PDB-5kde: Inorganic pyrophosphatase from Mycobacterium tuberculosis in comp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5kde

タイトル

Inorganic pyrophosphatase from Mycobacterium tuberculosis in complex with inhibitor 1 and inorganic pyrophosphate

要素

Inorganic pyrophosphatase

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / hydrolase / pyrophosphatase / drug target / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

inorganic diphosphatase / inorganic diphosphate phosphatase activity / phosphate-containing compound metabolic process / host cell surface / magnesium ion binding / extracellular region / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.65 Å

データ登録者

Pang, A.H. / Garzan, A. / Garneau-Tsodikova, S. / Tsodikov, O.V.

引用

ジャーナル: ACS Chem. Biol. / 年: 2016
タイトル: Discovery of Allosteric and Selective Inhibitors of Inorganic Pyrophosphatase from Mycobacterium tuberculosis.
著者: Pang, A.H. / Garzan, A. / Larsen, M.J. / McQuade, T.J. / Garneau-Tsodikova, S. / Tsodikov, O.V.

履歴

登録	2016年6月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年9月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年12月21日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5kde.cif.gz	48.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5kde.ent.gz	32.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5kde.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kd/5kde ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kd/5kde	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5kdfC 4z72S 4z74 C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5kdf-1 4z73-2 4z72-1 4z74-2 4ecp-1 4z70-1 4z71-1 2uxs-1 3emj-2 1wcf-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#151 - 2012年7月ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシル基転移酵素 (Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase) 類似性 (1) #106 - 2008年10月ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase) 類似性 (1) #116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1) #226 - 2018年10月アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance) 類似性 (1) #249 - 2020年9月 SARSコロナウイルス2 RNA依存性RNAポリメラーゼ (SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA Polymerase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#151 - 2012年7月
ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシル基転移酵素 (Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase)
類似性 (1)
#106 - 2008年10月
ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase)
類似性 (1)
#116 - 2009年8月
硫酸転移酵素 (Sulfotransferases)
類似性 (1)
#226 - 2018年10月
アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance)
類似性 (1)
#249 - 2020年9月
SARSコロナウイルス2 RNA依存性RNAポリメラーゼ (SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA Polymerase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Inorganic pyrophosphatase

ヘテロ分子

19.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Inorganic pyrophosphatase

ヘテロ分子

x 6

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
120 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_535	-y,x-y-2,z	1
crystal symmetry operation	3_755	-x+y+2,-x,z	1
crystal symmetry operation	10_557	-y,-x,-z+5/2	1
crystal symmetry operation	11_757	-x+y+2,y,-z+5/2	1
crystal symmetry operation	12_537	x,x-y-2,-z+5/2	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	99.965, 99.965, 97.559
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	182
Space group name H-M	P6₃22

#1: タンパク質	Inorganic pyrophosphatase / Pyrophosphate phospho-hydrolase / PPase 分子量: 19454.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: The expressed sequence includes a hexahistidine tag. 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌) 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: ppa, Rv3628, MTCY15C10.24 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WI55, inorganic diphosphatase
#2: 化合物	ChemComp-6RT / 2,4-bis(aziridin-1-yl)-6-(1-phenylpyrrol-2-yl)-1,3,5-triazine 分子量: 304.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₁₆N₆
#3: 化合物	ChemComp-POP / PYROPHOSPHATE 2- 分子量: 175.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₂O₇P₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.99 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 1.6 M NaH2PO4, and 0.2 M KH2PO4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.65→50 Å / Num. obs: 8828 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.8 % / Net I/σ(I): 29
反射シェル	解像度: 2.65→2.72 Å / 冗長度: 7.3 % / R_merge(I) obs: 0.09 / Mean I/σ(I) obs: 5 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0103	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4Z72

4z72

解像度: 2.65→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.942 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.923 / SU B: 9.639 / SU ML: 0.193 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.359 / ESU R Free: 0.257 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24015	424	4.8 %	RANDOM
R_work	0.20399	-	-	-
obs	0.20578	8404	99.59 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 57.261 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.01 Å²	0.51 Å²	0 Å²
2-	-	1.01 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-3.28 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.65→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1282	0	32	16	1330

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.019	1348
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1235
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.807	1.989	1837
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.075	3	2844
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.515	5	160
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.047	23.824	68
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.988	15	204
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	9.937	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.065	0.2	187
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	1530
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	309
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.225	5.697	643
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.225	5.692	642
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.237	8.543	803
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.237	8.543	803
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.987	5.889	704
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.982	5.856	697
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.84	8.688	1016
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	3.721	45.011	1383
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	3.722	44.938	1381
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.647→2.716 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.397	31	-
R_work	0.28	601	-
obs	-	-	99.68 %

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)