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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5kl6 | ||||||
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タイトル | Wilms Tumor Protein (WT1) Q369R ZnF2-4 in complex with DNA | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION/DNA / zinc finger (ジンクフィンガー) / wilms tumor (腎芽腫) / TRANSCRIPTION-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 posterior mesonephric tubule development / negative regulation of metanephric glomerular mesangial cell proliferation / positive regulation of metanephric ureteric bud development / thorax and anterior abdomen determination / metanephric epithelium development / regulation of animal organ formation / adrenal cortex formation / : / negative regulation of female gonad development / positive regulation of heart growth ...posterior mesonephric tubule development / negative regulation of metanephric glomerular mesangial cell proliferation / positive regulation of metanephric ureteric bud development / thorax and anterior abdomen determination / metanephric epithelium development / regulation of animal organ formation / adrenal cortex formation / : / negative regulation of female gonad development / positive regulation of heart growth / visceral serous pericardium development / glomerular basement membrane development / diaphragm development / sex determination / mesenchymal to epithelial transition / metanephric mesenchyme development / metanephric S-shaped body morphogenesis / positive regulation of male gonad development / cellular response to gonadotropin stimulus / Transcriptional regulation of testis differentiation / gonad development / podocyte differentiation / cardiac muscle cell fate commitment / double-stranded methylated DNA binding / hemi-methylated DNA-binding / tissue development / male genitalia development / glomerulus development / camera-type eye development / C2H2 zinc finger domain binding / ureteric bud development / branching involved in ureteric bud morphogenesis / adrenal gland development / germ cell development / 脈管形成 / cellular response to cAMP / epithelial cell differentiation / RNA splicing / kidney development / negative regulation of cell growth / positive regulation of miRNA transcription / male gonad development / heart development / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific DNA binding / negative regulation of translation / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / nuclear speck / positive regulation of apoptotic process / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / 核小体 / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / zinc ion binding / 核質 / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.641 Å | ||||||
データ登録者 | Hashimoto, H. / Cheng, X. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2016 タイトル: Denys-Drash syndrome associated WT1 glutamine 369 mutants have altered sequence-preferences and altered responses to epigenetic modifications. 著者: Hashimoto, H. / Zhang, X. / Zheng, Y. / Wilson, G.G. / Cheng, X. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5kl6.cif.gz | 108.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5kl6.ent.gz | 81.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5kl6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kl/5kl6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kl/5kl6 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11311.947 Da / 分子数: 1 / 変異: Q369R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WT1 / Variant: -KTS / プラスミド: pXC1302 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) RIL-codon plus / 参照: UniProt: P19544 | ||
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#2: DNA鎖 | 分子量: 3470.257 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) | ||
#3: DNA鎖 | 分子量: 3239.127 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) | ||
#4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.29 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 20% (w/v) PEG 3350, 0.2 M Na-malonate, pH 7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月26日 |
放射 | モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.64→30 Å / Num. obs: 19712 / % possible obs: 91.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 20 |
反射 シェル | 解像度: 1.64→1.7 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.439 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 50.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4R2R 解像度: 1.641→29.031 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.45
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.641→29.031 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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