ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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PHENIX | 1.10.1_2155精密化 | SCALEPACK | | データスケーリング | PDB_EXTRACT | 3.2 | データ抽出 | DENZO | | データ削減 | PHENIX | | 位相決定 | |
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精密化 | 構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 3.445→93.803 Å / SU ML: 0.72 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 40.31 / 立体化学のターゲット値: ML
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.319 | 1927 | 5 % |
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Rwork | 0.2831 | 36585 | - |
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obs | 0.2848 | 38512 | 99.58 % |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL |
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原子変位パラメータ | Biso max: 217.92 Å2 / Biso mean: 127.5209 Å2 / Biso min: 30 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3.445→93.803 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 12612 | 0 | 0 | 0 | 12612 |
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残基数 | - | - | - | - | 1696 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.003 | 12872 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d0.604 | 17607 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.039 | 2175 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.005 | 2232 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d14.396 | 7726 | | | | | |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Num. reflection all | % reflection obs (%) |
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3.4445-3.5307 | 0.4727 | 151 | 0.4236 | 2489 | 2640 | 97 | 3.5307-3.6261 | 0.4359 | 155 | 0.3964 | 2623 | 2778 | 100 | 3.6261-3.7328 | 0.3914 | 120 | 0.3511 | 2618 | 2738 | 100 | 3.7328-3.8533 | 0.3592 | 119 | 0.3456 | 2619 | 2738 | 100 | 3.8533-3.9911 | 0.3692 | 149 | 0.3313 | 2609 | 2758 | 100 | 3.9911-4.1509 | 0.3665 | 128 | 0.2937 | 2607 | 2735 | 100 | 4.1509-4.3398 | 0.3014 | 113 | 0.2887 | 2629 | 2742 | 100 | 4.3398-4.5686 | 0.3269 | 145 | 0.2713 | 2597 | 2742 | 100 | 4.5686-4.8548 | 0.3006 | 133 | 0.2811 | 2636 | 2769 | 100 | 4.8548-5.2296 | 0.3428 | 149 | 0.2667 | 2585 | 2734 | 100 | 5.2296-5.7558 | 0.2883 | 169 | 0.2915 | 2590 | 2759 | 100 | 5.7558-6.5885 | 0.3148 | 130 | 0.3192 | 2661 | 2791 | 100 | 6.5885-8.3 | 0.2935 | 136 | 0.2569 | 2624 | 2760 | 100 | 8.3-93.8374 | 0.2843 | 130 | 0.245 | 2698 | 2828 | 99 |
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