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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5k77 | ||||||
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タイトル | Dbr1 in complex with 7-mer branched RNA | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE/RNA / metalloenzyme / complex / branched RNA / HYDROLASE-RNA complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RNA lariat debranching enzyme activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 / RNA splicing, via transesterification reactions / mRNA splicing, via spliceosome / manganese ion binding / iron ion binding / perinuclear region of cytoplasm / RNA binding / zinc ion binding / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.17 Å | ||||||
データ登録者 | Clark, N.E. / Taylor, A.B. / Hart, P.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2016 タイトル: Metal dependence and branched RNA cocrystal structures of the RNA lariat debranching enzyme Dbr1. 著者: Clark, N.E. / Katolik, A. / Roberts, K.M. / Taylor, A.B. / Holloway, S.P. / Schuermann, J.P. / Montemayor, E.J. / Stevens, S.W. / Fitzpatrick, P.F. / Damha, M.J. / Hart, P.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5k77.cif.gz | 765.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5k77.ent.gz | 630.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5k77.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5k77_validation.pdf.gz | 520.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5k77_full_validation.pdf.gz | 528.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5k77_validation.xml.gz | 64.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5k77_validation.cif.gz | 91 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k7/5k77 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k7/5k77 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 4pefS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 5分子 ABCDE
#1: タンパク質 | 分子量: 41846.934 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ) 遺伝子: EHI_062730 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C4M1P9 |
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-RNA鎖 , 2種, 10分子 VWXYZvwxyz
#2: RNA鎖 | 分子量: 1554.008 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This is a 2' branched RNA 5'-UAA(-2'GU)CA-3' / 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) #3: RNA鎖 | 分子量: 606.414 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This is a 2' branched RNA 5'-UAA(-2'GU)CA-3' / 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
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-非ポリマー , 5種, 558分子
#4: 化合物 | ChemComp-ZN / #5: 化合物 | ChemComp-FE2 / #6: 化合物 | ChemComp-SO4 / #7: 化合物 | ChemComp-OH / #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.92 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: PEG 3350, lithium sulfate, glycerol, bis-tris |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9795 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.17→118.005 Å / Num. obs: 220944 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.6 % / CC1/2: 0.984 / Rmerge(I) obs: 0.118 / Net I/σ(I): 10.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.17→2.29 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.72 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 99.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: 4PEF 解像度: 2.17→118.005 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.08 / 位相誤差: 23.4
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.17→118.005 Å
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拘束条件 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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