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- PDB-5k7b: Beclin 2 CCD homodimer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5k7b
タイトルBeclin 2 CCD homodimer
要素Beclin-2
キーワードAPOPTOSIS / Coiled-coil Domain / Autophagy
機能・相同性
機能・相同性情報


G protein-coupled receptor catabolic process / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III, type II / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III, type I / late endosome to vacuole transport / phagophore assembly site / cellular response to nitrogen starvation / endosome to lysosome transport / autophagosome assembly / phosphatidylinositol 3-kinase binding / mitophagy ...G protein-coupled receptor catabolic process / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III, type II / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III, type I / late endosome to vacuole transport / phagophore assembly site / cellular response to nitrogen starvation / endosome to lysosome transport / autophagosome assembly / phosphatidylinositol 3-kinase binding / mitophagy / autophagy / glucose homeostasis / protein-macromolecule adaptor activity / protein-containing complex binding
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #3110 / Atg6/Beclin / Atg6/Beclin C-terminal domain superfamily / Atg6, BARA domain / Atg6/beclin, coiled-coil domain / Apg6 BARA domain / Apg6 coiled-coil region / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Special
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Su, M. / Sinha, S.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)RO3 NS090939 米国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-1413525 米国
National Science Foundation (NSF, United States)IIA-1355466 Doctoral Dissertation Award 米国
North Dakota EPSCoR Track 1 米国
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2017
タイトル: BECN2 interacts with ATG14 through a metastable coiled-coil to mediate autophagy.
著者: Su, M. / Li, Y. / Wyborny, S. / Neau, D. / Chakravarthy, S. / Levine, B. / Colbert, C.L. / Sinha, S.C.
履歴
登録2016年5月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月10日Group: Database references
改定 1.22017年9月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support
改定 1.32019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beclin-2
B: Beclin-2
C: Beclin-2
D: Beclin-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,2014
ポリマ－45,2014
非ポリマー00
水2,504139
1
A: Beclin-2
B: Beclin-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,6012
ポリマ－22,6012
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4190 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area13360 Å2
手法PISA
2
C: Beclin-2
D: Beclin-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,6012
ポリマ－22,6012
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4090 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area13100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.460, 44.320, 97.957
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.77, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MI121

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要素

#1: タンパク質
Beclin-2 / Beclin-1 autophagy-related pseudogene 1 / Beclin-1-like protein 1


分子量: 11300.361 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 158-250 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BECN2, BECN1L1, BECN1P1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A8MW95
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.96 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 6.5, 0.1 M NaCl and 1.5 M (NH4)2SO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.19→40.33 Å / Num. obs: 17947 / % possible obs: 84.6 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル解像度: 2.19→2.26 Å / 冗長度: 3.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 87

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.2_1309精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→40.33 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.236 791 5.14 %
Rwork0.221 --
obs-15375 83.48 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→40.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2877 0 0 139 3016
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.022
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.548
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.873
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.148
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.44410.28991390.2582484X-RAY DIFFRACTION86
2.4441-2.63280.30391280.24042271X-RAY DIFFRACTION80
2.6328-2.89760.25011260.23432527X-RAY DIFFRACTION87
2.8976-3.31680.25721260.23472305X-RAY DIFFRACTION80
3.3168-4.17810.21061330.18662451X-RAY DIFFRACTION84
4.1781-40.330.20461390.22392546X-RAY DIFFRACTION85
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 44.981 Å / Origin y: 28.763 Å / Origin z: 10.585 Å
111213212223313233
T0.1902 Å20.0088 Å2-0.0462 Å2-0.1855 Å20.0071 Å2--0.1519 Å2
L2.1763 °20.0118 °2-1.3465 °2-0.2947 °20.0796 °2--0.9822 °2
S0.1393 Å °0.0198 Å °0.0539 Å °-0.0141 Å °-0.0317 Å °0.0256 Å °-0.1071 Å °-0.0135 Å °-0.122 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1ALLA160 - 246
2X-RAY DIFFRACTION1ALLC-2 - 241
3X-RAY DIFFRACTION1ALLB-1 - 247
4X-RAY DIFFRACTION1ALLD162 - 249

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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