+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5k0n | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal Structure of COMT in complex with 4-[5-[1-(4-methoxyphenyl)cyclopropyl]-1H-pyrazol-3-yl]-1,3-dimethylpyrazole | ||||||
![]() | Catechol O-methyltransferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / METHYLTRANSFERASE / NEUROTRANSMITTER DEGRADATION / CATECHOL | ||||||
機能・相同性 | ![]() Enzymatic degradation of dopamine by COMT / Enzymatic degradation of Dopamine by monoamine oxidase / positive regulation of homocysteine metabolic process / Methylation / norepinephrine secretion / response to dopamine / mastication / catechol-containing compound metabolic process / catecholamine catabolic process / catechol O-methyltransferase activity ...Enzymatic degradation of dopamine by COMT / Enzymatic degradation of Dopamine by monoamine oxidase / positive regulation of homocysteine metabolic process / Methylation / norepinephrine secretion / response to dopamine / mastication / catechol-containing compound metabolic process / catecholamine catabolic process / catechol O-methyltransferase activity / renal sodium excretion / S-adenosylhomocysteine metabolic process / catechol O-methyltransferase / renal filtration / developmental process / renin secretion into blood stream / dopamine secretion / negative regulation of dopamine metabolic process / renal albumin absorption / catecholamine metabolic process / habituation / artery development / response to salt / short-term memory / S-adenosylmethionine metabolic process / cerebellar cortex morphogenesis / cellular response to phosphate starvation / norepinephrine metabolic process / dopamine catabolic process / glomerulus development / fear response / synaptic transmission, dopaminergic / response to angiotensin / cellular response to cocaine / estrogen metabolic process / exploration behavior / response to food / cholesterol efflux / response to temperature stimulus / response to corticosterone / prostaglandin metabolic process / response to pain / glycogen metabolic process / dopamine metabolic process / startle response / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain / : / behavioral fear response / multicellular organismal response to stress / response to amphetamine / : / learning / kidney development / response to cytokine / female pregnancy / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / visual learning / multicellular organism growth / response to organic cyclic compound / response to toxic substance / memory / cognition / regulation of blood pressure / response to wounding / response to estrogen / gene expression / cell body / postsynaptic membrane / methylation / vesicle / response to oxidative stress / postsynapse / response to lipopolysaccharide / dendritic spine / learning or memory / response to hypoxia / response to xenobiotic stimulus / axon / glutamatergic synapse / dendrite / magnesium ion binding / membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ehler, A. / Rodriguez-Sarmiento, R.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Design of Potent and Druglike Nonphenolic Inhibitors for Catechol O-Methyltransferase Derived from a Fragment Screening Approach Targeting the S-Adenosyl-l-methionine Pocket. 著者: Lerner, C. / Jakob-Roetne, R. / Buettelmann, B. / Ehler, A. / Rudolph, M. / Rodriguez Sarmiento, R.M. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 204.1 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 160.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
3 | ![]()
| ||||||||
4 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 24563.137 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
---|
-非ポリマー , 6種, 637分子 ![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/NHE.gif)
![](data/chem/img/6P0.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/NHE.gif)
![](data/chem/img/6P0.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-MG / #4: 化合物 | ChemComp-NHE / #5: 化合物 | ChemComp-6P0 / #6: 化合物 | ChemComp-K / #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.76 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.1 M TRIS-HCL pH 7, 1.8 M ammonium sulfate, 0.2 M NaCl |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年4月4日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.00003 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.99→47.19 Å / Num. obs: 75495 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 35.606 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 8.61 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
|
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 解像度: 1.99→45.418 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.78
| ||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 89.36 Å2 / Biso mean: 31.0817 Å2 / Biso min: 15.38 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.99→45.418 Å
|