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- PDB-5k00: MELK in complex with NVS-MELK5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5k00
タイトルMELK in complex with NVS-MELK5
要素Maternal embryonic leucine zipper kinase
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / kinase UBA typeII inhibitor / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


neural precursor cell proliferation / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / hemopoiesis / non-specific protein-tyrosine kinase / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / G2/M transition of mitotic cell cycle / cell cortex / cell population proliferation / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase ...neural precursor cell proliferation / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / hemopoiesis / non-specific protein-tyrosine kinase / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / G2/M transition of mitotic cell cycle / cell cortex / cell population proliferation / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / positive regulation of apoptotic process / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / lipid binding / calcium ion binding / apoptotic process / ATP binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Maternal embryonic leucine zipper kinase, catalytic domain / : / Maternal embryonic leucine zipper kinase, UBA domain / Kinase associated domain 1 (KA1) / Kinase associated domain 1 / Kinase associated domain 1 (KA1) profile. / KA1 domain/Ssp2, C-terminal / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain ...Maternal embryonic leucine zipper kinase, catalytic domain / : / Maternal embryonic leucine zipper kinase, UBA domain / Kinase associated domain 1 (KA1) / Kinase associated domain 1 / Kinase associated domain 1 (KA1) profile. / KA1 domain/Ssp2, C-terminal / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6PV / Maternal embryonic leucine zipper kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.77 Å
データ登録者Sprague, E.R.
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2017
タイトル: "Addition" and "Subtraction": Selectivity Design for Type II Maternal Embryonic Leucine Zipper Kinase Inhibitors.
著者: Chen, X. / Giraldes, J. / Sprague, E.R. / Shakya, S. / Chen, Z. / Wang, Y. / Joud, C. / Mathieu, S. / Chen, C.H. / Straub, C. / Duca, J. / Hurov, K. / Yuan, Y. / Shao, W. / Toure, B.B.
履歴
登録2016年5月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年3月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月8日Group: Database references
改定 1.22017年3月15日Group: Database references
改定 1.32017年3月22日Group: Database references
改定 1.42024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Maternal embryonic leucine zipper kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5262
ポリマ－38,9591
非ポリマー5671
水4,234235
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area14890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.471, 67.403, 104.625
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Maternal embryonic leucine zipper kinase / hMELK / Protein kinase Eg3 / pEg3 kinase / Protein kinase PK38 / hPK38 / Tyrosine-protein kinase MELK


分子量: 38959.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MELK, KIAA0175 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)
参照: UniProt: Q14680, non-specific serine/threonine protein kinase, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-6PV / 4-{2-[(3-methoxyphenyl)amino]-4-[(piperidin-4-yl)methoxy]pyrimidin-5-yl}-N-[2-oxo-2-(phenylamino)ethyl]benzamide


分子量: 566.650 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H34N6O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 235 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.71 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 100mM Hepes pH 7.6, 0.2M NaCl, 13.3% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年7月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.768→67.403 Å / Num. all: 40469 / Num. obs: 40469 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 31.36 Å2 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.047 / Rsym value: 0.042 / Net I/av σ(I): 9.976 / Net I/σ(I): 20.8 / Num. measured all: 214197
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.77-1.864.70.5041.5199.9
1.86-1.985.60.2912.71100
1.98-2.115.40.1624.8199.9
2.11-2.285.60.1037.51100
2.28-2.55.40.07110.3199.9
2.5-2.85.40.05313.41100
2.8-3.235.30.03915.8199.8
3.23-3.955.30.03119.5199.8
3.95-5.595.10.02820.6199.7
5.59-67.4034.80.02718.6199.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
SCALA3.3.20データスケーリング
BUSTER-TNT精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
精密化解像度: 1.77→17.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9548 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9458 / SU R Cruickshank DPI: 0.096 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.101 / SU Rfree Blow DPI: 0.094 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.092
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1955 2015 5.01 %RANDOM
Rwork0.1742 ---
obs0.1753 40242 99.84 %-
原子変位パラメータBiso max: 121.26 Å2 / Biso mean: 38.41 Å2 / Biso min: 19.49 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--10.3551 Å20 Å20 Å2
2--7.5448 Å20 Å2
3---2.8103 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.214 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.77→17.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2537 0 42 235 2814
Biso mean--31.75 48.9 -
残基数----311
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d946SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes64HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes377HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2672HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion332SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3296SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2672HARMONIC20.009
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg3619HARMONIC20.97
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.16
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.5
LS精密化 シェル解像度: 1.77→1.82 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2499 161 5.53 %
Rwork0.2086 2752 -
all0.2108 2913 -
obs--99.79 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -3.3551 Å / Origin y: -3.1028 Å / Origin z: 10.6063 Å
111213212223313233
T-0.0402 Å2-0.0164 Å20.0075 Å2--0.1133 Å2-0.0034 Å2---0.081 Å2
L0.9474 °2-0.1699 °20.458 °2-0.9336 °2-0.3361 °2--1.4369 °2
S-0.0125 Å °0.0369 Å °0.0238 Å °-0.0257 Å °-0.0108 Å °0.0416 Å °-0.0337 Å °-0.0363 Å °0.0232 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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