PDB-5k2r: Crystal structure of lysozyme

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5k2r

タイトル

Crystal structure of lysozyme

要素

Lysozyme C

キーワード

HYDROLASE / lysozyme / nano particle

機能・相同性

機能・相同性情報

Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Ko, S. / Choe, J.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of lysozyme with nano particles
著者: Ko, S. / Choe, J.

履歴

登録	2016年5月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年5月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / refine_hist Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.d_res_low

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5k2r.cif.gz	41 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5k2r.ent.gz	27.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5k2r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5k2r_validation.pdf.gz	419 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5k2r_full_validation.pdf.gz	420.5 KB	表示
XML形式データ	5k2r_validation.xml.gz	9.5 KB	表示
CIF形式データ	5k2r_validation.cif.gz	12.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k2/5k2r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k2/5k2r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5k2sC 5k2k 5k2n 5k2p 5k2q C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5k2k-d 6h79-d 4etb-d 6k8g-d 6ro5-2 5lin-d 1ir9-d 6muz-d 5v4h-d 2ybh-d 6qwy-d 2lyo-d 2ybj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (3) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (4) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (3) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (3) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Lysozyme C

14.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.485, 77.485, 38.080
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Lysozyme C / 1 / 4-beta-N-acetylmuramidase C / Allergen Gal d IV 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: LYZ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.32 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1M Tris-HCl pH 8.5, 1.5M Ammonium Sulfate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト: PAL/PLS

/ ビームライン: 5C (4A) / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月2日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.6→20 Å / Num. obs: 15845 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.3 % / R_merge(I) obs: 0.095 / R_pim(I) all: 0.028 / R_rim(I) all: 0.099 / Χ²: 0.795 / Net I/av σ(I): 28.071 / Net I/σ(I): 5.5 / Num. measured all: 194685

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _ / % possible all: 100

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²
1.6-1.63	11.4	0.642	767	0.922	0.197	0.673	0.499
1.63-1.66	12.4	0.622	784	0.905	0.183	0.649	0.493
1.66-1.69	12.8	0.523	763	0.935	0.152	0.545	0.5
1.69-1.72	12.8	0.498	785	0.942	0.144	0.519	0.495
1.72-1.76	12.7	0.449	772	0.945	0.13	0.468	0.522
1.76-1.8	12.6	0.368	780	0.961	0.107	0.384	0.532
1.8-1.85	12.3	0.333	765	0.968	0.098	0.347	0.558
1.85-1.9	11.9	0.272	779	0.979	0.082	0.284	0.59
1.9-1.95	11.4	0.229	768	0.983	0.07	0.24	0.612
1.95-2.02	12.4	0.192	799	0.989	0.056	0.2	0.661
2.02-2.09	13.1	0.164	776	0.987	0.047	0.171	0.725
2.09-2.17	12.8	0.143	783	0.991	0.041	0.149	0.751
2.17-2.27	12.8	0.122	795	0.995	0.035	0.127	0.793
2.27-2.39	12.5	0.108	793	0.995	0.032	0.112	0.82
2.39-2.54	11.4	0.095	797	0.996	0.029	0.1	0.892
2.54-2.73	13	0.082	786	0.997	0.024	0.086	0.905
2.73-3.01	12.9	0.073	807	0.998	0.021	0.076	0.976
3.01-3.44	12.2	0.061	818	0.998	0.018	0.063	1.144
3.44-4.33	11.5	0.055	831	0.998	0.017	0.057	1.449
4.33-20	11.1	0.064	897	0.997	0.019	0.067	1.906

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0123	精密化
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
HKL-2000		データ削減

精密化

解像度: 1.6→19.371 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.938 / SU B: 1.718 / SU ML: 0.061 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.093 / ESU R Free: 0.097 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2168	783	5 %	RANDOM
R_work	0.1745	-	-	-
obs	0.1766	15021	99.79 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 73.51 Å² / B_iso mean: 20.379 Å² / B_iso min: 10.84 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.6→19.371 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1001	0	0	122	1123
B_iso mean	-	-	-	30.09	-
残基数	-	-	-	-	129

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.019	1025
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	940
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.83	1.903	1389
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.179	3	2140
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.483	5	128
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.739	23	50
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.108	15	166
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.802	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.134	0.2	144
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	1206
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	271
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.555	1.702	514
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.551	1.701	514
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.183	2.555	642

LS精密化シェル

解像度: 1.6→1.641 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.184	50	-
R_work	0.207	1066	-
all	-	1116	-
obs	-	-	98.24 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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