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- PDB-5kdg: Crystal Structure of Salmonella Typhimurium Effector GtgE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kdg
タイトルCrystal Structure of Salmonella Typhimurium Effector GtgE
要素Gifsy-2 prophage protein
キーワードHYDROLASE / papain-like fold / cysteine protease / virulence factor / Structural Genomics / Montreal-Kingston Bacterial Structural Genomics Initiative / BSGI / PSI-Biology
機能・相同性: / GtgE peptidase / Gifsy-2 prophage protein
機能・相同性情報
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.73 Å
データ登録者Kozlov, G. / Xu, C. / Wong, K. / Gehring, K. / Cygler, M. / Montreal-Kingston Bacterial Structural Genomics Initiative (BSGI)
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)GSP-48370 カナダ
引用ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2016
タイトル: Crystal Structure of the Salmonella Typhimurium Effector GtgE.
著者: Xu, C. / Kozlov, G. / Wong, K. / Gehring, K. / Cygler, M.
履歴
登録2016年6月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年1月4日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32017年11月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.42020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gifsy-2 prophage protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3666
ポリマ－22,8891
非ポリマー4765
水1,15364
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Gifsy-2 prophage protein
ヘテロ分子

A: Gifsy-2 prophage protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,73212
ポリマ－45,7792
非ポリマー95310
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area7150 Å2
ΔGint-142 kcal/mol
Surface area17930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.302, 64.302, 124.206
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
詳細Monomer as determined by size-exclusion chromatography

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要素

#1: タンパク質 Gifsy-2 prophage protein / Uncharacterized protein / Virulence protein


分子量: 22889.432 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 17-217 / 変異: C45S, D123N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
遺伝子: SBOV09681, DD95_21385, ERS450001_01848, SEETMRM9437_5135, TJ44_09000
プラスミド: pET29a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9XC73, papain
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.14 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 1.8 M ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris (pH 5.5) and 20% (w/v) glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.6362 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.6362 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.73→57.1 Å / Num. obs: 26504 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.7 % / Rsym value: 0.042 / Net I/σ(I): 37.8
反射 シェル解像度: 1.73→1.76 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.684 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0069精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4mi7

4mi7


解像度: 1.73→57.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 4.137 / SU ML: 0.066 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.104 / ESU R Free: 0.103
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23813 1343 4.8 %RANDOM
Rwork0.20909 ---
obs0.21051 26504 99.51 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 37.084 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.45 Å20 Å20 Å2
2--0.45 Å20 Å2
3----0.89 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.73→57.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1499 0 26 64 1589
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0191562
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0091.9542118
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2232
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0211184
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9142.043746
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.543.053930
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.382.281816
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.01521.4361885
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.73→1.775 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.263 99 -
Rwork0.259 1912 -
obs--99.95 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.17722.919-2.35174.01140.948512.58130.0616-0.7525-0.11460.555-0.2057-0.49860.61140.79280.14420.16690.1211-0.06370.26070.02180.2157-19.084-17.785821.0475
22.33520.10160.77492.91471.84068.00270.03330.0191-0.136-0.1771-0.13550.37570.2682-0.68920.10230.0937-0.00340.00710.0766-0.01840.1554-21.6971-27.2422-9.9654
35.0447-2.2556-2.56284.9695-0.34925.1219-0.17460.2957-0.57730.3543-0.10550.52010.2709-0.05370.28010.1608-0.04280.07320.0494-0.04150.1158-23.7175-31.30260.829
44.13233.14472.88476.11972.8898.3976-0.0284-0.3178-0.1060.3059-0.0653-0.27970.47620.25740.09370.17810.02130.02810.0736-0.00860.1147-15.6407-37.6373-7.9041
51.65170.2058-0.1041.36010.29942.5692-0.0532-0.0066-0.0093-0.14470.0577-0.1531-0.0360.3975-0.00450.10080.010.01850.0973-0.01270.0979-4.2168-21.5406-14.1351
612.04827.51710.893516.876319.718723.5552-0.07-0.54580.09190.5309-0.14230.21950.5504-0.28660.21230.11720.0092-0.04920.29670.05830.5422-1.6776-32.09950.9185
74.10130.76872.07092.93870.83317.404-0.007-0.0185-0.2043-0.09870.0274-0.01810.4275-0.0269-0.02040.1540.02070.03090.0248-0.02460.1091-12.1219-32.4887-16.6736
81.90563.1465-2.974416.1485-20.623328.7150.21150.05150.59810.38340.49941.0199-1.3569-0.946-0.71090.66380.1927-0.07590.081-0.02080.3092-17.483-22.9159-39.5607
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A21 - 31
2X-RAY DIFFRACTION2A32 - 64
3X-RAY DIFFRACTION3A65 - 83
4X-RAY DIFFRACTION4A84 - 96
5X-RAY DIFFRACTION5A97 - 195
6X-RAY DIFFRACTION6A196 - 200
7X-RAY DIFFRACTION7A201 - 213
8X-RAY DIFFRACTION8A214 - 220

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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