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- PDB-5k8j: Structure of Caulobacter crescentus VapBC1 (apo form) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5k8j
タイトルStructure of Caulobacter crescentus VapBC1 (apo form)
要素
  • Ribonuclease VapC
  • VapB family protein
キーワードHYDROLASE / PIN domain / toxin-antitoxin / ribonuclease / DNA-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA nuclease activity / toxin activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Antidote-toxin recognition MazE, bacterial antitoxin / PIN domain / SpoVT-AbrB domain superfamily / VapC family / 5'-nuclease / PIN domain / PIN-like domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
VapB family protein / Ribonuclease VapC
類似検索 - 構成要素
生物種Caulobacter crescentus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Bendtsen, K.L. / Xu, K. / Luckmann, M. / Brodersen, D.E.
資金援助 デンマーク, 2件
組織認可番号国
The Lundbeck FoundationR173-2014-1182 デンマーク
The Danish National Research FoundationDNRF120 デンマーク
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2017
タイトル: Toxin inhibition in C. crescentus VapBC1 is mediated by a flexible pseudo-palindromic protein motif and modulated by DNA binding.
著者: Bendtsen, K.L. / Xu, K. / Luckmann, M. / Winther, K.S. / Shah, S.A. / Pedersen, C.N.S. / Brodersen, D.E.
履歴
登録2016年5月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年1月11日Group: Database references
改定 1.22017年5月3日Group: Database references
改定 1.32018年1月17日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VapB family protein
B: Ribonuclease VapC
C: Ribonuclease VapC
D: VapB family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,8596
ポリマ－47,6754
非ポリマー1842
水6,341352
1
A: VapB family protein
B: Ribonuclease VapC
C: Ribonuclease VapC
D: VapB family protein
ヘテロ分子

A: VapB family protein
B: Ribonuclease VapC
C: Ribonuclease VapC
D: VapB family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,71812
ポリマ－95,3498
非ポリマー3684
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556y,x,-z+11
Buried area29760 Å2
ΔGint-126 kcal/mol
Surface area30120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.290, 86.290, 113.820
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-13-

ASN

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要素

#1: タンパク質 VapB family protein


分子量: 9548.433 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caulobacter crescentus (バクテリア)
株: ATCC 19089 / CB15 / 遺伝子: CC_0032 / プラスミド: pKW912HB / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌) / Variant (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: Q9AC34
#2: タンパク質 Ribonuclease VapC / RNase VapC / Toxin VapC


分子量: 14288.886 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caulobacter crescentus (バクテリア)
株: ATCC 19089 / CB15 / 遺伝子: vapC, CC_0031 / プラスミド: pKW912HB / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌) / Variant (発現宿主): B834(DE3)
参照: UniProt: Q9AC35, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 352 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.17 %
結晶化温度: 292.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 3 M NaCl, 0.1 M Bis-tris pH 5.5, 5 mM MgCl2, 5 mM beta-mercapto ethanol, 25% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-3 / 波長: 0.972 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.972 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→37.4 Å / Num. obs: 125126 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 23.2 % / Biso Wilson estimate: 16.4 Å2 / CC1/2: 1 / Rsym value: 0.14 / Net I/σ(I): 22.8
反射 シェル解像度: 1.6→1.64 Å / 冗長度: 22.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2152: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIXモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.6→37.4 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 16.65
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1681 1975 3.09 %Random selection
Rwork0.1579 ---
obs0.1582 63905 98.09 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 27.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→37.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3113 0 12 352 3477
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0143254
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1344415
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.2431976
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.171509
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008576
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.640.22981380.25324194X-RAY DIFFRACTION94
1.64-1.68440.23651290.23284205X-RAY DIFFRACTION95
1.6844-1.73390.2551360.21914263X-RAY DIFFRACTION95
1.7339-1.78990.21511370.20454304X-RAY DIFFRACTION96
1.7899-1.85390.21781390.1844330X-RAY DIFFRACTION97
1.8539-1.92810.21221380.16984406X-RAY DIFFRACTION98
1.9281-2.01580.16841440.15284437X-RAY DIFFRACTION99
2.0158-2.12210.15021440.1464440X-RAY DIFFRACTION99
2.1221-2.2550.14691390.14444485X-RAY DIFFRACTION100
2.255-2.42910.14841450.13694492X-RAY DIFFRACTION100
2.4291-2.67350.16171460.14894499X-RAY DIFFRACTION100
2.6735-3.06020.17021430.15454534X-RAY DIFFRACTION100
3.0602-3.85490.14321450.14164595X-RAY DIFFRACTION100
3.8549-37.37480.15911520.1514746X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 20.3497 Å / Origin y: 36.3746 Å / Origin z: 39.8612 Å
111213212223313233
T0.0801 Å2-0.0112 Å20.0043 Å2-0.1198 Å2-0.0057 Å2--0.1093 Å2
L1.1218 °2-0.2665 °20.0883 °2-0.534 °20.0233 °2--0.9846 °2
S0.0128 Å °0.0696 Å °-0.1145 Å °0.002 Å °-0.0306 Å °0.0101 Å °0.0731 Å °0.0497 Å °0.0117 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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