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万見
- PDB-5k9y: Crystal structure of a thermophilic xylanase A from Bacillus subt... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5k9y
タイトルCrystal structure of a thermophilic xylanase A from Bacillus subtilis 1A1 quadruple mutant Q7H/G13R/S22P/S179C
要素Endo-1,4-beta-xylanase A
キーワードHYDROLASE / Glycoside Hydrolase Family 11 / Endo-1 / 4-beta-xylanase A / thermostability
機能・相同性
機能・相同性情報


endo-1,4-beta-xylanase / endo-1,4-beta-xylanase activity / xylan catabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase family 11/12, catalytic domain / Glycoside hydrolase family 11, active site 2 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 2. / Glycoside hydrolase family 11, active site 1 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 1. / Glycoside hydrolase family 11 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) domain / Glycosyl hydrolases family 11 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) domain profile. / Glycoside hydrolase family 11/12 ...Glycoside hydrolase family 11/12, catalytic domain / Glycoside hydrolase family 11, active site 2 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 2. / Glycoside hydrolase family 11, active site 1 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 1. / Glycoside hydrolase family 11 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) domain / Glycosyl hydrolases family 11 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) domain profile. / Glycoside hydrolase family 11/12 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Endo-1,4-beta-xylanase A
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Pinheiro, M.P. / Ferreira, T.L. / Silva, S.R.B. / Fuzo, C.A. / Silva, S.R. / Lourenzoni, M.R. / Vieira, D.S. / Ward, R.J. / Nonato, M.C.
資金援助 ブラジル, 2件
組織認可番号国
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq)473327/2013 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2007/08703-00 ブラジル
引用ジャーナル: Int. J. Biol. Macromol. / 年: 2017
タイトル: The role of local residue environmental changes in thermostable mutants of the GH11 xylanase from Bacillus subtilis.
著者: Silva, S.B. / Pinheiro, M.P. / Fuzo, C.A. / Silva, S.R. / Ferreira, T.L. / Lourenzoni, M.R. / Nonato, M.C. / Vieira, D.S. / Ward, R.J.
履歴
登録2016年6月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年4月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.22019年4月17日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endo-1,4-beta-xylanase A
B: Endo-1,4-beta-xylanase A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,0942
ポリマ－41,0942
非ポリマー00
水3,765209
1
B: Endo-1,4-beta-xylanase A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,5471
ポリマ－20,5471
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Endo-1,4-beta-xylanase A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,5471
ポリマ－20,5471
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.178, 52.002, 72.474
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.280, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細Monomer as determined by gel filtration.

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要素

#1: タンパク質 Endo-1,4-beta-xylanase A / Xylanase A / 1 / 4-beta-D-xylan xylanohydrolase A


分子量: 20547.240 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 29-213 / 変異: Q7H, G13R, S22P, S179C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: xynA, BSU18840 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P18429, endo-1,4-beta-xylanase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 209 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.27 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1 M HEPES and 0.6 M sodium tartrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.5497 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月12日
放射モノクロメーター: Si(111) double-crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5497 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→42.247 Å / Num. obs: 16886 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.6 % / Rsym value: 0.09 / Net I/av σ(I): 5.41 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.2-2.323.60.1973.51100
2.32-2.463.60.1714.11100
2.46-2.633.60.1444.71100
2.63-2.843.60.1135.91100
2.84-3.113.60.1085.71100
3.11-3.483.70.0926.91100
3.48-4.023.60.0798.21100
4.02-4.923.70.0728.61100
4.92-6.963.60.06210.11100
6.96-42.2473.20.0813.9199.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.20データスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1XXN

1xxn


解像度: 2.2→20.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.899 / SU R Cruickshank DPI: 0.4036 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.404 / ESU R Free: 0.248
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2485 895 5.3 %RANDOM
Rwork0.1837 ---
obs0.1871 15950 99.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 68.2 Å2 / Biso mean: 26.818 Å2 / Biso min: 9.47 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20 Å20 Å2
2---0.01 Å2-0 Å2
3----0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→20.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2909 0 0 209 3118
Biso mean---31.45 -
残基数----370
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.023061
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0311.8824205
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8335380
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.17123.147143
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.27315404
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.8841516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2426
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212456
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.325 63 -
Rwork0.259 1148 -
all-1211 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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