PDB-5k0p: Crystal structure of the archaeosine synthase QueF-Like in the ap...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5k0p

タイトル

Crystal structure of the archaeosine synthase QueF-Like in the apo form

要素

Archeaosine synthase QueF-Like

キーワード

TRANSFERASE / Amidinotransferase / Tunneling-fold enzyme / P2 structure

機能・相同性

機能・相同性情報

preQ1 synthase activity / 転移酵素; 含窒素の基を移すもの; H₂N-アミノ基を移すもの / queuosine biosynthetic process / tRNA processing / transferase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Pyrobaculum calidifontis (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.94 Å

データ登録者

Mei, X. / Swairjo, M.A.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2017
タイトル: Crystal structure of the archaeosine synthase QueF-like-Insights into amidino transfer and tRNA recognition by the tunnel fold.
著者: Mei, X. / Alvarez, J. / Bon Ramos, A. / Samanta, U. / Iwata-Reuyl, D. / Swairjo, M.A.

履歴

登録	2016年5月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年11月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月13日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2019年7月10日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.3	2019年11月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5k0p.cif.gz	424 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5k0p.ent.gz	349.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5k0p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5k0p_validation.pdf.gz	530 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5k0p_full_validation.pdf.gz	548.3 KB	表示
XML形式データ	5k0p_validation.xml.gz	43.3 KB	表示
CIF形式データ	5k0p_validation.cif.gz	60.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k0/5k0p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k0/5k0p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5jyxSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3h43-d 5jyx-1 1vpb-1 4afg-d 5suh-1 5lsr-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (1) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Archeaosine synthase QueF-Like

B: Archeaosine synthase QueF-Like

C: Archeaosine synthase QueF-Like

D: Archeaosine synthase QueF-Like

E: Archeaosine synthase QueF-Like

F: Archeaosine synthase QueF-Like

G: Archeaosine synthase QueF-Like

H: Archeaosine synthase QueF-Like

I: Archeaosine synthase QueF-Like

J: Archeaosine synthase QueF-Like

ヘテロ分子

122 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.210, 124.995, 74.404
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 112.270, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Archeaosine synthase QueF-Like 分子量: 12071.085 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pyrobaculum calidifontis (strain JCM 11548 / VA1) (古細菌) 株: JCM 11548 / VA1 / 遺伝子: Pcal_0221 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A3MSP1
#2: 化合物	ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン分子量: 58.082 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#3: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#4: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 436 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.54 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 17-19% PEG3350, 0.15 M potassium thiocyanate, and 0.05% sodium azide.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.97607 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月22日
放射	プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97607 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.94→69 Å / Num. obs: 77458 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.4 % / R_merge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 8.1
反射シェル	解像度: 1.94→1.98 Å / 冗長度: 7.3 % / R_merge(I) obs: 0.685 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 4850 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0107	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5JYX

5jyx

解像度: 1.94→69 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / SU B: 10.946 / SU ML: 0.135 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.16 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2385	3886	5 %	RANDOM
R_work	0.1546	-	-	-
obs	0.1589	73364	99 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 155.23 Å² / B_iso mean: 35.243 Å² / B_iso min: 15.42 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.37 Å²	-0 Å²	-0.31 Å²
2-	-	0.47 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.86 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.94→69 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7811	0	73	436	8320
B_iso mean	-	-	66.16	38.35	-
残基数	-	-	-	-	1008

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.021	0.019	8168
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	8167
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.247	2.008	11045
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.105	3.001	18950
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.568	5	1035
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.899	23.856	306
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.921	15	1491
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.548	15	53
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.126	0.2	1300
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	8807
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1538
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.253	2.441	4088
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.131	2.427	4077
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.748	3.611	5096
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	5.447	3	16335
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	27.436	5	162
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	11.835	5	16457

LS精密化シェル

解像度: 1.937→1.987 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.313	258	-
R_work	0.216	4850	-
all	-	5108	-
obs	-	-	89.33 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1475	-0.8691	-0.5955	1.5876	0.6783	0.9503	-0.0363	0.068	-0.0175	-0.0072	-0.095	0.1535	0.1016	-0.1138	0.1313	0.0417	-0.0223	-0.0101	0.0203	-0.0055	0.0596	-10.758	-30.105	-12.06
2	1.8054	0.3103	-0.4192	0.7429	-0.1685	0.713	-0.0501	-0.0694	0.0018	0.1253	-0.0527	-0.0839	0.0933	0.0669	0.1028	0.0659	-0.0022	-0.0161	0.0105	0.0083	0.0592	15.934	-30.388	-1.644
3	1.2618	-0.7134	0.2693	1.5649	-0.0449	0.3649	0.0397	0.0314	0.0255	0.2084	-0.0676	-0.0613	-0.0301	0.0288	0.0278	0.0907	-0.0127	-0.034	0.0063	-0.0004	0.0393	13.627	-6.652	9.395
4	1.1467	-0.5948	0.3333	0.9347	-0.2414	0.7013	0.0019	0.0321	-0.0186	0.1851	0.0113	0.1241	0.0101	-0.0331	-0.0132	0.075	-0.0034	0.0287	0.0102	0.0108	0.0763	-13.497	-8.069	1.453
5	2.7577	0.4789	-0.7527	0.9355	0.0116	0.7324	-0.1945	0.2157	0.0178	-0.2336	0.1326	0.0318	0.0254	-0.0844	0.0619	0.1064	-0.0522	-0.0197	0.0366	0.0071	0.0224	-2.302	-23.897	-36.371
6	1.0724	0.7848	0.5663	1.2858	0.3478	0.8102	0.0161	-0.1125	0.0536	-0.2649	0.0256	0.0739	-0.0567	-0.1241	-0.0417	0.1484	-0.0451	-0.0265	0.0394	0.0192	0.0409	0.244	2.326	-37.359
7	0.8708	-0.377	0.9927	1.1931	-0.129	1.7869	-0.0273	0.0891	0.0897	0.0533	0.0859	-0.0286	-0.1651	0.1402	-0.0586	0.0602	-0.0169	0.0104	0.0426	0.0388	0.1024	20.662	11.846	-7.762
8	1.0282	-0.0587	-0.5593	0.4785	0.4831	2.6005	0.1001	0.2092	0.1091	0.0529	-0.0137	-0.0039	-0.2121	-0.3491	-0.0864	0.0509	0.046	0.0067	0.0719	0.0287	0.0535	-6.622	12.362	-13.986
9	1.7968	0.56	0.3829	1.0578	0.3154	0.2035	-0.0417	0.0331	-0.0331	-0.0808	-0.0253	-0.1037	0.0247	0.0446	0.067	0.0659	0.0316	0.045	0.0395	0.0522	0.1332	24.329	-26.771	-26.482
10	1.3221	0.4484	0.4913	0.8941	0.7224	1.8789	-0.07	-0.0681	-0.0878	-0.2205	0.1173	-0.0358	-0.1634	0.2287	-0.0473	0.0665	-0.0474	-0.0134	0.07	0.0295	0.0424	27.204	-1.14	-30.456

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	6 - 108
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	6 - 105
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	6 - 105
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	6 - 106
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	6 - 105
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	6 - 106
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	6 - 106
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	6 - 104
9	X-RAY DIFFRACTION	9	I	6 - 107
10	X-RAY DIFFRACTION	10	J	6 - 105

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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