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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5k61 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of N-terminal amidase with Gln-Gly peptide | ||||||
![]() | Nta1p | ||||||
![]() | HYDROLASE / N-end rule / Nitrilase superfamily / Nta1 | ||||||
機能・相同性 | ![]() protein-N-terminal glutamine amidohydrolase activity / protein-N-terminal asparagine amidohydrolase activity / protein catabolic process 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kim, M.K. / Oh, S.-J. / Lee, B.-G. / Song, H.K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural basis for dual specificity of yeast N-terminal amidase in the N-end rule pathway. 著者: Kim, M.K. / Oh, S.J. / Lee, B.G. / Song, H.K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 104.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 77.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 442 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 444.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 19.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 28.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 52049.840 Da / 分子数: 1 / 変異: C187S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: CEN.PK113-7D / 遺伝子: CENPK1137D_1355 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-GLN / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.62 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2M Mg acetate tetrahydrate, 0.2M Na cacodylate pH6.5, 20% (w/v) PEG 8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9796 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→33.4 Å / Num. obs: 36454 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 15.7 % / Net I/σ(I): 66 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.001→33.399 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.99
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.001→33.399 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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