) / 参照: UniProt: P21447, EC: 3.6.3.44

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 3.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.39 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 詳細: In the setup the rotein at 10.6 mg of 4 ul volume was diluted with 0.2 ul water and treated with 4 ul of 28% PEG400, 50 mM Glycine 9.0 and 100 mM NaCl. The reservoir solution conatined 100 mM ...詳細: In the setup the rotein at 10.6 mg of 4 ul volume was diluted with 0.2 ul water and treated with 4 ul of 28% PEG400, 50 mM Glycine 9.0 and 100 mM NaCl. The reservoir solution conatined 100 mM Glycine 9.0pH, 150 mM NaCl, 10 mM NaN3 and 30% PEG400

結晶

マシュー密度: 3.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.39 %

結晶化

温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9
詳細: In the setup the rotein at 10.6 mg of 4 ul volume was diluted with 0.2 ul water and treated with 4 ul of 28% PEG400, 50 mM Glycine 9.0 and 100 mM NaCl. The reservoir solution conatined 100 mM ...

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.3→29.944 Å / Num. obs: 62273 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 8.9 % / R_merge(I) obs: 0.101 / Net I/av σ(I): 1.1 / Net I/σ(I): 17.5
反射シェル	解像度: 3.3→3.42 Å / R_merge(I) obs: 0.463

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_2443	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
HKL-2000		データ削減
SHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 5KO2

5ko2

解像度: 3.35→22.416 Å / SU ML: 0.72 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 34.12 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2826	2337	4.02 %
R_work	0.24	-	-
obs	0.2417	58196	92.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.35→22.416 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18374	0	0	0	18374

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	18712
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.208	25295
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.865	11163
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.064	2914
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	3215

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.35-3.4182	0.3825	118	0.3822	2643	X-RAY DIFFRACTION	77
3.4182-3.4922	0.4383	113	0.3928	2817	X-RAY DIFFRACTION	81
3.4922-3.5731	0.4046	127	0.3931	2864	X-RAY DIFFRACTION	83
3.5731-3.6621	0.3984	136	0.3831	2959	X-RAY DIFFRACTION	85
3.6621-3.7607	0.4329	148	0.3714	3110	X-RAY DIFFRACTION	89
3.7607-3.8708	0.3677	119	0.3369	3053	X-RAY DIFFRACTION	87
3.8708-3.9951	0.3444	129	0.3186	3206	X-RAY DIFFRACTION	91
3.9951-4.137	0.3081	119	0.2828	3326	X-RAY DIFFRACTION	95
4.137-4.3015	0.3156	131	0.2501	3414	X-RAY DIFFRACTION	97
4.3015-4.4958	0.227	174	0.2244	3423	X-RAY DIFFRACTION	98
4.4958-4.7307	0.2534	141	0.2021	3481	X-RAY DIFFRACTION	99
4.7307-5.024	0.2446	158	0.2016	3483	X-RAY DIFFRACTION	99
5.024-5.4069	0.2372	151	0.2062	3542	X-RAY DIFFRACTION	99
5.4069-5.9418	0.2618	142	0.2356	3545	X-RAY DIFFRACTION	100
5.9418-6.7807	0.2891	128	0.2402	3599	X-RAY DIFFRACTION	100
6.7807-8.4657	0.2905	148	0.2179	3647	X-RAY DIFFRACTION	100
8.4657-22.4163	0.2394	155	0.1939	3747	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.23	-0.1961	0.329	2.3631	-1.4363	2.05	0.3213	-0.1959	0.0843	-0.0048	-0.9996	0.1909	-0.0966	-0.3873	-0.0624	1.14	-0.0082	0.4844	0.9327	-0.6174	1.2846	40.2215	60.3353	5.9364
2	0.3181	0.126	0.5695	0.7514	1.6048	4.0126	0.4103	-0.0193	1.5329	0.1861	0.4281	0.6475	0.4242	-1.0644	0.4493	1.9983	-0.8154	1.0747	1.6183	-0.3885	2.7491	20.3228	25.6687	-17.9264
3	2.223	-0.5839	-1.3104	0.7443	-0.3264	1.4322	-0.1204	0.0083	-0.4568	-0.4261	0.196	-0.2223	0.016	0.5799	-0.1003	0.8335	-0.1849	0.1692	0.6851	-0.1169	0.8164	38.9398	64.5915	15.5174
4	2.6139	-0.0064	-0.1094	2.7251	1.5326	2.0386	-0.2497	-0.2255	0.4786	0.313	0.8386	-0.0161	-0.4029	0.5797	0.9243	2.188	-0.7335	-0.0081	0.96	-0.1052	0.4931	23.6516	70.1732	-6.5089
5	1.0896	-1.4425	-1.7406	4.4707	4.414	4.3196	0.7986	0.3597	-0.0219	-1.9515	-0.4358	-0.2058	-1.734	-0.7406	-0.3656	1.6334	-0.1241	0.152	1.0691	0.0108	1.2194	10.0099	76.5744	9.3755
6	0.6726	0.703	0.4159	2.2458	2.7321	2.9853	0.6731	-0.0649	-0.2109	0.0736	-0.1863	-0.6735	-0.0502	-0.3338	-0.1455	1.7384	-0.0247	0.1587	1.0704	-0.2295	1.2437	45.5822	92.1101	31.0291
7	2.5452	1.2753	0.0444	4.9006	-0.633	4.2672	0.2392	-0.2252	-0.5992	0.0384	-0.0092	-0.461	-0.4114	0.8048	-0.1397	1.2977	-0.1947	0.0566	1.0024	-0.2744	0.9905	45.7256	90.9142	56.2453
8	0.8444	-0.1958	-0.295	0.2729	0.0304	1.5231	-0.4861	-0.1739	0.3711	-0.3924	-0.1695	0.5495	-0.2242	-0.4517	0.3679	0.7981	0.0516	-0.1126	0.6197	-0.1503	1.0111	22.1349	88.9076	35.4797
9	1.9894	1.0312	-1.2298	3.4804	-0.0998	0.8563	-0.3431	1.2241	-0.226	-1.2611	-0.6896	1.7635	-0.9643	-0.5634	0.4242	1.4775	0.049	-0.3532	1.2238	-0.4071	1.0223	9.4359	55.3454	-11.9466
10	1.4332	-1.1173	0.3862	1.845	1.215	2.592	-0.3277	0.2594	-0.2976	-0.3148	0.6116	0.2933	0.1371	0.4242	-0.1481	1.0515	-0.1849	0.1606	0.694	-0.0733	1.2311	9.7773	64.5602	21.0773
11	0.9213	0.4676	0.741	1.2328	0.3936	3.3961	-0.134	0.4464	0.2743	0.5805	-0.2729	0.5303	0.6216	0.1296	0.3046	0.6432	-0.1036	0.2667	0.799	-0.0088	1.0964	36.7601	62.1102	26.5597
12	0.8263	-1.0488	0.0552	4.0414	3.7436	5.1702	0.0475	0.3085	-0.5837	-0.4407	0.8575	-0.4224	-0.4408	1.0772	-0.3936	1.171	-0.2953	0.0089	1.3054	-0.3871	1.2924	9.2813	60.1112	16.6363
13	2.6919	0.2201	0.9092	1.1163	-0.6555	1.9144	0.0207	-0.695	-0.8249	0.1856	-0.0268	0.2164	-0.3614	0.0017	-0.0482	1.1944	-0.0724	0.3272	1.1491	-0.4927	1.3139	-3.6969	93.8647	52.4569
14	1.6955	-0.1853	-0.2623	1.9076	-0.1372	0.0478	0.6616	-0.7628	0.3395	0.8408	0.0104	0.5119	0.3843	0.1452	0.6381	1.2519	-0.1139	0.406	0.3428	-0.5612	1.3872	3.2217	111.4074	44.1514
15	4.7484	3.5014	1.2599	5.1934	-0.116	0.7521	-0.7005	1.3417	-0.9803	-1.383	1.1581	-0.4833	0.0152	0.6193	0.7853	1.5369	-1.0059	0.6421	1.7651	-0.7149	1.5694	9.6014	107.7265	62.8642
16	0.7133	1.8912	0.4602	5.9086	0.1162	1.57	0.3481	-0.867	1.0025	-0.9265	-0.6332	1.5547	-0.6179	0.2276	0.4203	1.5027	-0.3594	0.6309	1.2926	-0.6565	1.361	6.9077	102.5713	72.011
17	2.489	0.8106	-1.2554	0.7398	-1.4944	3.8869	1.131	0.3464	0.4069	1.1252	-0.5858	-0.6901	-1.1496	-0.1593	-0.2733	0.9938	-0.0965	0.2085	0.7117	-0.3255	1.2847	27.0412	58.4567	87.2368
18	6.7773	2.7871	-4.1858	1.8281	-1.0037	2.592	0.1078	0.2647	0.5664	0.0743	0.1557	0.0036	-0.2061	-0.2137	-0.0916	0.8379	0.1221	0.0034	0.7875	0.0937	0.8518	27.6648	56.8248	78.4992
19	2.5593	1.2803	0.2976	3.2911	-2.8532	3.7028	0.3218	-0.548	0.0303	0.6148	0.4209	-0.3839	1.2812	-2.0221	-0.4141	1.0961	-0.2674	0.0798	1.4877	0.0866	1.1109	29.607	48.7476	95.1653
20	5.5341	-4.0752	-5.1256	2.7658	3.28	4.9789	0.0237	-1.7886	0.4499	-0.1142	1.4658	0.2399	-1.334	1.3542	-0.3889	1.3491	-0.0326	0.1455	1.5307	0.0133	1.402	49.6217	22.96	76.9349
21	1.5023	0.9828	-0.1108	0.7573	-0.0755	1.834	-0.1831	-0.002	-0.9432	0.3086	-0.0488	-0.2971	-0.1548	0.4278	0.2511	0.6525	0.0575	0.1227	1.3372	0.1914	1.2328	28.8848	48.1061	93.1527
22	1.3833	1.7697	-0.2236	3.3885	0.5944	3.7031	0.0069	-0.6843	-0.0457	-0.0634	-0.101	-0.3398	-0.4232	0.093	0.0412	0.8367	0.0082	0.3823	1.2649	-0.046	1.1909	73.4172	67.9221	51.9304
23	3.9806	-0.9924	1.8228	2.1751	1.6024	3.3521	-0.3187	-0.0441	0.0355	-0.2487	-0.0932	0.4557	0.1119	-0.7026	0.151	0.8906	-0.1476	0.3139	1.0096	0.0286	1.1459	69.261	60.6868	38.5961
24	1.0364	-0.1887	0.4006	3.4628	-1.0488	0.386	-0.5679	0.1707	0.3869	-0.0995	-0.5116	-1.5639	0.0017	-0.1737	-0.175	1.383	0.2517	0.475	1.834	-0.2322	1.2412	85.8389	53.4826	45.0043
25	1.448	-1.2286	-0.729	1.2253	0.1304	0.9803	0.2895	-0.5436	-0.3118	0.2422	0.7601	-0.2948	0.037	0.2452	1.2525	0.6033	-0.7466	0.2653	0.9151	-0.1802	1.6584	19.1808	24.3774	84.4546
26	2.2404	0.8452	-0.1815	0.4055	0.0828	0.6198	0.263	-0.6624	0.0656	1.0736	-0.1253	1.0265	-0.1527	-0.5397	-3.2234	1.085	-0.2682	0.574	0.7509	1.1354	1.1747	15.1987	27.0969	100.5126
27	1.6506	-1.3595	-1.6867	1.3769	1.157	1.7446	-0.45	0.8109	-0.6029	-0.2055	0.2964	0.3103	0.0218	-0.5173	0.094	1.0818	0.0128	0.0384	1.1687	0.0756	1.3362	32.2383	29.9208	70.0849
28	3.7236	-0.3885	-2.266	-0.0419	0.0816	1.5836	-0.509	1.1679	-1.5498	0.1121	0.1853	-0.4018	0.1905	-1.0836	0.1843	0.8236	-0.1431	0.1007	1.3022	0.1263	1.286	28.0718	53.2275	70.6898
29	2.9967	-0.4626	-0.7939	1.6553	0.541	0.6767	-0.3725	0.5041	-1.0045	-0.8869	-0.0754	0.886	0.1272	-0.3899	0.2049	1.4199	-0.2541	0.1833	1.483	-0.1144	1.2595	63.4559	18.5856	47.5074
30	6.9343	-1.8489	3.69	1.6388	-3.2332	6.3814	-1.0145	-2.5059	1.1231	0.0411	-1.2811	-0.0043	0.1428	1.6018	-0.3151	1.301	0.5673	0.1153	3.3353	-0.9073	1.739	83.5008	10.2441	66.606
31	1.8739	0.1253	0.7067	2.3737	0.7981	4.1112	-0.1502	-0.8187	-1.2779	-0.5886	-0.3381	-0.2166	-0.2379	-0.7289	0.1754	1.3686	-0.4698	0.0178	1.7158	0.3565	1.1031	77.5638	18.6002	60.3048
32	1.8187	-0.7851	-0.1172	1.6486	0.1312	0.1554	0.2071	0.4727	-0.3245	-0.6694	-0.2894	-0.8943	0.5905	0.0142	0.0892	1.4271	-0.3964	0.664	2.0916	-0.3057	1.0942	86.4541	24.9049	41.2475

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 28:81)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 82:99)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 100:203)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 204:237)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 238:327)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 328:431)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 432:581)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 582:731)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 732:771)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 772:883)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain A and resid 884:962)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain A and resid 963:1017)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain A and resid 1018:1136)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain A and resid 1137:1226)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain A and resid 1227:1234)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain A and resid 1235:1272)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain B and resid 28:84)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain B and resid 85:178)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain B and resid 179:230)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain B and resid 231:306)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(chain B and resid 307:366)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(chain B and resid 367:510)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(chain B and resid 511:585)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(chain B and resid 586:693)
25	X-RAY DIFFRACTION	25	(chain B and resid 694:743)
26	X-RAY DIFFRACTION	26	(chain B and resid 744:763)
27	X-RAY DIFFRACTION	27	(chain B and resid 764:883)
28	X-RAY DIFFRACTION	28	(chain B and resid 884:989)
29	X-RAY DIFFRACTION	29	(chain B and resid 990:1135)
30	X-RAY DIFFRACTION	30	(chain B and resid 1136:1161)
31	X-RAY DIFFRACTION	31	(chain B and resid 1162:1198)
32	X-RAY DIFFRACTION	32	(chain B and resid 1199:1271)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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