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- PDB-5k4x: M. thermoresistible IMPDH in complex with IMP and Compound 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5k4x
タイトルM. thermoresistible IMPDH in complex with IMP and Compound 1
要素Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase,Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / IMPDH / GuaB2 / inhibitor-complex
機能・相同性
機能・相同性情報


IMP dehydrogenase activity / IMP dehydrogenase / GMP biosynthetic process / GTP biosynthetic process / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMP dehydrogenase / GMP reductase, conserved site / IMP dehydrogenase / GMP reductase signature. / IMP dehydrogenase/GMP reductase / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain superfamily / CBS domain / CBS domain ...Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMP dehydrogenase / GMP reductase, conserved site / IMP dehydrogenase / GMP reductase signature. / IMP dehydrogenase/GMP reductase / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain superfamily / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile. / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6Q9 / INOSINIC ACID / Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium thermoresistibile (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.37 Å
データ登録者Pacitto, A. / Ascher, D.B. / Blundell, T.L.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
英国
引用ジャーナル: ACS Infect Dis / 年: 2017
タイトル: Essential but Not Vulnerable: Indazole Sulfonamides Targeting Inosine Monophosphate Dehydrogenase as Potential Leads against Mycobacterium tuberculosis.
著者: Park, Y. / Pacitto, A. / Bayliss, T. / Cleghorn, L.A. / Wang, Z. / Hartman, T. / Arora, K. / Ioerger, T.R. / Sacchettini, J. / Rizzi, M. / Donini, S. / Blundell, T.L. / Ascher, D.B. / Rhee, K. ...著者: Park, Y. / Pacitto, A. / Bayliss, T. / Cleghorn, L.A. / Wang, Z. / Hartman, T. / Arora, K. / Ioerger, T.R. / Sacchettini, J. / Rizzi, M. / Donini, S. / Blundell, T.L. / Ascher, D.B. / Rhee, K. / Breda, A. / Zhou, N. / Dartois, V. / Jonnala, S.R. / Via, L.E. / Mizrahi, V. / Epemolu, O. / Stojanovski, L. / Simeons, F. / Osuna-Cabello, M. / Ellis, L. / MacKenzie, C.J. / Smith, A.R. / Davis, S.H. / Murugesan, D. / Buchanan, K.I. / Turner, P.A. / Huggett, M. / Zuccotto, F. / Rebollo-Lopez, M.J. / Lafuente-Monasterio, M.J. / Sanz, O. / Diaz, G.S. / Lelievre, J. / Ballell, L. / Selenski, C. / Axtman, M. / Ghidelli-Disse, S. / Pflaumer, H. / Bosche, M. / Drewes, G. / Freiberg, G.M. / Kurnick, M.D. / Srikumaran, M. / Kempf, D.J. / Green, S.R. / Ray, P.C. / Read, K. / Wyatt, P. / Barry, C.E. / Boshoff, H.I.
履歴
登録2016年5月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年1月25日Group: Database references
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase,Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,4943
ポリマ－39,8541
非ポリマー6402
水6,287349
1
A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase,Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase,Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase,Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase,Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,97612
ポリマ－159,4184
非ポリマー2,5588
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_865-x+3,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_745-y+2,x-1,z1
crystal symmetry operation4_675y+1,-x+2,z1
Buried area15150 Å2
ΔGint-92 kcal/mol
Surface area43670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.743, 88.743, 84.973
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-834-

HOH

21A-844-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase,Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase


分子量: 39854.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium thermoresistibile (バクテリア)
遺伝子: RMCT_0580 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A100XBM0, UniProt: G7CNL4*PLUS, IMP dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-6Q9 / ~{N}-(2~{H}-indazol-6-yl)-3,5-dimethyl-1~{H}-pyrazole-4-sulfonamide


分子量: 291.329 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H13N5O2S
#3: 化合物 ChemComp-IMP / INOSINIC ACID / IMP


分子量: 348.206 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N4O8P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 349 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.4 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 100mM sodium acetate pH 5.5, 200mM calcium chloride, 8-14% iso-propanol

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年8月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.37→61.37 Å / Num. obs: 68980 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.5 % / Rmerge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル最高解像度: 1.37 Å / Rmerge(I) obs: 0.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: IMPDH

解像度: 1.37→61.37 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.25
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2125 3589 5.22 %
Rwork0.1986 --
obs0.1993 68787 99.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.37→61.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2285 0 43 349 2677
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092392
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1543272
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.203829
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044406
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005420
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.37-1.38810.37921380.33452484X-RAY DIFFRACTION100
1.3881-1.40710.32341270.32682536X-RAY DIFFRACTION99
1.4071-1.42720.30171160.31652492X-RAY DIFFRACTION100
1.4272-1.44850.33561210.34332512X-RAY DIFFRACTION99
1.4485-1.47110.331290.31492497X-RAY DIFFRACTION100
1.4711-1.49530.32331160.28612546X-RAY DIFFRACTION100
1.4953-1.5210.29981430.2682469X-RAY DIFFRACTION100
1.521-1.54870.26381470.25382515X-RAY DIFFRACTION100
1.5487-1.57850.26661600.23942513X-RAY DIFFRACTION100
1.5785-1.61070.25291220.22592509X-RAY DIFFRACTION100
1.6107-1.64570.22411700.21632446X-RAY DIFFRACTION100
1.6457-1.6840.21241620.21422525X-RAY DIFFRACTION100
1.684-1.72610.22611560.2042477X-RAY DIFFRACTION100
1.7261-1.77280.21391210.19782509X-RAY DIFFRACTION100
1.7728-1.8250.21431320.19662502X-RAY DIFFRACTION100
1.825-1.88390.21861690.20872461X-RAY DIFFRACTION100
1.8839-1.95120.26761380.28192499X-RAY DIFFRACTION98
1.9512-2.02940.23231800.20352468X-RAY DIFFRACTION100
2.0294-2.12170.21521340.18312501X-RAY DIFFRACTION100
2.1217-2.23360.2381290.18632501X-RAY DIFFRACTION99
2.2336-2.37350.19441250.21152523X-RAY DIFFRACTION99
2.3735-2.55680.1861650.17162481X-RAY DIFFRACTION100
2.5568-2.81410.17721390.18012520X-RAY DIFFRACTION100
2.8141-3.22130.19741130.17332550X-RAY DIFFRACTION100
3.2213-4.05840.181260.15932561X-RAY DIFFRACTION100
4.0584-61.43590.15181110.162601X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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