- PDB-5kdv: IMPa metallopeptidase from Pseudomonas aeruginosa -
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基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 5kdv
タイトル
IMPa metallopeptidase from Pseudomonas aeruginosa
要素
Metallopeptidase
キーワード
HYDROLASE / O-glycopeptidase / PF13402/M60-like
機能・相同性
機能・相同性情報
negative regulation of leukocyte tethering or rolling / protein transport by the Sec complex / protein secretion by the type II secretion system / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ / protein catabolic process / metallopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding 類似検索 - 分子機能
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 1.93→48.72 Å / Num. obs: 90627 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル
解像度: 1.93→2.03 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.489 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / % possible all: 97.9
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解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
REFMAC
5.8.0073
精密化
XDS
データ削減
SCALA
データスケーリング
MOLREP
位相決定
精密化
構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.93→48.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 3.017 / SU ML: 0.086 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.127 / ESU R Free: 0.121 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS