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万見
- PDB-5ki0: NMR structure of human antimicrobial peptide KAMP-19 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ki0
タイトルNMR structure of human antimicrobial peptide KAMP-19
要素Antimicrobial peptide KAMP-19
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / Keratin 6A fragment / non-alpha beta structure
機能・相同性
機能・相同性情報


: / keratin filament / Keratinization / negative regulation of entry of bacterium into host cell / Formation of the cornified envelope / cytolysis by host of symbiont cells / morphogenesis of an epithelium / wound healing / structural constituent of cytoskeleton / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide ...: / keratin filament / Keratinization / negative regulation of entry of bacterium into host cell / Formation of the cornified envelope / cytolysis by host of symbiont cells / morphogenesis of an epithelium / wound healing / structural constituent of cytoskeleton / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / cell differentiation / defense response to Gram-positive bacterium / positive regulation of cell population proliferation / extracellular exosome / membrane / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Keratin, type II / Keratin type II head / Keratin type II head / Intermediate filament protein, conserved site / Intermediate filament protein / Intermediate filament (IF) rod domain signature. / Intermediate filament, rod domain / Intermediate filament (IF) rod domain profile. / Intermediate filament protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Keratin, type II cytoskeletal 6A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Wang, G.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI105147 米国
引用ジャーナル: Front Microbiol / 年: 2016
タイトル: Membrane-Active Epithelial Keratin 6A Fragments (KAMPs) Are Unique Human Antimicrobial Peptides with a Non-alpha beta Structure.
著者: Lee, J.T. / Wang, G. / Tam, Y.T. / Tam, C.
履歴
登録2016年6月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月21日Group: Data collection / Database references
改定 1.22017年8月9日Group: Structure summary / カテゴリ: entity / Item: _entity.pdbx_number_of_molecules
改定 1.32017年9月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.62024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Antimicrobial peptide KAMP-19


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,7691
ポリマ－1,7691
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area2070 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Antimicrobial peptide KAMP-19


分子量: 1768.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P02538*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D NOESY
121isotropic12D DQF-COSY
131isotropic12D 1H-1H TOCSY
141isotropic12D 1H-15N HSQC
151isotropic12D 1H-13C HSQC

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試料調製

詳細タイプ: micelle / 内容: 3.4 mM KAMP-19, 90% H2O/10% D2O
詳細: The peptide was solubilized with deuterated SDS at a peptide/SDS molar ratio of 1:60, pH 5.4
Label: 1H sample / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料濃度: 3.4 mM / 構成要素: KAMP-19 / Isotopic labeling: natural abundance
試料状態詳細: The peptide was solubilized with deuterated SDS at a peptide/SDS molar ratio of 1:60,
イオン強度: nd Not defined / Ionic strength err: 0.2 / Label: condition_1 / pH: 5.4 / PH err: 0.1 / 圧: 1 atm / Pressure err: 0.01 / 温度: 298 K / Temperature err: 0.2

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz / 詳細: cryoprobe

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XPLOR-NIH1G. Marius Clore (NIH)structure calculation
PIPPGarrettchemical shift assignment
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
PIPPGarrettpeak picking
PIPPGarrett精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 4 / 詳細: High and low temperature
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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