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- PDB-5k30: Crystal structure of methionine gamma-lyase from Citrobacter freu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5k30
タイトルCrystal structure of methionine gamma-lyase from Citrobacter freundii modified by S-Ethyl-L-cysteine sulfoxide
要素Methionine gamma-lyase
キーワードLYASE / methionine gamma-lyase
機能・相同性
機能・相同性情報


methionine gamma-lyase / methionine gamma-lyase activity / transsulfuration / pyridoxal phosphate binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
L-methionine gamma-lyase / Cys/Met metabolism, pyridoxal phosphate-dependent enzyme / Cys/Met metabolism PLP-dependent enzyme / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase ...L-methionine gamma-lyase / Cys/Met metabolism, pyridoxal phosphate-dependent enzyme / Cys/Met metabolism PLP-dependent enzyme / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / L-methionine gamma-lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Citrobacter freundii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.59 Å
データ登録者Revtovich, S.V. / Nikulin, A.D. / Morozova, E.A. / Demidkina, T.V.
資金援助 ロシア, 1件
組織認可番号国
Russian Foundation for Basic Research14-04-00349 ロシア
引用ジャーナル: Biochimie / 年: 2020
タイトル: Sulfoxides of sulfur-containing amino acids are suicide substrates of Citrobacter freundii methionine gamma-lyase. Structural bases of the enzyme inactivation.
著者: Revtovich, S. / Morozova, E. / Kulikova, V. / Koval, V. / Anufrieva, N. / Nikulin, A. / Demidkina, T.
履歴
登録2016年5月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年4月22日Group: Atomic model / Database references / カテゴリ: atom_site / citation / citation_author
Item: _atom_site.occupancy / _citation.country ..._atom_site.occupancy / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methionine gamma-lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,1317
ポリマ－43,1171
非ポリマー1,0146
水4,252236
1
A: Methionine gamma-lyase
ヘテロ分子

A: Methionine gamma-lyase
ヘテロ分子

A: Methionine gamma-lyase
ヘテロ分子

A: Methionine gamma-lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)176,52528
ポリマ－172,4694
非ポリマー4,05624
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area31730 Å2
ΔGint-149 kcal/mol
Surface area46370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.352, 122.787, 128.351
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-516-

HOH

21A-671-

HOH

31A-687-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Methionine gamma-lyase


分子量: 43117.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Citrobacter freundii (バクテリア)
遺伝子: AN672_11005, TN42_08855, TO64_18625 / プラスミド: PET-MGL / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0A5P8W7, methionine gamma-lyase

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非ポリマー , 6種, 242分子

#2: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#3: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#6: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 236 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.97 %
結晶化温度: 303 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 35% MMEPEG 2000, 50 mM Tris-HCl, 0.2 mM PLP, protein 10 mg/ml

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918409 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918409 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.59→50 Å / Num. obs: 59580 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 16.8
反射 シェル解像度: 1.59→1.69 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.8 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 97.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2RFV

2rfv


解像度: 1.59→44.36 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.94
Rfactor反射数%反射
Rfree0.202 2975 4.99 %
Rwork0.178 --
obs0.179 59580 99.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.59→44.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2921 0 66 236 3223
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063162
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8274287
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.2771917
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054485
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006554
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5905-1.61650.35181350.3562498X-RAY DIFFRACTION92
1.6165-1.64440.35071400.33532650X-RAY DIFFRACTION99
1.6444-1.67430.32141400.32152670X-RAY DIFFRACTION99
1.6743-1.70650.35691420.29692688X-RAY DIFFRACTION100
1.7065-1.74140.31921400.2672657X-RAY DIFFRACTION99
1.7414-1.77920.29441420.25272696X-RAY DIFFRACTION99
1.7792-1.82060.28321420.23622688X-RAY DIFFRACTION100
1.8206-1.86610.22431390.22072681X-RAY DIFFRACTION100
1.8661-1.91660.28231390.20642687X-RAY DIFFRACTION99
1.9166-1.9730.20211410.20122669X-RAY DIFFRACTION99
1.973-2.03670.23171410.18712685X-RAY DIFFRACTION99
2.0367-2.10950.21081430.18272708X-RAY DIFFRACTION99
2.1095-2.19390.21251410.17532701X-RAY DIFFRACTION100
2.1939-2.29380.17061400.1692667X-RAY DIFFRACTION99
2.2938-2.41470.21711440.17192731X-RAY DIFFRACTION100
2.4147-2.5660.18271420.17282718X-RAY DIFFRACTION100
2.566-2.76410.20321410.16972703X-RAY DIFFRACTION100
2.7641-3.04220.21361450.16892745X-RAY DIFFRACTION100
3.0422-3.48220.17081430.15872734X-RAY DIFFRACTION99
3.4822-4.38660.15131430.13822761X-RAY DIFFRACTION99
4.3866-44.37990.16741520.14742868X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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