PDB-5kec: Structure of K. pneumonia MrkH in its apo state.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5kec

タイトル

Structure of K. pneumonia MrkH in its apo state.

要素

Flagellar brake protein YcgR

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / MrkH / K. pneumonia / biofilm / c-di-GMP / TRANSFERASE

機能・相同性

: / MrkH-like, YcgR-like domain / predicted glycosyltransferase like domains / Thrombin, subunit H / nucleotide binding / Beta Barrel / Mainly Beta / PilZ domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.949 Å

データ登録者

Schumacher, M.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: to be published: Structures of K. pneumonia MrkH: dual utilization of the PilZ fold for c-di-GMP and DNA binding by a novel activator of biofilm genes
著者: Schumacher, M.

履歴

登録	2016年6月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年8月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月1日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5kec.cif.gz	199.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5kec.ent.gz	160.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5kec.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ke/5kec ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ke/5kec	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5kedS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6koi-4 6koi-9 6koi-12 4iul-1 6koi-5 5ked-2 6koi-7 6koi-3 5ked-1 6koi-8 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

D: Flagellar brake protein YcgR

A: Flagellar brake protein YcgR

55.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Flagellar brake protein YcgR

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, cross-linking
27.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: Flagellar brake protein YcgR

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, cross-linking
27.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.800, 93.450, 206.400
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

詳細

Monomer according to size exclusion chromatogrpahy and crosslinking

#1: タンパク質	Flagellar brake protein YcgR / Putative glycosyltransferase / Type 3 fimbriae transcription activator 分子量: 27801.021 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: contains N-terminal GSH leftover from thrombin cleavage as a pET15b expressed protein. 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: mrkH, ycgR, AOT21_03001, PMK1_00755 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G3FT00
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 150 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Flagellar brake protein YcgR / Putative glycosyltransferase / Type 3 fimbriae transcription activator

分子量: 27801.021 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: contains N-terminal GSH leftover from thrombin cleavage as a pET15b expressed protein.
由来: (組換発現)

Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: mrkH, ycgR, AOT21_03001, PMK1_00755 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G3FT00

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 150 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.68 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 30% PEG 600, 0.1 M Hepes pH 7.5, 50 mM lithium sulphate, 10% w/v glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11587 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.11587 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.949→45.571 Å / Num. obs: 29115 / % possible obs: 90.4 % / 冗長度: 2.7 % / CC_1/2: 0.995 / R_sym value: 0.073 / Net I/σ(I): 7.2
反射シェル	解像度: 1.949→2.07 Å / 冗長度: 2.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique all: 3626 / CC_1/2: 0.647 / R_sym value: 0.551 / % possible all: 79.6

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.6.4_486	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5KED

5ked

解像度: 1.949→42.565 Å / FOM work R set: 0.8142 / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 25.56 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2429	2000	6.87 %
R_work	0.2027	27115	-
obs	0.2055	29115	90.39 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 40.354 Å² / k_sol: 0.385 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 116.49 Å² / B_iso mean: 41.62 Å² / B_iso min: 14.58 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	6.2168 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-11.0576 Å²	0 Å²
3-	-	-	4.8409 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.949→42.565 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3762	0	0	150	3912
B_iso mean	-	-	-	41.12	-
残基数	-	-	-	-	454

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	3828
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.799	5132
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	568
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	656
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.186	1470

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.949-2.0187	0.3631	165	0.3038	2228	2393	76
2.0187-2.0995	0.2825	183	0.2548	2483	2666	84
2.0995-2.1951	0.286	191	0.2242	2599	2790	88
2.1951-2.3108	0.2967	190	0.2252	2580	2770	87
2.3108-2.4556	0.3146	195	0.2182	2650	2845	89
2.4556-2.6451	0.2651	202	0.2119	2730	2932	92
2.6451-2.9113	0.2712	207	0.2189	2814	3021	94
2.9113-3.3324	0.2525	216	0.197	2926	3142	97
3.3324-4.1979	0.2206	222	0.1788	3005	3227	99
4.1979-42.5756	0.1998	229	0.1924	3100	3329	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0112	0.0177	-0.0222	0.0048	0.0077	-0.0017	0.2829	0.6258	0.3486	0.6262	-0.3253	0.1734	0.2387	0.0536	-0	0.2778	0.0098	0.0156	0.3005	-0.062	0.2239	43.7125	29.2543	-1.7235
2	0.1986	0.0143	-0.23	0.5142	0.2614	0.1212	-0.0302	0.0818	-0.0623	-0.0136	0.0443	-0.0433	-0.0911	-0.0805	-0	0.1344	-0.0296	0.0051	0.1534	-0.004	0.1377	25.9631	29.7264	11.9296
3	0.3364	0.3748	0.0575	0.3872	0.1478	0.3214	-0.0768	-0.0883	-0.0376	0.0869	-0.1004	0.0575	-0.162	0.0276	-0	0.192	-0.0273	0.0662	0.1705	-0.0043	0.2067	25.3763	31.4614	18.0104
4	-0.0244	0.1787	0.1316	0.1029	0.0385	-0.0285	-0.2334	-0.0699	-0.1066	-0.0088	0.2459	-0.3039	0.0179	-0.1101	0	0.3044	-0.0128	-0.05	0.2634	0.0034	0.3192	40.9117	24.8488	32.1739
5	0.6837	0.4288	-0.1912	0.5929	0.4877	0.3666	-0.0176	0.0276	0.0472	-0.0875	0.0313	0.0949	-0.0386	0.0217	-0	0.1125	-0.0085	0.01	0.1386	-0.0125	0.1104	39.6233	33.8086	41.278
6	0.4634	0.1072	-0.7448	0.2901	-0.1784	0.686	-0.1311	-0.0009	-0.1122	-0.0723	0.0658	-0.1578	-0.0389	0.1438	0	0.1888	-0.0346	0.0213	0.1373	0.0004	0.1444	33.7583	10.1209	36.9216
7	0.0729	-0.2641	-0.2561	0.1773	-0.0207	0.145	-0.1288	0.0853	0.0177	-0.0005	-0.0444	0.0706	-0.0066	-0.0123	0	0.2019	-0.0183	0.013	0.1437	-0.0258	0.2022	24.8771	15.2544	39.4565
8	0.6359	0.1949	0.1833	0.5473	0.0883	0.4838	-0.0392	0.0094	0.0023	-0.044	-0.1038	0.1091	0.1211	0.0032	0	0.155	-0.0442	0.0282	0.1501	-0.0209	0.1804	28.5286	11.825	33.6351
9	0.0721	0.5606	-0.3714	0.9339	-0.1758	0.6522	0.0447	0.1279	0.1616	0.1865	-0.0138	0.0985	0.0668	-0.0123	0	0.1277	-0.0196	0.0346	0.158	-0.0311	0.1428	10.6571	9.3085	12.4555
10	0.586	0.2009	-0.064	0.5162	0.4863	0.4507	0.0379	-0.059	0.0609	0.1225	0.0102	-0.052	0.0885	0.0044	0	0.1762	0.0014	-0.0039	0.1294	0.0123	0.15	19.5126	9.0302	12.4484

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 0:6)	A	0 - 6
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 7:54)	A	7 - 54
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 55:108)	A	55 - 108
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 109:120)	A	109 - 120
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 121:234)	A	121 - 234
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain D and resid 5:37)	D	5 - 37
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain D and resid 38:65)	D	38 - 65
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain D and resid 66:115)	D	66 - 115
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain D and resid 116:184)	D	116 - 184
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain D and resid 185:234)	D	185 - 234

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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