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- PDB-5kc4: Structure of TmRibU, orthorhombic crystal form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kc4
タイトルStructure of TmRibU, orthorhombic crystal form
要素Riboflavin transporter RibU
キーワードTransport Protein / Membrane Protein / Active transport / vitamins / substrate capture
機能・相同性
機能・相同性情報


riboflavin transport / riboflavin transmembrane transporter activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
ECF transporter, Riboflavin transporter RibU / ECF transporter, substrate-specific component / ECF transporter, substrate-specific component / Arp2/3 complex 21 kDa subunit ARPC3 - #20 / Arp2/3 complex 21 kDa subunit ARPC3 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
RIBOFLAVIN / Riboflavin transporter RibU
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Karpowich, N.K. / Wang, D.N. / Song, J.M.
資金援助 米国, 5件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)R01-DK099023 米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)R01-DK053973 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM093825 米国
National Institutes of Health/National Institute of Mental Health (NIH/NIMH)R01- MH083840 米国
National Institutes of Health/National Institute on Drug Abuse (NIH/NIDA)R01-DA019676 米国
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2016
タイトル: An Aromatic Cap Seals the Substrate Binding Site in an ECF-Type S Subunit for Riboflavin.
著者: Karpowich, N.K. / Song, J. / Wang, D.N.
履歴
登録2016年6月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月17日Group: Database references
改定 1.22017年9月6日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32017年11月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.42019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.62023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.72024年12月25日Group: Advisory / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_validate_close_contact / struct_conn

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Riboflavin transporter RibU
E: Riboflavin transporter RibU
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,9616
ポリマ－39,5962
非ポリマー1,3664
水00
1
A: Riboflavin transporter RibU
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,4813
ポリマ－19,7981
非ポリマー6832
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: Riboflavin transporter RibU
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,4813
ポリマ－19,7981
非ポリマー6832
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)65.769, 80.784, 118.028
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細Monomer confirmed by static light scattering

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要素

#1: タンパク質 Riboflavin transporter RibU / Riboflavin ECF transporter S component RibU


分子量: 19797.855 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
株: ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099 / 遺伝子: ribU, TM_1455 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9X1G6
#2: 化合物 ChemComp-RBF / RIBOFLAVIN / RIBOFLAVINE / VITAMIN B2 / リボフラビン


分子量: 376.364 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H20N4O6
#3: 糖 ChemComp-BNG / nonyl beta-D-glucopyranoside / Beta-NONYLGLUCOSIDE / nonyl beta-D-glucoside / nonyl D-glucoside / nonyl glucoside / ノニルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 306.395 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C15H30O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-nonylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.93 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 100 mM Tris, pH 8.5, 30% PEG400, 100 mM NaCl, 0.5% NG, and 1% hexanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.008 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.008 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→19.916 Å / Num. obs: 8513 / % possible obs: 94.5 % / Observed criterion σ(F): 1 / 冗長度: 14.1 % / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 24.6
反射 シェル解像度: 3.4→3.48 Å / Rsym value: 0.89

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5KC0

5kc0


解像度: 3.4→19.916 Å / SU ML: 0.5 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 35.97
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2696 428 5.03 %
Rwork0.2491 --
obs0.2501 8513 94.15 %
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→19.916 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2544 0 96 0 2640
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0042721
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7523682
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.8631532
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043438
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007431
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.4-3.88880.34751330.2862446X-RAY DIFFRACTION87
3.8888-4.88750.26281410.2352727X-RAY DIFFRACTION96
4.8875-19.91680.24961540.24682912X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -45.6323 Å / Origin y: -0.7384 Å / Origin z: 10.2115 Å
111213212223313233
T1.0646 Å20.0035 Å2-0.0289 Å2-0.9467 Å2-0 Å2--0.9642 Å2
L9.7778 °21.3895 °2-0.0999 °2-1.5396 °20.3138 °2--0.8051 °2
S0.0415 Å °-0.1188 Å °0.5728 Å °0.0646 Å °-0.0897 Å °0.3979 Å °0.0421 Å °0.0081 Å °-0.0001 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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