PDB-5k4a: Structure of the amidase mutant E79A at 2.3 Angstrom resolution

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5k4a

タイトル

Structure of the amidase mutant E79A at 2.3 Angstrom resolution

要素

Intracellular protease/amidase

キーワード

LYASE / Heat Shock Protein

機能・相同性

機能・相同性情報

glyoxalase III activity / methylglyoxal catabolic process to D-lactate via S-lactoyl-glutathione / protein deglycase activity / DNA repair / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio cholerae serotype O1 (コレラ菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Chowdhury, S.R. / Sen, U.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the amidase mutant E79A at 2.3 Angstrom resolution
著者: Chowdhury, S.R. / Sen, U.

履歴

登録	2016年5月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年6月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5k4a.cif.gz	656.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5k4a.ent.gz	547.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5k4a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k4/5k4a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k4/5k4a	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1n57S 5jzm 5jzo S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5jzm-4 5jzm-5 5jzm-1 5jzm-3 5jzo-6 4ax0-d 4i4n-4 3uj6-d 4i46-5 6lp0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

C: Intracellular protease/amidase

F: Intracellular protease/amidase

A: Intracellular protease/amidase

B: Intracellular protease/amidase

D: Intracellular protease/amidase

E: Intracellular protease/amidase

189 kDa, 6 ポリマー
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1

C: Intracellular protease/amidase

登録者が定義した集合体
31.5 kDa, 1 ポリマー
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2

F: Intracellular protease/amidase

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31.5 kDa, 1 ポリマー
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3

A: Intracellular protease/amidase

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4

B: Intracellular protease/amidase

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5

D: Intracellular protease/amidase

登録者が定義した集合体
31.5 kDa, 1 ポリマー
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6

E: Intracellular protease/amidase

登録者が定義した集合体
31.5 kDa, 1 ポリマー
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7

C: Intracellular protease/amidase

D: Intracellular protease/amidase

ソフトウェアが定義した集合体
62.9 kDa, 2 ポリマー
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8

F: Intracellular protease/amidase

E: Intracellular protease/amidase

ソフトウェアが定義した集合体
62.9 kDa, 2 ポリマー
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9

A: Intracellular protease/amidase

B: Intracellular protease/amidase

ソフトウェアが定義した集合体
62.9 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	104.395, 79.630, 106.412
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 107.84, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Intracellular protease/amidase 分子量: 31453.518 Da / 分子数: 6 / 変異: E79A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Vibrio cholerae serotype O1 (strain ATCC 39541 / Classical Ogawa 395 / O395) (コレラ菌) 株: ATCC 39541 / Classical Ogawa 395 / O395 / 遺伝子: VC0395_0351, VC395_A0912 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H3AFW5, D-lactate dehydratase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 575 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Intracellular protease/amidase

分子量: 31453.518 Da / 分子数: 6 / 変異: E79A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Vibrio cholerae serotype O1 (strain ATCC 39541 / Classical Ogawa 395 / O395) (コレラ菌)
株: ATCC 39541 / Classical Ogawa 395 / O395 / 遺伝子: VC0395_0351, VC395_A0912 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H3AFW5, D-lactate dehydratase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 575 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.12 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 5% PEG 6000, 0.1M sodium citrate (pH 5.0), 8% MPD against a reservoir solution of 15% PEG 6000, 0.1M Tris-Hcl (pH 8.5), 5% MPD.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 293 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年12月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→30 Å / Num. obs: 68904 / % possible obs: 92.2 % / 冗長度: 2.1 % / R_merge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 6.7
反射シェル	解像度: 2.3→2.42 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8_1069	精密化
iMOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1N57

1n57

解像度: 2.3→24.73 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.68

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2462	3454	5.01 %
R_work	0.1797	-	-
obs	0.1831	68904	92.24 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→24.73 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12996	0	0	575	13571

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	13370
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.162	18166
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.486	4790
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.079	1908
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	2395

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2927-2.3241	0.3514	126	0.277	2510	X-RAY DIFFRACTION	88
2.3241-2.3572	0.3531	134	0.2639	2598	X-RAY DIFFRACTION	93
2.3572-2.3924	0.3584	121	0.2589	2647	X-RAY DIFFRACTION	93
2.3924-2.4297	0.3028	136	0.2376	2678	X-RAY DIFFRACTION	93
2.4297-2.4695	0.3121	155	0.2446	2599	X-RAY DIFFRACTION	94
2.4695-2.5121	0.3863	129	0.2476	2658	X-RAY DIFFRACTION	94
2.5121-2.5577	0.3158	139	0.2305	2688	X-RAY DIFFRACTION	95
2.5577-2.6069	0.3164	147	0.2247	2663	X-RAY DIFFRACTION	95
2.6069-2.66	0.3183	141	0.2195	2710	X-RAY DIFFRACTION	95
2.66-2.7178	0.2701	147	0.2188	2654	X-RAY DIFFRACTION	95
2.7178-2.7809	0.3781	121	0.2189	2699	X-RAY DIFFRACTION	95
2.7809-2.8504	0.2878	139	0.2236	2699	X-RAY DIFFRACTION	95
2.8504-2.9273	0.2771	138	0.2164	2691	X-RAY DIFFRACTION	95
2.9273-3.0133	0.3047	144	0.2163	2671	X-RAY DIFFRACTION	95
3.0133-3.1104	0.2602	154	0.2003	2690	X-RAY DIFFRACTION	94
3.1104-3.2213	0.2737	127	0.1912	2675	X-RAY DIFFRACTION	94
3.2213-3.35	0.246	145	0.1811	2647	X-RAY DIFFRACTION	93
3.35-3.5021	0.2327	155	0.1746	2608	X-RAY DIFFRACTION	93
3.5021-3.6862	0.2325	137	0.1637	2656	X-RAY DIFFRACTION	92
3.6862-3.9163	0.2138	157	0.1576	2569	X-RAY DIFFRACTION	92
3.9163-4.2173	0.2308	143	0.1437	2570	X-RAY DIFFRACTION	90
4.2173-4.6391	0.1853	114	0.1329	2581	X-RAY DIFFRACTION	90
4.6391-5.3047	0.1897	148	0.1424	2515	X-RAY DIFFRACTION	88
5.3047-6.6616	0.214	135	0.1533	2437	X-RAY DIFFRACTION	85
6.6616-24.7315	0.1632	122	0.137	2337	X-RAY DIFFRACTION	80

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9772	-0.7427	-0.5088	1.8856	0.0542	2.8986	-0.0465	0.0231	0.3526	0.1535	0.0507	-0.4267	-0.6945	0.4652	0.0234	0.3678	-0.0518	-0.0718	0.262	-0.0163	0.3822	-6.3972	27.3257	31.2791
2	0.4285	0.052	-0.7224	2.1373	-0.0314	1.2173	0.1925	-0.3744	-0.1722	0.0237	0.1775	0.0755	0.1114	0.9393	0.101	0.402	0.1023	-0.3435	0.5106	0.1498	0.6281	7.2085	2.519	45.8595
3	0.4058	0.125	-0.2669	1.0335	0.1685	1.7145	0.0137	-0.0752	-0.0062	0.0384	-0.0297	-0.3263	0.0676	0.1873	0.0357	0.2174	0.0104	-0.0517	0.2236	0.0014	0.2981	-3.4193	8.2229	34.5057
4	1.985	0.5441	-0.5467	1.087	0.0408	2.0692	-0.0759	0.013	-0.2143	0.1241	-0.1185	-0.3631	0.5287	0.0512	0.1583	0.4616	0.0268	-0.0399	0.2453	-0.005	0.3456	-7.6939	-5.7016	30.535
5	0.4292	0.0846	-0.2285	1.4131	0.0086	1.838	-0.0199	-0.0215	0.014	0.0707	-0.0305	0.0751	0.1906	-0.2531	0.0307	0.3141	-0.0254	-0.0217	0.2264	-0.0195	0.2514	-15.9573	4.2266	42.5805
6	0.287	0.4839	-0.0369	1.1462	-0.1017	1.1558	0.1148	-0.1095	0.0106	0.4063	-0.0941	-0.1719	-0.1351	-0.1849	-0.0226	0.3945	0.0038	-0.0461	0.2845	-0.0116	0.3047	-15.7327	11.4536	47.5252
7	3.1073	0.2382	-0.2871	2.7536	0.4998	2.9809	-0.0227	-0.5053	-0.0489	0.1337	-0.1381	-0.3204	0.5921	0.3495	0.0904	0.5305	-0.0021	-0.1191	0.2942	0.0316	0.3243	-0.8526	-0.1229	50.1351
8	0.8445	-0.3119	-0.0683	0.2161	0.0946	0.0386	0.3441	-0.2188	0.2767	-0.0242	0.2345	0.3432	-0.2011	-0.1257	-0.4267	0.6231	0.0976	0.1847	0.7274	0.0214	0.456	-74.4251	2.0961	66.7866
9	0.6872	-0.7171	-0.4779	1.1391	0.4583	2.0336	0.1069	-0.238	0.4139	-0.0262	0.0016	0.0928	-0.8862	-0.1917	0.0322	0.8743	-0.002	0.1147	0.4093	-0.0586	0.4492	-57.6033	14.7055	72.0814
10	0.1323	-0.0564	-0.0437	2.3148	1.2028	1.9637	0.1466	-0.4638	0.2807	-0.364	-0.0816	-0.3966	-1.5234	-0.4116	-0.1342	1.2974	0.1502	0.1327	0.5153	-0.0123	0.5329	-60.0775	19.9249	70.9979
11	0.628	0.3549	-0.2375	1.3097	0.243	1.2117	-0.1774	0.1168	-0.037	-0.3806	0.3498	-0.8403	-1.0463	0.1275	0.0723	1.5244	-0.5588	0.127	0.6799	-0.1088	0.6284	-43.3918	19.6616	62.4905
12	1.5287	-0.2062	0.6345	0.7495	-0.0241	1.4037	-0.0218	0.3133	0.0683	0.2877	0.3607	-0.0855	-1.3834	0.5158	-0.1514	0.6715	-0.1702	0.1732	0.3682	-0.0733	0.4657	-47.6156	9.1698	67.9888
13	3.0729	0.4261	0.8679	2.2442	0.6385	3.3198	0.1029	-0.2025	-0.0615	0.398	0.396	-0.1782	-0.1267	0.6044	-0.3942	0.4787	-0.0885	0.0647	0.4954	-0.1382	0.3891	-47.9239	4.2107	75.8296
14	0.5095	-0.0877	-0.6613	1.9459	-0.89	3.3375	0.0912	-0.078	0.135	0.7279	0.424	-0.0327	0.1018	-0.0866	-0.292	0.506	-0.0104	0.0183	0.349	-0.0223	0.3041	-52.6362	0.9965	78.4628
15	3.1817	1.6241	2.2766	1.0998	1.5397	2.576	-0.1721	-0.1861	0.5287	0.3675	0.4215	-0.1107	-0.8149	0.4916	0.0064	1.5797	0.0144	0.1885	0.4315	-0.1578	0.4244	-50.5699	19.0173	84.2975
16	1.2159	0.3423	0.3154	1.3856	-0.635	2.2406	-0.0356	0.0803	-0.1025	-0.1214	0.0621	0.0179	0.0385	-0.1279	-0.0107	0.1016	0.0154	0.007	0.1895	-0.044	0.2236	-36.8459	49.469	-4.9486
17	3.0524	-1.3063	-0.2693	1.9735	0.1445	3.6754	0.0983	0.3276	0.3366	-0.6113	-0.1181	0.1138	-0.3907	-0.0748	-0.0507	0.3265	-0.0373	0.0609	0.2583	-0.0587	0.2196	-30.9673	49.7718	-19.1566
18	2.2764	-0.3115	-0.0198	1.8266	1.2107	0.8038	-0.1071	-0.3522	-0.5248	-0.0472	0.3013	0.1709	0.3808	-0.2606	-0.072	0.1967	-0.0042	-0.0158	0.2939	0.0644	0.3934	-33.971	28.7736	17.621
19	0.0777	0.1068	0.1455	2.7363	0.6863	0.2722	0.0772	-0.3586	-0.0563	0.355	-0.0512	0.5529	-0.158	-0.4076	0.098	0.4886	0.1429	0.2009	0.5562	0.0487	0.3657	-43.2525	49.9176	39.5862
20	0.4486	0.1806	0.3395	1.0068	-0.5092	1.4661	0.0649	-0.1068	-0.079	0.0986	-0.0115	0.1177	-0.2483	-0.3519	-0.0158	0.2104	0.0543	0.0382	0.277	-0.0102	0.2458	-35.2511	48.9185	23.2967
21	1.0169	-0.1925	0.182	1.7508	0.067	1.6928	0.0506	0.0112	-0.0137	0.3512	-0.1321	0.1464	-0.0426	-0.8968	-0.0775	0.1967	0.0798	0.0463	0.4791	0.0405	0.3651	-45.3907	44.7519	26.4947
22	1.7924	0.4699	0.2078	2.6337	0.7953	2.9855	-0.1915	-0.0096	0.2688	-0.0639	0.1084	-0.1559	-0.9742	-0.3387	0.1367	0.5212	0.1127	-0.0444	0.2846	-0.0008	0.391	-34.0918	65.8369	20.5494
23	1.0267	0.1356	0.2885	1.3595	0.2995	1.7933	-0.0449	-0.0677	-0.0945	0.1499	0.0452	-0.0777	-0.2321	0.0646	0.0127	0.2034	0.0248	-0.008	0.2183	0.007	0.1885	-22.6462	49.6667	28.3487
24	2.2984	-0.8149	-0.3511	2.4167	0.1288	1.7025	-0.137	-0.288	0.1679	1.0326	0.3432	-0.2051	-0.1454	-0.4032	-0.1437	0.4515	0.1312	0.0325	0.3465	0.012	0.217	-34.4931	53.7761	40.7226
25	1.1437	0.4421	0.9246	1.8044	0.426	0.9528	0.4158	0.1125	0.5648	0.0443	-0.138	-0.1397	-0.5492	0.5902	-0.0125	0.271	0.07	0.1336	0.3234	0.1165	0.5366	2.7965	19.0786	12.6222
26	2.0231	0.9749	-0.7055	0.6494	-0.2398	0.3225	0.0312	0.4165	0.4878	-1.0008	-0.3682	0.4057	-0.2542	-0.3664	0.219	0.7407	0.4123	-0.217	0.8318	-0.0419	0.6034	-26.4738	22.0574	0.3051
27	0.5658	-0.8512	0.1232	1.6089	0.0144	1.6674	0.2991	0.2003	-0.0278	-0.3401	-0.2751	0.1676	-0.0079	-0.2295	-0.0476	0.3054	0.0794	-0.0175	0.2679	-0.021	0.2727	-19.6824	13.1392	12.7676
28	1.8603	0.3829	0.3036	1.2514	0.3071	1.2277	0.5219	0.2613	-0.2383	-0.3944	-0.444	0.2943	0.4837	-0.1199	-0.0812	0.5189	0.1098	-0.1825	0.3269	-0.0901	0.3848	-21.2783	-0.1526	8.1831
29	1.0111	-0.6027	0.5173	1.3336	0.3763	1.9807	0.8747	0.4371	-0.2483	-1.3262	-0.5442	-0.2701	0.2974	-0.2227	-0.0807	0.6481	0.4137	0.0167	0.4452	-0.121	0.2658	-6.8542	1.7094	2.9109
30	0.7388	-0.6201	-0.051	2.0495	-0.0508	0.7232	0.7484	0.6862	-0.264	-0.9242	-0.6239	0.228	-0.0506	-0.4044	-0.118	0.8464	0.3495	-0.1747	0.6458	-0.0661	0.3808	-20.6634	8.4793	-4.07
31	1.0078	0.2686	0.2417	1.4465	0.906	2.847	-0.225	-0.0765	0.0666	0.6052	0.3238	0.2893	-0.3881	-0.9942	-0.0374	0.6264	0.2405	0.0714	0.7966	0.0383	0.4087	-75.8778	13.5227	46.8826
32	1.8584	-0.6509	-0.6412	1.4834	-0.8528	1.6934	-0.4872	-0.3617	-0.2221	0.6437	0.4654	0.1222	0.447	-0.1227	-0.0027	0.5953	0.2062	0.0494	0.4685	0.0456	0.2882	-59.203	3.9526	41.7458
33	1.3476	-0.9081	-0.9791	1.9954	0.7428	1.068	-0.2799	-0.1688	-0.1116	0.5235	0.3342	0.4562	1.1923	-0.4771	-0.0075	0.6772	-0.004	0.1246	0.657	0.1066	0.4862	-68.1251	-1.6293	44.3015
34	0.7741	-0.2936	0.0239	1.479	0.1924	1.0682	-0.4129	-0.3961	0.0848	0.5935	0.4763	-0.2396	0.3116	0.2789	-0.0261	0.4938	0.3135	-0.1	0.541	-0.0696	0.3081	-48.5669	8.4238	39.9856
35	1.2094	0.1195	-0.0135	0.9427	-0.0959	2.1918	-0.3604	-0.1732	0.205	0.3128	0.2703	-0.0353	-0.4219	-0.1053	0.0957	0.3495	0.1582	-0.0624	0.4033	-0.0181	0.2893	-59.128	20.0517	33.7186
36	2.7741	0.59	0.346	2.9177	0.0768	3.5079	0.01	0.6141	-0.3167	-0.5277	0.0056	0.0747	0.6166	-0.2225	-0.0235	0.4302	0.0078	-0.0091	0.3714	-0.0683	0.2249	-58.6906	1.3419	27.1813

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'C' and (resid 5 through 30 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'C' and (resid 31 through 50 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'C' and (resid 51 through 124 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'C' and (resid 125 through 148 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'C' and (resid 149 through 222 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'C' and (resid 223 through 264 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 265 through 285 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'F' and (resid 5 through 30 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'F' and (resid 31 through 76 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'F' and (resid 77 through 129 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'F' and (resid 130 through 148 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'F' and (resid 149 through 175 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'F' and (resid 176 through 222 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'F' and (resid 223 through 264 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'F' and (resid 265 through 285 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'A' and (resid 5 through 264 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'A' and (resid 265 through 285 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 5 through 30 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 31 through 50 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'B' and (resid 51 through 107 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'B' and (resid 108 through 130 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'B' and (resid 131 through 148 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'B' and (resid 149 through 264 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'B' and (resid 265 through 285 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 5 through 30 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 31 through 50 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 51 through 161 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 162 through 197 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 198 through 240 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resid 241 through 285 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'E' and (resid 5 through 40 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'E' and (resid 41 through 107 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'E' and (resid 108 through 130 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'E' and (resid 131 through 197 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'E' and (resid 198 through 264 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'E' and (resid 265 through 285 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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