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万見
- PDB-5kih: Structural impact of single ribonucleotides in DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kih
タイトルStructural impact of single ribonucleotides in DNA
要素
  • DNA (5'-D(*CP*AP*GP*GP*CP*CP*TP*AP*A)-3')
  • DNA/RNA (5'-D(*TP*TP*AP*G)-R(P*G)-D(P*CP*CP*TP*G)-3')
キーワードDNA / RNA / Ribonucleotides
機能・相同性DNA / DNA/RNA hybrid
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法溶液NMR / matrix relaxation, molecular dynamics
データ登録者Evich, M. / Spring-Connell, A.M. / Storici, F. / Germann, M.W.
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2016
タイトル: Structural Impact of Single Ribonucleotide Residues in DNA.
著者: Evich, M. / Spring-Connell, A.M. / Storici, F. / Germann, M.W.
履歴
登録2016年6月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月21日Group: Database references
改定 1.22016年11月2日Group: Database references
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_number_of_molecules / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA/RNA (5'-D(*TP*TP*AP*G)-R(P*G)-D(P*CP*CP*TP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*CP*AP*GP*GP*CP*CP*TP*AP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,4882
ポリマ－5,4882
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area850 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area3610 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)2 / 6structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: DNA/RNAハイブリッド DNA/RNA (5'-D(*TP*TP*AP*G)-R(P*G)-D(P*CP*CP*TP*G)-3')


分子量: 2762.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*AP*GP*GP*CP*CP*TP*AP*A)-3')


分子量: 2724.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D NOESY 250 ms
222isotropic12D NOESY
131isotropic12D Low Flip COSY
141isotropic22D 1H-13C HSQC
151isotropic12D constant time NOESY
1101isotropic12D 1H-31P CORR
191isotropic12D NOESY 150 ms
181isotropic11D 1H
171isotropic11D 31P
262isotropic11D 1H 1-1 jump and return

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution11 mM DNA/RNA (5'-D(*TP*TP*AP*G)-R(P*G)-D(P*CP*CP*TP*G)-3'), 1 mM DNA (5'-D(*CP*AP*GP*GP*CP*CP*TP*AP*A)-3'), 100 % 100% deuterium D2O, 100 mM sodium chloride, 10 mM sodium phosphate, 100% D2O100% D2O, pH 6.6D2O_sample100% D2O
solution21 mM DNA/RNA (5'-D(*TP*TP*AP*G)-R(P*G)-D(P*CP*CP*TP*G)-3'), 1 mM DNA (5'-D(*CP*AP*GP*GP*CP*CP*TP*AP*A)-3'), 10 % 100% deuterium D2O, 100 mM sodium chloride, 10 mM sodium phosphate, 90% H2O/10% D2O90% H2O, 10% D2O, pH 7.0H2O_sample90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMDNA/RNA (5'-D(*TP*TP*AP*G)-R(P*G)-D(P*CP*CP*TP*G)-3')natural abundance1
1 mMDNA (5'-D(*CP*AP*GP*GP*CP*CP*TP*AP*A)-3')natural abundance1
100 %D2O100% deuterium1
100 mMsodium chloridenatural abundance1
10 mMsodium phosphatenatural abundance1
1 mMDNA/RNA (5'-D(*TP*TP*AP*G)-R(P*G)-D(P*CP*CP*TP*G)-3')natural abundance2
1 mMDNA (5'-D(*CP*AP*GP*GP*CP*CP*TP*AP*A)-3')natural abundance2
10 %D2O100% deuterium2
100 mMsodium chloridenatural abundance2
10 mMsodium phosphatenatural abundance2
試料状態
Conditions-IDイオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
1110 mMD2O_conditions6.6ambient atm294 K
2110 mMH2O_conditions7ambient atm294 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8502

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Amber9Case, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollmanstructure calculation
Sparky3.33Goddardchemical shift assignment
TopSpinBruker Biospincollection
CORMAThomas James精密化
MARDIGRASThomas James精密化
精密化手法: matrix relaxation, molecular dynamics / ソフトェア番号: 5
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 6 / 登録したコンフォーマーの数: 2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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