+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ke4 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of a chimeric acetylcholine binding protein from Aplysia californica (Ac-AChBP) containing loop C from the human alpha 6 nicotinic acetylcholine receptor in complex with 2-((5-(3,7-Diazabicyclo[3.3.1]nonan-3-yl)pyridin-3-yl)oxy)- N,N-dimethylethanamine (BPC) | ||||||
要素 | Soluble acetylcholine receptor | ||||||
キーワード | ACETYLCHOLINE-BINDING PROTEIN / nicotinic / acetylcholine (アセチルコリン) / AChBP | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 acetylcholine receptor activity / acetylcholine-gated monoatomic cation-selective channel activity / response to nicotine / neuron projection / シナプス / 生体膜 / identical protein binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Aplysia californica (ジャンボアメフラシ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.554 Å | ||||||
データ登録者 | Bobango, J. / Wu, J. / Talley, I.T. / Ralston, R. / Sankaran, B. / Talley, T.T. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of a chimeric acetylcholine binding protein from Aplysia californica (Ac-AChBP) containing loop C from the human alpha 6 nicotinic acetylcholine receptor in complex ...タイトル: Crystal structure of a chimeric acetylcholine binding protein from Aplysia californica (Ac-AChBP) containing loop C from the human alpha 6 nicotinic acetylcholine receptor in complex with 2-((5-(3,7-Diazabicyclo[3.3.1]nonan-3-yl)pyridin-3-yl)oxy)- N,N-dimethylethanamine (BPC) 著者: Bobango, J. / Wu, J. / Talley, I.T. / Ralston, R. / Sankaran, B. / Talley, T.T. #1: ジャーナル: Bioorg. Med. Chem. / 年: 2015 タイトル: The twin drug approach for novel nicotinic acetylcholine receptor ligands. 著者: Tomassoli, I. / Gundisch, D. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5ke4.cif.gz | 215.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb5ke4.ent.gz | 178.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5ke4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ke/5ke4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ke/5ke4 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26272.174 Da / 分子数: 5 / 断片: UNP residues 18-236 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Aplysia californica (ジャンボアメフラシ) 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8WSF8 #2: 化合物 | ChemComp-6S7 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.25 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 30% PEG 400, 0.1 M HEPES - Na pH 7.5, 0.2 M Magnesium Chloride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 88 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月15日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.554→48.299 Å / Num. obs: 41823 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 14 % / Biso Wilson estimate: 40.68 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 18.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
|
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
---|
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.554→48.299 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.36
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 94.82 Å2 / Biso mean: 39.9823 Å2 / Biso min: 19.17 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.554→48.299 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
|