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- PDB-5k9b: Azotobacter vinelandii Flavodoxin II -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5k9b
タイトルAzotobacter vinelandii Flavodoxin II
要素Flavodoxin-2
キーワードELECTRON TRANSPORT / Flavodoxin / Oxidized
機能・相同性
機能・相同性情報


nitrogen fixation / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / FMN binding / electron transfer activity
類似検索 - 分子機能
Flavodoxin, long chain / : / Flavodoxin, conserved site / Flavodoxin signature. / Flavodoxin domain / Flavodoxin-like / Flavodoxin / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / Flavoprotein-like superfamily ...Flavodoxin, long chain / : / Flavodoxin, conserved site / Flavodoxin signature. / Flavodoxin domain / Flavodoxin-like / Flavodoxin / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / Flavoprotein-like superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Flavodoxin 2
類似検索 - 構成要素
生物種Azotobacter vinelandii (窒素固定)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.174 Å
データ登録者Rees, D.C. / Segal, H.M. / Spatzal, T.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM45162 米国
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2017
タイトル: Electrochemical and structural characterization of Azotobacter vinelandii flavodoxin II.
著者: Segal, H.M. / Spatzal, T. / Hill, M.G. / Udit, A.K. / Rees, D.C.
履歴
登録2016年5月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22017年10月4日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Flavodoxin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,2095
ポリマ－19,6801
非ポリマー5294
水3,153175
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.873, 39.873, 178.656
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Flavodoxin-2


分子量: 19679.873 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Azotobacter vinelandii (窒素固定) / 参照: UniProt: P00324
#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 175 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.96 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 23-28% PEG 3350 (v/v), 0.15-0.3 M magnesium chloride hexahydrate, 100 mM Tris-HCl (pH 8.5)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.99984 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年1月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99984 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.17→35.73 Å / Num. obs: 56103 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 18.4 % / Biso Wilson estimate: 10.18 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 24.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.17-1.1910.80.776186.7
6.43-35.7317.10.04199.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRR rigid body: 0.391
最高解像度最低解像度
Rotation34.53 Å4 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.17データスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
autoXDSデータ削減
Blu-Iceデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.174→34.531 Å / SU ML: 0.08 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 13.48
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1676 2796 4.99 %
Rwork0.1495 --
obs0.1504 56020 99.17 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 103.31 Å2 / Biso mean: 18.0856 Å2 / Biso min: 6.13 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.174→34.531 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1381 0 53 175 1609
Biso mean--12.83 28.57 -
残基数----179
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011545
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1282116
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.087227
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008276
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d28.479582
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.1741-1.19440.22721120.20582233234586
1.1944-1.21610.19311320.18292606273899
1.2161-1.23950.17681570.1732624278199
1.2395-1.26480.16961550.164225412696100
1.2648-1.29230.17711340.163526882822100
1.2923-1.32230.1471490.155926412790100
1.3223-1.35540.18441350.156326382773100
1.3554-1.39210.16361470.154726262773100
1.3921-1.4330.18681580.155326452803100
1.433-1.47930.15621260.144826772803100
1.4793-1.53220.16451460.140526852831100
1.5322-1.59350.16231570.137326312788100
1.5935-1.6660.1341280.135426822810100
1.666-1.75390.16151290.142626712800100
1.7539-1.86370.17261250.143427062831100
1.8637-2.00760.16471180.144527292847100
2.0076-2.20960.15511380.139227342872100
2.2096-2.52930.16241520.145327232875100
2.5293-3.18630.18241350.152827902925100
3.1863-34.54560.16791630.151129543117100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 13.658 Å / Origin y: -8.7895 Å / Origin z: 15.7275 Å
111213212223313233
T0.0803 Å2-0.0282 Å20.0019 Å2-0.082 Å2-0.0005 Å2--0.0692 Å2
L1.2704 °20.735 °20.4689 °2-1.675 °20.4059 °2--1.6149 °2
S0.0223 Å °-0.1021 Å °-0.0328 Å °0.0167 Å °-0.0595 Å °0.0052 Å °0.0615 Å °0.0041 Å °0.0052 Å °
精密化 TLSグループSelection details: (chain 'A' and resid 1 through 179)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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