PDB-5kh2: Crystal Structure of Steptococcus pneumoniae Undecaprenyl pyropho...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5kh2

タイトル

Crystal Structure of Steptococcus pneumoniae Undecaprenyl pyrophosphate Synthase (UPPS)

要素

Isoprenyl transferase

キーワード

TRANSFERASE / UPPS / native / bacterial / undecaprenyl S. pneumoniae

機能・相同性

機能・相同性情報

di-trans,poly-cis-undecaprenyl-diphosphate synthase activity / Z-farnesyl diphosphate synthase activity / polyprenol biosynthetic process / polyprenyltransferase activity / 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; - / manganese ion binding / magnesium ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus pneumoniae serotype 4 (肺炎レンサ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Concha, N.O.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2016
タイトル: Discovery and Characterization of a Class of Pyrazole Inhibitors of Bacterial Undecaprenyl Pyrophosphate Synthase.
著者: Concha, N. / Huang, J. / Bai, X. / Benowitz, A. / Brady, P. / Grady, L.C. / Kryn, L.H. / Holmes, D. / Ingraham, K. / Jin, Q. / Pothier Kaushansky, L. / McCloskey, L. / Messer, J.A. / O'Keefe, ...

履歴

登録	2016年6月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年7月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年8月24日	Group: Database references
改定 1.2	2019年3月13日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / diffrn ...citation / diffrn / diffrn_radiation / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn.pdbx_serial_crystal_experiment ..._citation.journal_id_CSD / _diffrn.pdbx_serial_crystal_experiment / _diffrn_radiation.pdbx_monochromatic_or_laue_m_l / _diffrn_source.pdbx_wavelength_list / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5kh2.cif.gz	358.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5kh2.ent.gz	292.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5kh2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5kh2_validation.pdf.gz	450.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5kh2_full_validation.pdf.gz	453.1 KB	表示
XML形式データ	5kh2_validation.xml.gz	33.8 KB	表示
CIF形式データ	5kh2_validation.cif.gz	48.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kh/5kh2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kh/5kh2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5kh4C 5kh5C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5kh5-d 4q9m-d 4h2j-d 2e98-d 4h3c-d 3sh0-d 5hc7-1 5hc6-1 5kh4-d 1x06-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Isoprenyl transferase

B: Isoprenyl transferase

C: Isoprenyl transferase

D: Isoprenyl transferase

124 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Isoprenyl transferase

B: Isoprenyl transferase

登録者が定義した集合体
61.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Isoprenyl transferase

D: Isoprenyl transferase

登録者が定義した集合体
61.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.687, 118.029, 178.326
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	C
1	2	B
2	2	D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	5	A	18 - 248
2	1	1	5	C	18 - 248
1	1	2	5	B	18 - 246
2	1	2	5	D	18 - 246

NCSアンサンブル:

ID
1
2

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(1), (1), (1)
2	given	(0.997161, -0.065885, 0.036454), (-0.066315, -0.997741, 0.010704), (0.035666, -0.013092, -0.999278)	-1.28828, 0.2683, 88.728302
3	given	(1), (1), (1)
4	given	(0.996737, -0.069861, 0.040427), (-0.070586, -0.997365, 0.016771), (0.039149, -0.01957, -0.999042)	-1.63486, -0.11934, 88.61512

#1: タンパク質	Isoprenyl transferase 分子量: 30911.205 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae serotype 4 (strain ATCC BAA-334 / TIGR4) (肺炎レンサ球菌) 株: ATCC BAA-334 / TIGR4 / 遺伝子: uppS, SP_0261 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q97SR4, 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; -
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 341 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Isoprenyl transferase

分子量: 30911.205 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Streptococcus pneumoniae serotype 4 (strain ATCC BAA-334 / TIGR4) (肺炎レンサ球菌)
株: ATCC BAA-334 / TIGR4 / 遺伝子: uppS, SP_0261 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q97SR4, 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; -

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 341 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.58 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 2 ul protein (9.5mg/ml in 50mM Tris-HCl, pH 7.5, 0.2M NaCl, 1mM EDTA) mixed with 2ul reservoir solution containing either 10-20% ethanol, 0.1M Tris-Hcl, pH 8.5 or 4-5% PEG 6000, 0.1M HEPES, pH 7.5 PH範囲: 7.5 - 8.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 17-ID / 波長: 0.987,1.000

検出器

タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1999年11月17日

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.987	1
2	1	1

反射

解像度: 2.3→20 Å / Num. obs: 53529 / % possible obs: 94.3 % / 冗長度: 5 % / Net I/σ(I): 15

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0124	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

解像度: 2.3→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.94 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.922 / SU B: 12.447 / SU ML: 0.158 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.28 / ESU R Free: 0.216 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24491	2792	5.1 %	RANDOM
R_work	0.21255	-	-	-
obs	0.21418	52056	91.62 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.672 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.92 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.38 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.3 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.3→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6856	0	0	341	7197

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.019	7003
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	6668
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.099	1.963	9522
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.857	3	15270
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.304	5	880
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.47	24.984	311
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.295	15	1144
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.544	15	30
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.057	0.2	1088
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	7986
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1576
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.568	2.28	3539
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.568	2.279	3538
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.069	3.409	4409
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.069	3.41	4410
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.292	2.276	3464
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.292	2.276	3464
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	0.597	3.406	5111
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.579	18.224	7963
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.451	17.966	7866
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	1306	MEDIUM POSITIONAL	0.13	0.5
1	A	1984	LOOSE POSITIONAL	0.32	5
1	A	1306	MEDIUM THERMAL	2.21	2
1	A	1984	LOOSE THERMAL	1.96	10
2	B	1275	MEDIUM POSITIONAL	0.15	0.5
2	B	2029	LOOSE POSITIONAL	0.44	5
2	B	1275	MEDIUM THERMAL	2.3	2
2	B	2029	LOOSE THERMAL	2.32	10

LS精密化シェル

解像度: 2.261→2.32 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.281	123	-
R_work	0.257	2385	-
obs	-	-	57.22 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5686	0.1456	0.098	1.1765	-0.1152	3.1719	0.0781	-0.1182	0.0324	-0.0572	0.0702	0.0778	0.6826	0.2809	-0.1483	0.2598	0.0995	-0.0016	0.0631	-0.0121	0.2505	15.992	-14.309	31.564
2	0.9366	-0.579	0.3794	1.0975	-0.0091	1.5638	0.0258	-0.0107	0.0571	-0.0313	0.0339	0.0241	-0.0413	0.0086	-0.0597	0.0439	0.018	-0.005	0.0099	-0.0063	0.2651	5.141	9.883	16.03
3	1.5108	0.1673	-0.4921	1.4156	-0.0411	2.8283	0.1348	0.126	0.0199	-0.1046	0.0612	-0.0193	-0.6918	0.1769	-0.1961	0.2427	-0.0724	0.0364	0.0411	-0.007	0.2732	16.131	13.992	57.201
4	1.3265	0.4286	-0.2571	1.4113	0.0921	1.4352	0.0197	0.0032	-0.043	0.0556	0.0626	0.019	0.0293	-0.0202	-0.0823	0.025	-0.0206	-0.0096	0.028	-0.0103	0.2807	3.093	-9.009	72.559

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	18 - 246
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	17 - 246
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	18 - 248
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	18 - 246

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