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万見
- PDB-5k1x: Catalytic domain of polyspecific pyrrolysyl-tRNA synthetase mutan... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5k1x
タイトルCatalytic domain of polyspecific pyrrolysyl-tRNA synthetase mutant Y306A/N346A/C348A/Y384F in complex with AMPPNP
要素Pyrrolysine--tRNA ligase
キーワードLIGASE / protein engineering / aminoacyl-tRNA synthetase / noncanonical amino acids
機能・相同性
機能・相同性情報


pyrrolysine-tRNAPyl ligase / pyrrolysyl-tRNA synthetase activity / tRNA aminoacylation for protein translation / tRNA binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Pyrrolysyl-tRNA ligase / Pyrrolysyl-tRNA ligase, N-terminal / Helix hairpin bin / Pyrrolysyl-tRNA ligase, C-terminal / Phenylalanyl-tRNA synthetase / tRNA synthetases class II core domain (F) / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. ...Pyrrolysyl-tRNA ligase / Pyrrolysyl-tRNA ligase, N-terminal / Helix hairpin bin / Pyrrolysyl-tRNA ligase, C-terminal / Phenylalanyl-tRNA synthetase / tRNA synthetases class II core domain (F) / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Helix Hairpins / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Pyrrolysine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Methanosarcina mazei (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Weber, A.
資金援助 米国, ドイツ, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA161156 米国
National Science Foundation (NSF, United States)CHEM-1148684 米国
Welch FoundationA-1715 米国
German Research Foundation (DFG)SU 726/6-1 ドイツ
引用ジャーナル: Chem.Commun.(Camb.) / 年: 2016
タイトル: Genetically encoded fluorophenylalanines enable insights into the recognition of lysine trimethylation by an epigenetic reader.
著者: Lee, Y.J. / Schmidt, M.J. / Tharp, J.M. / Weber, A. / Koenig, A.L. / Zheng, H. / Gao, J. / Waters, M.L. / Summerer, D. / Liu, W.R.
履歴
登録2016年5月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月2日Group: Database references
改定 1.22017年9月27日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyrrolysine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,4207
ポリマ－31,6611
非ポリマー7586
水2,468137
1
A: Pyrrolysine--tRNA ligase
ヘテロ分子

A: Pyrrolysine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,84014
ポリマ－63,3232
非ポリマー1,51712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area8680 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area22900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.017, 44.140, 64.309
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.01, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Pyrrolysine--tRNA ligase / Pyrrolysine--tRNA(Pyl) ligase / Pyrrolysyl-tRNA synthetase / PylRS


分子量: 31661.318 Da / 分子数: 1 / 断片: Catalytic domain (UNP residues 188-454) / 変異: Y306A, N346A, C348A, Y384F / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: C-terminal fragment, residues 188-454 / 由来: (組換発現) Methanosarcina mazei (古細菌) / 遺伝子: pylS, MM_1445 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8PWY1, pyrrolysine-tRNAPyl ligase

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非ポリマー , 6種, 143分子

#2: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER


分子量: 506.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 137 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.5 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1M TrisHCl, 0.2M MgCl2, 18% (w/v) PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→43.18 Å / Num. obs: 19540 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 30.88 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.1095 / Net I/σ(I): 7.45
反射 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.9028 / Mean I/σ(I) obs: 0.67 / % possible all: 63

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2341: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
Cootモデル構築
精密化解像度: 1.95→43.18 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.96
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2269 962 4.93 %
Rwork0.197 --
obs0.1986 19526 93.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→43.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2169 0 45 137 2351
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0052266
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7653054
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.751383
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049331
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004392
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9501-2.05290.37531010.34471900X-RAY DIFFRACTION68
2.0529-2.18160.31791180.28132550X-RAY DIFFRACTION91
2.1816-2.350.28341490.23182775X-RAY DIFFRACTION99
2.35-2.58640.26111350.21132827X-RAY DIFFRACTION100
2.5864-2.96060.23481500.19212810X-RAY DIFFRACTION100
2.9606-3.72980.19171400.17752839X-RAY DIFFRACTION100
3.7298-43.19040.20071690.17172863X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8149-1.4856-1.1021.45851.62422.8142-0.13590.1507-0.32130.2073-0.33430.78150.2696-0.80470.44710.3202-0.00720.05770.5291-0.06820.4372-33.28217.285750.6436
20.5837-0.0893-0.32040.5199-0.33962.3763-0.1956-0.0295-0.15480.12860.0184-0.01530.4189-0.20790.16930.2598-0.0357-0.00280.22820.0090.2752-17.757-2.31943.3631
31.5558-0.2122-0.51741.31310.40991.9079-0.03130.12150.2078-0.17490.05850.0568-0.2936-0.0545-0.01340.2774-0.0207-0.01480.21930.0170.2666-6.818513.610918.6101
41.16830.3943-0.13380.46580.18772.167-0.09280.11190.0348-0.06440.04120.0795-0.0763-0.39620.01580.22380.0161-0.01370.26650.02630.2637-19.46246.449523.1693
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 189 through 215 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 216 through 256 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 257 through 329 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 330 through 456 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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