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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ka7 | ||||||
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タイトル | Protein Tyrosine Phosphatase 1B T178A mutant in complex with TCS401, closed state | ||||||
![]() | Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 1 | ||||||
![]() | HYDROLASE / Protein tyrosine phosphatase | ||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of hepatocyte growth factor receptor signaling pathway / PTK6 Down-Regulation / peptidyl-tyrosine dephosphorylation involved in inactivation of protein kinase activity / positive regulation of receptor catabolic process / insulin receptor recycling / negative regulation of PERK-mediated unfolded protein response / negative regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / regulation of intracellular protein transport / IRE1-mediated unfolded protein response / cytoplasmic side of endoplasmic reticulum membrane ...regulation of hepatocyte growth factor receptor signaling pathway / PTK6 Down-Regulation / peptidyl-tyrosine dephosphorylation involved in inactivation of protein kinase activity / positive regulation of receptor catabolic process / insulin receptor recycling / negative regulation of PERK-mediated unfolded protein response / negative regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / regulation of intracellular protein transport / IRE1-mediated unfolded protein response / cytoplasmic side of endoplasmic reticulum membrane / platelet-derived growth factor receptor-beta signaling pathway / sorting endosome / mitochondrial crista / positive regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / regulation of endocytosis / non-membrane spanning protein tyrosine phosphatase activity / positive regulation of protein tyrosine kinase activity / peptidyl-tyrosine dephosphorylation / Regulation of IFNA/IFNB signaling / regulation of signal transduction / cellular response to unfolded protein / growth hormone receptor signaling pathway via JAK-STAT / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of signal transduction / Regulation of IFNG signaling / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / Growth hormone receptor signaling / endoplasmic reticulum unfolded protein response / positive regulation of JUN kinase activity / Insulin receptor recycling / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / ephrin receptor binding / Integrin signaling / protein dephosphorylation / protein-tyrosine-phosphatase / negative regulation of MAP kinase activity / protein phosphatase 2A binding / protein tyrosine phosphatase activity / endosome lumen / insulin receptor binding / Negative regulation of MET activity / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / receptor tyrosine kinase binding / insulin receptor signaling pathway / actin cytoskeleton organization / early endosome / mitochondrial matrix / cadherin binding / protein kinase binding / enzyme binding / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / RNA binding / zinc ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Choy, M.S. / Peti, W. / Page, R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Conformational Rigidity and Protein Dynamics at Distinct Timescales Regulate PTP1B Activity and Allostery. 著者: Choy, M.S. / Li, Y. / Machado, L.E. / Kunze, M.B. / Connors, C.R. / Wei, X. / Lindorff-Larsen, K. / Page, R. / Peti, W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 80.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 57.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 784 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 784 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 20.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5k9vC ![]() 5k9wC ![]() 5ka0C ![]() 5ka1C ![]() 5ka2C ![]() 5ka3C ![]() 5ka4C ![]() 5ka8C ![]() 5ka9C ![]() 5kaaC ![]() 5kabC ![]() 5kacC ![]() 5kadC ![]() 1c88S C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 35514.477 Da / 分子数: 1 / 変異: T78A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 173分子 ![](data/chem/img/TRS.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/OTA.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/OTA.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-TRS / | ||
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#3: 化合物 | ChemComp-GOL / | ||
#4: 化合物 | ChemComp-OTA / | ||
#5: 化合物 | ChemComp-CL / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.71 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6 / 詳細: 0.1 M Tris, pH 7.6, 0.2 M MgCl2, 24% PEG8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月20日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.06→50 Å / Num. obs: 29148 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 10.8 % / Biso Wilson estimate: 26.12 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Χ2: 1.012 / Net I/av σ(I): 35.728 / Net I/σ(I): 9.6 / Num. measured all: 315712 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | |||||||||
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Phasing MR |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1C88 解像度: 2.061→44.282 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.71 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 88.34 Å2 / Biso mean: 29.1872 Å2 / Biso min: 11.82 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.061→44.282 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10
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