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万見
- PDB-5k6j: Human Phospodiesterase 4B in complex with pyridyloxy-benzoxaborol... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5k6j
タイトルHuman Phospodiesterase 4B in complex with pyridyloxy-benzoxaborole based inhibitor
要素cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4B
キーワードHYDROLASE / PHOSPHODIESTERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / gamma-tubulin complex / negative regulation of relaxation of cardiac muscle / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase / neutrophil homeostasis / gamma-tubulin binding / regulation of cardiac muscle cell contraction / regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / voltage-gated calcium channel complex / leukocyte migration ...negative regulation of adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / gamma-tubulin complex / negative regulation of relaxation of cardiac muscle / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase / neutrophil homeostasis / gamma-tubulin binding / regulation of cardiac muscle cell contraction / regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / voltage-gated calcium channel complex / leukocyte migration / cAMP catabolic process / excitatory synapse / DARPP-32 events / calcium channel regulator activity / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity / cAMP binding / cellular response to epinephrine stimulus / positive regulation of interleukin-2 production / cAMP-mediated signaling / neutrophil chemotaxis / Z disc / positive regulation of type II interferon production / cellular response to xenobiotic stimulus / synaptic vesicle / T cell receptor signaling pathway / cellular response to lipopolysaccharide / transmembrane transporter binding / dendritic spine / postsynaptic density / centrosome / perinuclear region of cytoplasm / nucleus / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Phosphodiesterase 4 upstream conserved regions (UCR) / Phosphodiesterase 4 upstream conserved regions (UCR) / Catalytic domain of cyclic nucleotide phosphodiesterase 4b2b / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, conserved site / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain superfamily / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain signature. ...Phosphodiesterase 4 upstream conserved regions (UCR) / Phosphodiesterase 4 upstream conserved regions (UCR) / Catalytic domain of cyclic nucleotide phosphodiesterase 4b2b / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, conserved site / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain superfamily / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain signature. / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain profile. / Metal dependent phosphohydrolases with conserved 'HD' motif. / HD/PDEase domain / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6QQ / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase 4B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.86 Å
データ登録者Rock, F.L. / Zhou, Y. / Sullivan, D.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: To be published
著者: Dong, C. / Jarnagin, K.
履歴
登録2016年5月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02017年6月14日Group: Non-polymer description / Structure summary / カテゴリ: entity
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.name / _entity.pdbx_description
改定 2.12018年1月24日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal / Item: _exptl_crystal.density_percent_sol
改定 2.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,86221
ポリマ－37,3131
非ポリマー1,54820
水2,504139
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.839, 53.839, 229.850
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4B / DPDE4 / PDE32


分子量: 37313.285 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 101-423 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDE4B, DPDE4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07343, 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase

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非ポリマー , 5種, 159分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-6QQ / 6-[[7,7-bis(oxidanyl)-8-oxa-7-boranuidabicyclo[4.3.0]nona-1(6),2,4-trien-3-yl]oxy]-5-chloranyl-2-(4-oxidanylidenepentoxy)pyridine-3-carbonitrile


分子量: 403.601 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H17BClN2O6
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: RESERVOIR SOLUTION : NULL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年3月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
ReflectionLimit h max: 28 / Limit h min: 0 / Limit k max: 20 / Limit k min: 0 / Limit l max: 123 / Limit l min: 0 / 数: 29608 / D res high: 1.86 Å / D res low: 57.463 Å / Num. obs: 29585
反射解像度: 1.86→57.46 Å / Num. obs: 29585 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 15.5 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 28.75
Reflection scaleGroup code: 1
反射 シェル解像度: 1.86→2.11 Å / 冗長度: 16.3 % / Rmerge(I) obs: 0.438 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.6.0117精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: NONE

解像度: 1.86→57.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 3.14 / SU ML: 0.095 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.168 / ESU R Free: 0.146
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2347 2290 7.7 %RANDOM
Rwork0.2047 ---
obs0.2069 27295 99.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 72.75 Å2 / Biso mean: 25.317 Å2 / Biso min: 15.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.33 Å20 Å20 Å2
2--1.33 Å20 Å2
3----2.67 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.86→57.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2615 0 98 139 2852
Biso mean--41.09 40.47 -
残基数----323
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.022801
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021873
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9751.9633773
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.98234564
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.695332
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.58824.855138
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.87815488
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.5261514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.050.2418
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.023064
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02546
LS精密化 シェル解像度: 1.86→1.908 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.281 160 -
Rwork0.237 1717 -
all-1877 -
obs--99.89 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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