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- PDB-5kla: Crystal structure of the drosophila Pumilio RNA-binding domain in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kla
タイトルCrystal structure of the drosophila Pumilio RNA-binding domain in complex with hunchback RNA
要素
  • Maternal protein pumilio
  • RNA (5'-R(*UP*GP*UP*AP*CP*AP*UP*A)-3')
キーワードRNA-binding protein/RNA / RNA-binding protein / RNA-binding protein-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


type Is terminal bouton / positive regulation of deadenylation-independent decapping of nuclear-transcribed mRNA / type Ib terminal bouton / head involution / : / muscle cell postsynaptic specialization / regulation of synaptic assembly at neuromuscular junction / CCR4-NOT complex binding / post-transcriptional gene silencing / neuronal ribonucleoprotein granule ...type Is terminal bouton / positive regulation of deadenylation-independent decapping of nuclear-transcribed mRNA / type Ib terminal bouton / head involution / : / muscle cell postsynaptic specialization / regulation of synaptic assembly at neuromuscular junction / CCR4-NOT complex binding / post-transcriptional gene silencing / neuronal ribonucleoprotein granule / anterior/posterior axis specification, embryo / behavioral response to ethanol / miRNA processing / sequence-specific mRNA binding / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / dendrite morphogenesis / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / post-transcriptional regulation of gene expression / oogenesis / negative regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / germ cell development / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / negative regulation of cell cycle / long-term memory / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / mRNA 3'-UTR binding / positive regulation of translation / modulation of chemical synaptic transmission / neuromuscular junction / cell migration / nuclear envelope / mitotic cell cycle / postsynapse / chemical synaptic transmission / negative regulation of translation / negative regulation of DNA-templated transcription / RNA binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Pumilio, RNA binding domain / Pumilio homology domain / Pumilio homology domain (PUM-HD) profile. / Pumilio-family RNA binding repeat / Pumilio RNA-binding repeat profile. / Pumilio RNA-binding repeat / Pumilio-like repeats / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Armadillo-like helical ...Pumilio, RNA binding domain / Pumilio homology domain / Pumilio homology domain (PUM-HD) profile. / Pumilio-family RNA binding repeat / Pumilio RNA-binding repeat profile. / Pumilio RNA-binding repeat / Pumilio-like repeats / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / RNA / Maternal protein pumilio
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.14 Å
データ登録者Qiu, C. / Hall, T.M.T.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2016
タイトル: Drosophila Nanos acts as a molecular clamp that modulates the RNA-binding and repression activities of Pumilio.
著者: Weidmann, C.A. / Qiu, C. / Arvola, R.M. / Lou, T.F. / Killingsworth, J. / Campbell, Z.T. / Tanaka Hall, T.M. / Goldstrohm, A.C.
履歴
登録2016年6月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月24日Group: Database references
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Maternal protein pumilio
B: RNA (5'-R(*UP*GP*UP*AP*CP*AP*UP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,5417
ポリマ－41,2402
非ポリマー3015
水6,485360
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3110 Å2
ΔGint3 kcal/mol
Surface area16540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)194.904, 29.537, 62.034
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.250, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1612-

HOH

21A-1856-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Maternal protein pumilio


分子量: 38728.398 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1091-1426 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: pum, CG9755 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P25822
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*UP*GP*UP*AP*CP*AP*UP*A)-3')


分子量: 2511.545 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 360 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.36 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 15% (w/v) PEG 3350, 0.1 M bis-tris, pH 6.5 and 0.2 M NH4OAc

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.14→50 Å / Num. obs: 127177 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 16.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.05 / Χ2: 1.033 / Net I/av σ(I): 36.908 / Net I/σ(I): 11.8 / Num. measured all: 531939
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.14-1.162.40.387197.4
1.16-1.183.10.374199.7
1.18-1.23.20.336199.7
1.2-1.233.30.299199.5
1.23-1.253.40.258199.5
1.25-1.283.40.234199.6
1.28-1.323.40.197199.6
1.32-1.353.40.178199.6
1.35-1.393.40.157199.6
1.39-1.443.40.131199.7
1.44-1.493.40.115199.8
1.49-1.553.40.096199.7
1.55-1.623.40.08199.8
1.62-1.73.50.069199.7
1.7-1.813.50.063199.5
1.81-1.956.20.087199.9
1.95-2.1570.0681100
2.15-2.4670.0571100
2.46-3.097.10.0451100
3.09-506.30.036199.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10_2155精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3H3D

3h3d


解像度: 1.14→34.458 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.174 12698 9.99 %
Rwork0.1601 --
obs0.1615 127062 99.41 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 108.46 Å2 / Biso mean: 29.1566 Å2 / Biso min: 11.47 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.14→34.458 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2714 166 41 360 3281
Biso mean--47.4 33.53 -
残基数----345
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073029
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.954125
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068467
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006511
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.0311180
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.1386-1.15160.26913880.25653559394793
1.1516-1.16510.23934170.237837544171100
1.1651-1.17930.22284240.224238024226100
1.1793-1.19430.23424190.222437634182100
1.1943-1.210.21894180.213837764194100
1.21-1.22660.21574270.20293838426599
1.2266-1.24410.21194190.199337664185100
1.2441-1.26270.21474200.198737814201100
1.2627-1.28240.20284260.19538264252100
1.2824-1.30340.21174150.19437504165100
1.3034-1.32590.21084230.192738084231100
1.3259-1.350.20944250.18738194244100
1.35-1.3760.2054180.18737714189100
1.376-1.40410.20474280.181538594287100
1.4041-1.43460.1934150.177737344149100
1.4346-1.4680.18524270.171638294256100
1.468-1.50470.18114210.165537814202100
1.5047-1.54530.17624290.162738524281100
1.5453-1.59080.17344220.154737914213100
1.5908-1.64220.16434300.15738594289100
1.6422-1.70090.16254200.155137754195100
1.7009-1.7690.17534210.160938254246100
1.769-1.84950.18744250.15833850427599
1.8495-1.9470.17714260.163738404266100
1.947-2.06890.16134260.15683825425199
2.0689-2.22860.16774220.15653830425299
2.2286-2.45290.16274300.15453879430999
2.4529-2.80770.17464300.155838404270100
2.8077-3.53680.17594380.15939324370100
3.5368-34.47340.1594490.145540504499100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.17480.59890.1421.7709-0.39191.2576-0.04410.0812-0.06760.0521-0.0715-0.0552-0.0040.22940.10270.1586-0.0092-0.01040.20990.03040.1892-56.6292-0.7804-16.3377
21.26690.96230.28570.5587-0.22951.0255-0.24020.85550.0417-0.17980.216-0.0639-0.02540.2985-0.01220.1768-0.04620.00190.45320.00150.1607-34.95234.3594-14.9912
31.5067-0.09470.5640.5657-0.24721.5513-0.02210.37460.0494-0.0515-0.0117-0.060.00450.31790.01980.152-0.00720.00450.22920.00410.1524-17.84712.71443.9217
41.8682-0.49250.0271.02070.19040.9302-0.0173-0.1603-0.16940.12320.02270.02740.04950.04290.00040.14790.0031-0.0070.11520.00570.1486-18.7565-10.491728.6338
50.072-0.0547-0.21910.1525-0.38750.9781-0.03680.1327-0.0308-0.03710.1790.091-0.036-0.516-0.11190.1641-0.0161-0.00810.23540.01850.169-35.6178-0.849410.3179
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1090 through 1137 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 1138 through 1232 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 1233 through 1315 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 1316 through 1426 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 1 through 8 )B1 - 8

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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