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- PDB-5kar: Murine acid sphingomyelinase-like phosphodiesterase 3b (SMPDL3B) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kar
タイトルMurine acid sphingomyelinase-like phosphodiesterase 3b (SMPDL3B)
要素Acid sphingomyelinase-like phosphodiesterase 3b
キーワードHYDROLASE / phosphoesterase / extracellular / membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane lipid catabolic process / sphingomyelin catabolic process / sphingomyelin phosphodiesterase activity / negative regulation of toll-like receptor signaling pathway / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 / phosphoric diester hydrolase activity / hydrolase activity, acting on glycosyl bonds / negative regulation of innate immune response / negative regulation of inflammatory response / inflammatory response ...membrane lipid catabolic process / sphingomyelin catabolic process / sphingomyelin phosphodiesterase activity / negative regulation of toll-like receptor signaling pathway / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 / phosphoric diester hydrolase activity / hydrolase activity, acting on glycosyl bonds / negative regulation of innate immune response / negative regulation of inflammatory response / inflammatory response / innate immune response / extracellular space / zinc ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Acid sphingomyelinase-like phosphodiesterase, predicted / Acid sphingomyelinase/endopolyphosphatase, metallophosphatase domain / Sphingomyelin phosphodiesterase, C-terminal domain / Acid sphingomyelin phosphodiesterase C-terminal region / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
NITRATE ION / Acid sphingomyelinase-like phosphodiesterase 3b
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.142 Å
データ登録者Gorelik, A. / Illes, K. / Heinz, L.X. / Superti-Furga, G. / Nagar, B.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)MOP-133535 カナダ
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Crystal Structure of the Acid Sphingomyelinase-like Phosphodiesterase SMPDL3B Provides Insights into Determinants of Substrate Specificity.
著者: Gorelik, A. / Heinz, L.X. / Illes, K. / Superti-Furga, G. / Nagar, B.
履歴
登録2016年6月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月12日Group: Database references
改定 1.22016年11月23日Group: Database references
改定 1.32020年1月8日Group: Author supporting evidence / Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp / citation / pdbx_audit_support
Item: _chem_comp.type / _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acid sphingomyelinase-like phosphodiesterase 3b
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,0679
ポリマ－48,8151
非ポリマー2,2538
水8,935496
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.892, 47.031, 93.861
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.07, 90.00
Int Tables number3
Space group name H-MP121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-743-

HOH

21A-909-

HOH

31A-994-

HOH

41A-1014-

HOH

51A-1060-

HOH

61A-1063-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Acid sphingomyelinase-like phosphodiesterase 3b / ASM-like phosphodiesterase 3b


分子量: 48814.629 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 19-435 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Smpdl3b, Asml3b
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P58242, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素

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糖 , 3種, 3分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 4種, 501分子

#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 496 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.01 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, ammonium nitrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.9179 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9179 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.14→36.833 Å / Num. obs: 147638 / % possible obs: 92.9 % / 冗長度: 5.9 % / Net I/σ(I): 17.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.142→36.833 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.05
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1518 7396 5.02 %
Rwork0.1346 --
obs0.1355 147421 92.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.142→36.833 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3320 0 143 496 3959
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093649
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0675019
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.5641363
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.083562
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009641
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.1421-1.15510.37421180.37312259X-RAY DIFFRACTION45
1.1551-1.16870.36031420.362676X-RAY DIFFRACTION54
1.1687-1.1830.34781650.33773171X-RAY DIFFRACTION63
1.183-1.19790.31031890.3063600X-RAY DIFFRACTION72
1.1979-1.21370.28632090.28893948X-RAY DIFFRACTION78
1.2137-1.23030.29312280.26644299X-RAY DIFFRACTION86
1.2303-1.24790.29412450.25094633X-RAY DIFFRACTION92
1.2479-1.26650.24672590.22394903X-RAY DIFFRACTION98
1.2665-1.28630.24322610.20644935X-RAY DIFFRACTION98
1.2863-1.30740.24622610.19355008X-RAY DIFFRACTION99
1.3074-1.330.22162580.17154903X-RAY DIFFRACTION99
1.33-1.35410.20272610.15484981X-RAY DIFFRACTION99
1.3541-1.38020.16632630.15055000X-RAY DIFFRACTION99
1.3802-1.40840.18572610.14064951X-RAY DIFFRACTION99
1.4084-1.4390.14372640.1355003X-RAY DIFFRACTION99
1.439-1.47250.17252670.12515017X-RAY DIFFRACTION99
1.4725-1.50930.15242630.11374974X-RAY DIFFRACTION99
1.5093-1.55010.14732660.1045014X-RAY DIFFRACTION100
1.5501-1.59570.13162650.10045012X-RAY DIFFRACTION100
1.5957-1.64720.1332670.09975046X-RAY DIFFRACTION100
1.6472-1.70610.13212650.10055003X-RAY DIFFRACTION100
1.7061-1.77440.12652670.1025035X-RAY DIFFRACTION100
1.7744-1.85510.14132790.11025009X-RAY DIFFRACTION100
1.8551-1.95290.12872640.10985093X-RAY DIFFRACTION100
1.9529-2.07530.12892620.10995029X-RAY DIFFRACTION100
2.0753-2.23550.12752560.11035118X-RAY DIFFRACTION100
2.2355-2.46040.12982700.11495059X-RAY DIFFRACTION100
2.4604-2.81640.1312530.12815087X-RAY DIFFRACTION100
2.8164-3.54790.14652930.13475093X-RAY DIFFRACTION100
3.5479-36.85220.14642750.14635166X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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