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万見
- PDB-5k8h: The X-ray crystal structure of a parallel poly(rA) double helix g... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5k8h
タイトルThe X-ray crystal structure of a parallel poly(rA) double helix generated by rA7 at acidic pH
要素RNA 7-mer
キーワードRNA / parallel double-helix poly(rA) acidic pH adenine N1 protonation
機能・相同性AMMONIUM ION / RNA
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.069 Å
データ登録者Gleghorn, M.L. / Maquat, L.E.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R37 GM074593 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM22939 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)T32 CA09363 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2016
タイトル: Crystal structure of a poly(rA) staggered zipper at acidic pH: evidence that adenine N1 protonation mediates parallel double helix formation.
著者: Gleghorn, M.L. / Zhao, J. / Turner, D.H. / Maquat, L.E.
履歴
登録2016年5月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年7月13日Group: Database references
改定 1.22016年7月20日Group: Data collection
改定 1.32016年8月17日Group: Structure summary
改定 1.42016年10月12日Group: Database references
改定 1.52017年9月20日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.62019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.72023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA 7-mer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,2782
ポリマ－2,2591
非ポリマー181
水1448
1
A: RNA 7-mer
ヘテロ分子

A: RNA 7-mer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,5554
ポリマ－4,5192
非ポリマー362
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_835-x+3,-y-2,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)21.253, 21.253, 14.946
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
詳細The asymmetric unit is rA2, however the input RNA polymer is rA7, and this forms a continual parallel poly(rA) double helix structure. This structure is referred to as a "staggered zipper" since the rA7 strands overlap in a many different registers relative to their opposite, paired strands, to form the helix.

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要素

#1: RNA鎖 RNA 7-mer


分子量: 2259.483 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物 ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION / アンモニウム


分子量: 18.038 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4N
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 8 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.5
詳細: rA7 dissolved in water to 10 mM and was diluted 1/10 v/v in 0.75% PEG 1000. One uL of this was mixed with 1 uL of the following reservoir solution: (0.24 M ammonium sulfate and 0.06 M citric ...詳細: rA7 dissolved in water to 10 mM and was diluted 1/10 v/v in 0.75% PEG 1000. One uL of this was mixed with 1 uL of the following reservoir solution: (0.24 M ammonium sulfate and 0.06 M citric acid pH 3.5) to generate a hanging drop over 1 mL of this reservoir solution.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9553 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9553 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.069→21.25 Å / Num. obs: 1679 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 19.3 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.127 / Rpim(I) all: 0.032 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 1.069→1.14 Å / 冗長度: 8.9 % / Rmerge(I) obs: 1.059 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 247 / CC1/2: 0.987 / Rpim(I) all: 0.333 / % possible all: 87.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: rA2 section of the 4JRD

4jrd


解像度: 1.069→15.028 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.108 146 9.02 %
Rwork0.1061 1473 -
obs0.1063 1619 94.84 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.069→15.028 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 44 1 8 53
LS精密化 シェル解像度: 1.069→1.107 Å / Rfactor Rfree: 0.3975 / Rfactor Rwork: 0.318 / Rfactor obs: 0.318

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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