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- PDB-5kah: Crystal structure of a dioxygenase in the Crotonase superfamily i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kah
タイトルCrystal structure of a dioxygenase in the Crotonase superfamily in P21, V425T mutant
要素(3,5-dihydroxyphenyl)acetyl-CoA 1,2-dioxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / dioxygenase / DpgC
機能・相同性
機能・相同性情報


(3,5-dihydroxyphenyl)acetyl-CoA 1,2-dioxygenase / enoyl-CoA hydratase activity / oxidoreductase activity, acting on single donors with incorporation of molecular oxygen, incorporation of two atoms of oxygen / fatty acid beta-oxidation / antibiotic biosynthetic process / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #1300 / : / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Alpha-Beta Complex / Up-down Bundle ...Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #1300 / : / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Alpha-Beta Complex / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-YE1 / (3,5-dihydroxyphenyl)acetyl-CoA 1,2-dioxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces toyocaensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.779 Å
データ登録者Li, K. / Fielding, E.N. / Condurso, H.L. / Bruner, S.D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM086570 米国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2017
タイトル: Probing the structural basis of oxygen binding in a cofactor-independent dioxygenase.
著者: Li, K. / Fielding, E.N. / Condurso, H.L. / Bruner, S.D.
履歴
登録2016年6月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年6月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月26日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_audit_support
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: (3,5-dihydroxyphenyl)acetyl-CoA 1,2-dioxygenase
B: (3,5-dihydroxyphenyl)acetyl-CoA 1,2-dioxygenase
C: (3,5-dihydroxyphenyl)acetyl-CoA 1,2-dioxygenase
D: (3,5-dihydroxyphenyl)acetyl-CoA 1,2-dioxygenase
E: (3,5-dihydroxyphenyl)acetyl-CoA 1,2-dioxygenase
F: (3,5-dihydroxyphenyl)acetyl-CoA 1,2-dioxygenase
G: (3,5-dihydroxyphenyl)acetyl-CoA 1,2-dioxygenase
H: (3,5-dihydroxyphenyl)acetyl-CoA 1,2-dioxygenase
I: (3,5-dihydroxyphenyl)acetyl-CoA 1,2-dioxygenase
J: (3,5-dihydroxyphenyl)acetyl-CoA 1,2-dioxygenase
K: (3,5-dihydroxyphenyl)acetyl-CoA 1,2-dioxygenase
L: (3,5-dihydroxyphenyl)acetyl-CoA 1,2-dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)589,72524
ポリマ－578,91712
非ポリマー10,80712
水13,295738
1
A: (3,5-dihydroxyphenyl)acetyl-CoA 1,2-dioxygenase
B: (3,5-dihydroxyphenyl)acetyl-CoA 1,2-dioxygenase
C: (3,5-dihydroxyphenyl)acetyl-CoA 1,2-dioxygenase
J: (3,5-dihydroxyphenyl)acetyl-CoA 1,2-dioxygenase
K: (3,5-dihydroxyphenyl)acetyl-CoA 1,2-dioxygenase
L: (3,5-dihydroxyphenyl)acetyl-CoA 1,2-dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)294,86212
ポリマ－289,4596
非ポリマー5,4046
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area27040 Å2
ΔGint-83 kcal/mol
Surface area91880 Å2
手法PISA
2
D: (3,5-dihydroxyphenyl)acetyl-CoA 1,2-dioxygenase
E: (3,5-dihydroxyphenyl)acetyl-CoA 1,2-dioxygenase
F: (3,5-dihydroxyphenyl)acetyl-CoA 1,2-dioxygenase
G: (3,5-dihydroxyphenyl)acetyl-CoA 1,2-dioxygenase
H: (3,5-dihydroxyphenyl)acetyl-CoA 1,2-dioxygenase
I: (3,5-dihydroxyphenyl)acetyl-CoA 1,2-dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)294,86212
ポリマ－289,4596
非ポリマー5,4046
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area27420 Å2
ΔGint-95 kcal/mol
Surface area91600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)139.772, 171.958, 156.111
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.02, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
(3,5-dihydroxyphenyl)acetyl-CoA 1,2-dioxygenase


分子量: 48243.105 Da / 分子数: 12 / 変異: V425T / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces toyocaensis (バクテリア)
遺伝子: BU52_01220 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q8KLK7, (3,5-dihydroxyphenyl)acetyl-CoA 1,2-dioxygenase
#2: 化合物
ChemComp-YE1 / [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINO-9H-PURIN-9-YL)-4-HYDROXY-3-(PHOSPHONOOXY)TETRAHYDROFURAN-2-YL]METHYL (3R)-4-({3-[(2-{[(3,5-DIHYDROXYPHENYL)ACETYL]AMINO}ETHYL)AMINO]-3-OXOPROPYL}AMINO)-3-HYDROXY-2,2-DIMETHYL-4-OXOBUTYL DIHYDROGEN DIPHOSPHATE


分子量: 900.615 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: C29H43N8O19P3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 738 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.55 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 140 mM ammonium acetate, 14% w/v PEG 4,000, and 100 mM sodium citrate pH 5.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.779→39.028 Å / Num. obs: 184721 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 17.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rsym value: 0.14 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 2.779→2.83 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 89.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2NP9

2np9


解像度: 2.779→39.028 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.75 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.231 9419 5.1 %
Rwork0.1976 --
obs0.2029 184687 99.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.779→39.028 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数39122 0 708 738 40568
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00440586
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.86455062
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.88315298
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0496092
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0057220
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7797-2.82760.35564630.27638474X-RAY DIFFRACTION92
2.8276-2.8790.31264780.26618745X-RAY DIFFRACTION95
2.879-2.93440.34084290.25438700X-RAY DIFFRACTION95
2.9344-2.99430.29934800.2478827X-RAY DIFFRACTION95
2.9943-3.05930.31234240.2448753X-RAY DIFFRACTION95
3.0593-3.13050.29694420.24118811X-RAY DIFFRACTION95
3.1305-3.20870.27924430.2368719X-RAY DIFFRACTION95
3.2087-3.29540.25574480.22588770X-RAY DIFFRACTION95
3.2954-3.39230.27054630.21558825X-RAY DIFFRACTION95
3.3923-3.50170.24984760.21858752X-RAY DIFFRACTION95
3.5017-3.62680.24164850.21748726X-RAY DIFFRACTION95
3.6268-3.77190.25044340.2038811X-RAY DIFFRACTION95
3.7719-3.94340.22454630.19118747X-RAY DIFFRACTION95
3.9434-4.1510.225180.18998734X-RAY DIFFRACTION94
4.151-4.41070.20234550.17538781X-RAY DIFFRACTION95
4.4107-4.75070.18575040.16228780X-RAY DIFFRACTION95
4.7507-5.22760.1785300.16338754X-RAY DIFFRACTION94
5.2276-5.98150.23294680.18498814X-RAY DIFFRACTION95
5.9815-7.52610.19824990.18338813X-RAY DIFFRACTION95
7.5261-37.59020.17635020.16918930X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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