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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5kai | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | NH3-bound RT XFEL structure of Photosystem II 500 ms after the 2nd illumination (2F) at 2.8 A resolution | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
要素 |
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キーワード | ELECTRON TRANSPORT (電子伝達系) / PHOTOSYSTEMS / TRANSMEMBRANE (膜貫通型タンパク質) / ROOM TEMPERATURE (室温) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 photosystem II assembly / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II oxygen evolving complex / 光化学系II / photosystem II reaction center / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / 光化学系II ...photosystem II assembly / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II oxygen evolving complex / 光化学系II / photosystem II reaction center / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / 光化学系II / extrinsic component of membrane / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / phosphate ion binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / 光合成 / respiratory electron transport chain / manganese ion binding / electron transfer activity / protein stabilization / iron ion binding / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
生物種 | Thermosynechococcus elongatus (バクテリア) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
手法 | X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 2.80000914773 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Young, I.D. / Ibrahim, M. / Chatterjee, R. / Gul, S. / Koroidov, S. / Brewster, A.S. / Tran, R. / Alonso-Mori, R. / Fuller, F. / Kroll, T. ...Young, I.D. / Ibrahim, M. / Chatterjee, R. / Gul, S. / Koroidov, S. / Brewster, A.S. / Tran, R. / Alonso-Mori, R. / Fuller, F. / Kroll, T. / Michels-Clark, T. / Laksmono, H. / Sierra, R.G. / Stan, C.A. / Saracini, C. / Bean, M.A. / Seuffert, I. / Sokaras, D. / Weng, T.-C. / Hunter, M.S. / Aquila, A. / Koglin, J.E. / Robinson, J. / Liang, M. / Boutet, S. / Lyubimov, A.Y. / Uervirojnangkoorn, M. / Moriarty, N.W. / Liebschner, D. / Afonine, P.V. / Waterman, D.G. / Evans, G. / Dobbek, H. / Weis, W.I. / Brunger, A.T. / Zwart, P.H. / Adams, P.D. / Zouni, A. / Messinger, J. / Bergmann, U. / Sauter, N.K. / Kern, J. / Yachandra, V.K. / Yano, J. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, フランス, ドイツ, スウェーデン, 英国, 21件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2016 タイトル: Structure of photosystem II and substrate binding at room temperature. 著者: Young, I.D. / Ibrahim, M. / Chatterjee, R. / Gul, S. / Fuller, F.D. / Koroidov, S. / Brewster, A.S. / Tran, R. / Alonso-Mori, R. / Kroll, T. / Michels-Clark, T. / Laksmono, H. / Sierra, R.G. ...著者: Young, I.D. / Ibrahim, M. / Chatterjee, R. / Gul, S. / Fuller, F.D. / Koroidov, S. / Brewster, A.S. / Tran, R. / Alonso-Mori, R. / Kroll, T. / Michels-Clark, T. / Laksmono, H. / Sierra, R.G. / Stan, C.A. / Hussein, R. / Zhang, M. / Douthit, L. / Kubin, M. / de Lichtenberg, C. / Vo Pham, L. / Nilsson, H. / Cheah, M.H. / Shevela, D. / Saracini, C. / Bean, M.A. / Seuffert, I. / Sokaras, D. / Weng, T.C. / Pastor, E. / Weninger, C. / Fransson, T. / Lassalle, L. / Brauer, P. / Aller, P. / Docker, P.T. / Andi, B. / Orville, A.M. / Glownia, J.M. / Nelson, S. / Sikorski, M. / Zhu, D. / Hunter, M.S. / Lane, T.J. / Aquila, A. / Koglin, J.E. / Robinson, J. / Liang, M. / Boutet, S. / Lyubimov, A.Y. / Uervirojnangkoorn, M. / Moriarty, N.W. / Liebschner, D. / Afonine, P.V. / Waterman, D.G. / Evans, G. / Wernet, P. / Dobbek, H. / Weis, W.I. / Brunger, A.T. / Zwart, P.H. / Adams, P.D. / Zouni, A. / Messinger, J. / Bergmann, U. / Sauter, N.K. / Kern, J. / Yachandra, V.K. / Yano, J. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2012 タイトル: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine. 著者: Afonine, P.V. / Grosse-Kunstleve, R.W. / Echols, N. / Headd, J.J. / Moriarty, N.W. / Mustyakimov, M. / Terwilliger, T.C. / Urzhumtsev, A. / Zwart, P.H. / Adams, P.D. #2: ジャーナル: Acta Crystallogr D Biol Crystallogr / 年: 2010 タイトル: PHENIX: a comprehensive Python-based system for macromolecular structure solution. 著者: Paul D Adams / Pavel V Afonine / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Ian W Davis / Nathaniel Echols / Jeffrey J Headd / Li-Wei Hung / Gary J Kapral / Ralf W Grosse-Kunstleve / Airlie J McCoy ...著者: Paul D Adams / Pavel V Afonine / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Ian W Davis / Nathaniel Echols / Jeffrey J Headd / Li-Wei Hung / Gary J Kapral / Ralf W Grosse-Kunstleve / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / Robert Oeffner / Randy J Read / David C Richardson / Jane S Richardson / Thomas C Terwilliger / Peter H Zwart / 要旨: Macromolecular X-ray crystallography is routinely applied to understand biological processes at a molecular level. However, significant time and effort are still required to solve and complete many ...Macromolecular X-ray crystallography is routinely applied to understand biological processes at a molecular level. However, significant time and effort are still required to solve and complete many of these structures because of the need for manual interpretation of complex numerical data using many software packages and the repeated use of interactive three-dimensional graphics. PHENIX has been developed to provide a comprehensive system for macromolecular crystallographic structure solution with an emphasis on the automation of all procedures. This has relied on the development of algorithms that minimize or eliminate subjective input, the development of algorithms that automate procedures that are traditionally performed by hand and, finally, the development of a framework that allows a tight integration between the algorithms. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5kai.cif.gz | 1.3 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5kai.ent.gz | 1 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5kai.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ka/5kai ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ka/5kai | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-Photosystem II ... , 17種, 34分子 AaBbCcDdHhIiJjKkLlMmOoTtUuYyXx...
#1: タンパク質 | 分子量: 38265.625 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-344 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: P0A444, 光化学系II #2: タンパク質 | 分子量: 56656.457 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DIQ1 #3: タンパク質 | 分子量: 50287.500 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DIF8 #4: タンパク質 | 分子量: 39388.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8CM25, 光化学系II #7: タンパク質 | 分子量: 7057.349 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DJ43 #8: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4438.255 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DJZ6 #9: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4105.908 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: P59087 #10: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5028.083 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q9F1K9 #11: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4299.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DIN8 #12: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4009.682 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DHA7 #13: タンパク質 | 分子量: 29637.443 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: P0A431 #14: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3906.738 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DIQ0 #15: タンパク質 | 分子量: 15030.986 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q9F1L5 #17: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5039.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DJI1 #18: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4322.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q9F1R6 #19: タンパク質 | 分子量: 6766.187 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DHJ2 #20: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4590.648 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DKM3 |
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-Cytochrome b559 subunit ... , 2種, 4分子 EeFf
#5: タンパク質 | 分子量: 9580.840 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DIP0 #6: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5067.900 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DIN9 |
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-タンパク質 / 糖 , 2種, 10分子 Vv
#16: タンパク質 | 分子量: 18046.943 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: P0A386 #33: 糖 | ChemComp-DGD / |
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-非ポリマー , 15種, 279分子
#21: 化合物 | #22: 化合物 | #23: 化合物 | ChemComp-LMG / #24: 化合物 | ChemComp-CL / #25: 化合物 | ChemComp-CLA / #26: 化合物 | ChemComp-PHO / #27: 化合物 | ChemComp-BCR / #28: 化合物 | ChemComp-PL9 / #29: 化合物 | ChemComp-SQD / #30: 化合物 | ChemComp-UNL / 分子量: 616.487 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 合成 #31: 化合物 | #32: 化合物 | ChemComp-LHG / #34: 化合物 | #35: 化合物 | #36: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.86 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: batch mode / pH: 7.5 詳細: Crystal growth was as described in Kern et al. 2005, Biochim. Biophys. Acta-Bioenergetics and Ibrahim et al. 2015, Struct. Dyn. 2 (4), 041705, substituting C12E8 for beta-DM and Betaine for glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: 自由電子レーザー / サイト: SLAC LCLS / ビームライン: CXI / 波長: 1.7492 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: CS-PAD CXI-1 / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月28日 / 詳細: 1 micron KB mirror | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.7492 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.8→43.569812 Å / Num. obs: 213400 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 13.7 % / Biso Wilson estimate: 60.4069710515 Å2 / CC1/2: 0.524 / Net I/σ(I): 11.62 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PSII monomer composed of 4UB6 monomer and additional chain from 4PJ0 解像度: 2.80000914773→43.5698116774 Å / SU ML: 0.504121620111 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.32517238381 / 位相誤差: 34.5352448831 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 56.5229924032 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.80000914773→43.5698116774 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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