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- PDB-5kjw: Crystal structure of Coleus blumei HCT in complex with 3-hydroxya... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kjw
タイトルCrystal structure of Coleus blumei HCT in complex with 3-hydroxyacetophenone
要素Hydroxycinnamoyl transferase
キーワードTRANSFERASE / phenylpropanoid metabolism / BAHD / HCT / acyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


shikimate O-hydroxycinnamoyltransferase / shikimate O-hydroxycinnamoyltransferase activity
類似検索 - 分子機能
: / Transferase family / Chloramphenicol Acetyltransferase / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1-(3-hydroxyphenyl)ethanone / Hydroxycinnamoyl transferase
類似検索 - 構成要素
生物種Solenostemon scutellarioides (キンランジソ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Levsh, O. / Chiang, Y.C. / Tung, C.F. / Noel, J.P. / Wang, Y. / Weng, J.K.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
Searle Scholars Program 米国
Pew Scholars Program in the Biomedical Sciences 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016
タイトル: Dynamic Conformational States Dictate Selectivity toward the Native Substrate in a Substrate-Permissive Acyltransferase.
著者: Levsh, O. / Chiang, Y.C. / Tung, C.F. / Noel, J.P. / Wang, Y. / Weng, J.K.
履歴
登録2016年6月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月16日Group: Database references
改定 1.22016年12月21日Group: Database references
改定 1.32017年9月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42019年11月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52024年10月16日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hydroxycinnamoyl transferase
B: Hydroxycinnamoyl transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,6284
ポリマ－94,3552
非ポリマー2722
水15,583865
1
A: Hydroxycinnamoyl transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,3142
ポリマ－47,1781
非ポリマー1361
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Hydroxycinnamoyl transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,3142
ポリマ－47,1781
非ポリマー1361
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.080, 56.390, 107.950
Angle α, β, γ (deg.)96.96, 90.00, 107.67
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Hydroxycinnamoyl transferase


分子量: 47177.602 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Solenostemon scutellarioides (キンランジソ)
遺伝子: cbhct2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: E8ZAP2, shikimate O-hydroxycinnamoyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-53C / 1-(3-hydroxyphenyl)ethanone / 3′-ヒドロキシアセトフェノン


分子量: 136.148 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H8O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 865 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.6 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M Bis-Tris:HCl, 25% PEG 3350, pH 7.5. A soaking drop was prepared with 10% (v/v) of 500 mM 3-hydroxyacetophenone, and 10% (v/v) of 100 mM p-coumaroyl CoA, in reservoir solution.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→53.54 Å / Num. obs: 95145 / % possible obs: 87.7 % / 冗長度: 2.7 % / Net I/σ(I): 5.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化解像度: 1.9→53.537 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 27.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2638 3466 3.64 %
Rwork0.218 --
obs0.2197 95142 73.01 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→53.537 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6578 0 20 865 7463
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0036814
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7229280
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.9242476
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0311014
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051210
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.9260.3618940.33442104X-RAY DIFFRACTION42
1.926-1.95360.3461760.31722239X-RAY DIFFRACTION44
1.9536-1.98270.3489830.31572296X-RAY DIFFRACTION47
1.9827-2.01370.33151050.30432499X-RAY DIFFRACTION49
2.0137-2.04670.294830.28672570X-RAY DIFFRACTION51
2.0467-2.0820.362980.2892489X-RAY DIFFRACTION50
2.082-2.11990.3132900.28112500X-RAY DIFFRACTION50
2.1199-2.16060.3258970.27172500X-RAY DIFFRACTION50
2.1606-2.20470.3012850.26882504X-RAY DIFFRACTION49
2.2047-2.25270.3165830.25532475X-RAY DIFFRACTION49
2.2527-2.30510.3115880.26212711X-RAY DIFFRACTION53
2.3051-2.36270.28831740.25274288X-RAY DIFFRACTION87
2.3627-2.42660.2881460.26214362X-RAY DIFFRACTION87
2.4266-2.4980.31981700.24464347X-RAY DIFFRACTION86
2.498-2.57860.28971900.24454546X-RAY DIFFRACTION90
2.5786-2.67080.29921740.25184565X-RAY DIFFRACTION91
2.6708-2.77770.28081770.23344536X-RAY DIFFRACTION91
2.7777-2.90420.29861830.23124737X-RAY DIFFRACTION94
2.9042-3.05730.2681820.22034756X-RAY DIFFRACTION95
3.0573-3.24880.27511700.1944677X-RAY DIFFRACTION94
3.2488-3.49960.22531900.18324778X-RAY DIFFRACTION95
3.4996-3.85170.18911770.16264783X-RAY DIFFRACTION94
3.8517-4.40880.20591820.15724739X-RAY DIFFRACTION94
4.4088-5.55370.21081840.16664768X-RAY DIFFRACTION95
5.5537-53.5580.22451850.18654907X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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