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- PDB-5k83: Crystal Structure of a Primate APOBEC3G N-Domain, in Complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5k83
タイトルCrystal Structure of a Primate APOBEC3G N-Domain, in Complex with ssDNA
要素
  • Apolipoprotein B mRNA editing enzyme, catalytic peptide-like 3G,Apolipoprotein B mRNA editing enzyme, catalytic peptide-like 3G
  • DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')
キーワードHYDROLASE / APOBEC3G / Vif / HIV / APOBEC
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 環状アミジンに作用 / : / DNA cytosine deamination / cytidine deaminase activity / transposable element silencing / P-body / defense response to virus / ribonucleoprotein complex / innate immune response / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Novel AID APOBEC clade 2 / : / APOBEC/CMP deaminase, zinc-binding / Cytidine and deoxycytidylate deaminases zinc-binding region signature. / Cytidine and deoxycytidylate deaminase domain / Cytidine and deoxycytidylate deaminases domain profile. / Cytidine deaminase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3G
類似検索 - 構成要素
生物種Macaca mulatta (アカゲザル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.39 Å
データ登録者Xiao, X. / Li, S.-X. / Yang, H. / Chen, X.S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM087986 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: Crystal structures of APOBEC3G N-domain alone and its complex with DNA.
著者: Xiao, X. / Li, S.X. / Yang, H. / Chen, X.S.
履歴
登録2016年5月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22022年4月13日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_audit_support.grant_number / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Apolipoprotein B mRNA editing enzyme, catalytic peptide-like 3G,Apolipoprotein B mRNA editing enzyme, catalytic peptide-like 3G
C: Apolipoprotein B mRNA editing enzyme, catalytic peptide-like 3G,Apolipoprotein B mRNA editing enzyme, catalytic peptide-like 3G
I: DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')
F: Apolipoprotein B mRNA editing enzyme, catalytic peptide-like 3G,Apolipoprotein B mRNA editing enzyme, catalytic peptide-like 3G
E: Apolipoprotein B mRNA editing enzyme, catalytic peptide-like 3G,Apolipoprotein B mRNA editing enzyme, catalytic peptide-like 3G
J: DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')
B: Apolipoprotein B mRNA editing enzyme, catalytic peptide-like 3G,Apolipoprotein B mRNA editing enzyme, catalytic peptide-like 3G
A: Apolipoprotein B mRNA editing enzyme, catalytic peptide-like 3G,Apolipoprotein B mRNA editing enzyme, catalytic peptide-like 3G
H: DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,94015
ポリマ－147,5489
非ポリマー3926
水4,972276
1
D: Apolipoprotein B mRNA editing enzyme, catalytic peptide-like 3G,Apolipoprotein B mRNA editing enzyme, catalytic peptide-like 3G
C: Apolipoprotein B mRNA editing enzyme, catalytic peptide-like 3G,Apolipoprotein B mRNA editing enzyme, catalytic peptide-like 3G
I: DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,3135
ポリマ－49,1833
非ポリマー1312
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
F: Apolipoprotein B mRNA editing enzyme, catalytic peptide-like 3G,Apolipoprotein B mRNA editing enzyme, catalytic peptide-like 3G
E: Apolipoprotein B mRNA editing enzyme, catalytic peptide-like 3G,Apolipoprotein B mRNA editing enzyme, catalytic peptide-like 3G
J: DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,3135
ポリマ－49,1833
非ポリマー1312
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
B: Apolipoprotein B mRNA editing enzyme, catalytic peptide-like 3G,Apolipoprotein B mRNA editing enzyme, catalytic peptide-like 3G
A: Apolipoprotein B mRNA editing enzyme, catalytic peptide-like 3G,Apolipoprotein B mRNA editing enzyme, catalytic peptide-like 3G
H: DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,3135
ポリマ－49,1833
非ポリマー1312
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)105.720, 83.311, 105.754
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 120.000, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Apolipoprotein B mRNA editing enzyme, catalytic peptide-like 3G,Apolipoprotein B mRNA editing enzyme, catalytic peptide-like 3G


分子量: 23092.783 Da / 分子数: 6
断片: UNP residues 1-195 (139CQKRDGPH146 replaced by AEAG)
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 遺伝子: APOBEC3G / プラスミド: pGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / 参照: UniProt: M1GSK9
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')


分子量: 2996.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Macaca mulatta (アカゲザル)
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 276 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.63 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Tris pH 8.0, 6% PEG 8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.39→45.792 Å / Num. obs: 63261 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 26
反射 シェル解像度: 2.39→2.48 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5K81

5k81


解像度: 2.39→45.792 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.7
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2509 1990 3.15 %
Rwork0.1865 --
obs0.1885 63249 99.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 109.32 Å2 / Biso mean: 45.3537 Å2 / Biso min: 14.32 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.39→45.792 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9454 101 107 276 9938
Biso mean--60.88 41.66 -
残基数----1127
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0099894
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.16913461
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0471373
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061684
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.5743671
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3871-2.44680.31031330.24064239437296
2.4468-2.51290.29471470.22743214468100
2.5129-2.58680.23841470.20343974544100
2.5868-2.67030.24381370.193343144451100
2.6703-2.76580.30391360.207743314467100
2.7658-2.87650.28611440.211744234567100
2.8765-3.00740.2951410.203343714512100
3.0074-3.16590.19491440.202643304474100
3.1659-3.36420.33261320.213644234555100
3.3642-3.62380.29021470.199843614508100
3.6238-3.98830.26221530.184944054558100
3.9883-4.5650.19851470.167743934540100
4.565-5.74960.25721320.163844404572100
5.7496-45.80030.18831500.149845114661100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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