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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5jz7 | ||||||
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タイトル | NGF IN COMPLEX WITH MEDI578 scFv | ||||||
要素 |
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キーワード | SIGNALING PROTEIN / Antibody (抗体) / complex / epitope (エピトープ) / NGF | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 NFG and proNGF binds to p75NTR / Ceramide signalling / nerve growth factor receptor binding / NGF processing / TRKA activation by NGF / PLC-gamma1 signalling / Signalling to STAT3 / p75NTR negatively regulates cell cycle via SC1 / metalloendopeptidase inhibitor activity / nerve growth factor signaling pathway ...NFG and proNGF binds to p75NTR / Ceramide signalling / nerve growth factor receptor binding / NGF processing / TRKA activation by NGF / PLC-gamma1 signalling / Signalling to STAT3 / p75NTR negatively regulates cell cycle via SC1 / metalloendopeptidase inhibitor activity / nerve growth factor signaling pathway / nerve development / Retrograde neurotrophin signalling / Axonal growth stimulation / positive regulation of collateral sprouting / NADE modulates death signalling / Signalling to p38 via RIT and RIN / peripheral nervous system development / ARMS-mediated activation / positive regulation of Ras protein signal transduction / PI3K/AKT activation / regulation of neuron differentiation / Frs2-mediated activation / NRAGE signals death through JNK / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / Signalling to RAS / positive regulation of DNA binding / p75NTR recruits signalling complexes / positive regulation of neuron differentiation / NF-kB is activated and signals survival / NRIF signals cell death from the nucleus / neuron projection morphogenesis / endosome lumen / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / growth factor activity / modulation of chemical synaptic transmission / 記憶 / Golgi lumen / シナプス小胞 / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / negative regulation of neuron apoptotic process / negative regulation of cell population proliferation / 神経繊維 / lipid binding / 樹状突起 / positive regulation of gene expression / extracellular space / extracellular region / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å | ||||||
データ登録者 | Olsson, L.-L. / Aagaard, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016 タイトル: Engineering the surface properties of a human monoclonal antibody prevents self-association and rapid clearance in vivo. 著者: Dobson, C.L. / Devine, P.W. / Phillips, J.J. / Higazi, D.R. / Lloyd, C. / Popovic, B. / Arnold, J. / Buchanan, A. / Lewis, A. / Goodman, J. / van der Walle, C.F. / Thornton, P. / Vinall, L. / ...著者: Dobson, C.L. / Devine, P.W. / Phillips, J.J. / Higazi, D.R. / Lloyd, C. / Popovic, B. / Arnold, J. / Buchanan, A. / Lewis, A. / Goodman, J. / van der Walle, C.F. / Thornton, P. / Vinall, L. / Lowne, D. / Aagaard, A. / Olsson, L.L. / Ridderstad Wollberg, A. / Welsh, F. / Karamanos, T.K. / Pashley, C.L. / Iadanza, M.G. / Ranson, N.A. / Ashcroft, A.E. / Kippen, A.D. / Vaughan, T.J. / Radford, S.E. / Lowe, D.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5jz7.cif.gz | 265 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5jz7.ent.gz | 216.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5jz7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jz/5jz7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jz/5jz7 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12421.160 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NGF, NGFB / プラスミド: PET30a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P01138 #2: 抗体 | 分子量: 13970.527 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) #3: 抗体 | 分子量: 12695.915 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.2 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 18 % PEG 8000, 150 mM NaCl, 100 mM MES pH 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.873 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.4→47.02 Å / Num. obs: 24799 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 39.87 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.37 / Net I/σ(I): 5.3 |
反射 シェル | 解像度: 3.4→3.49 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 1.1 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 99.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1BTG, 1AQK 解像度: 3.4→47.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.823 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8069 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.57
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原子変位パラメータ | Biso mean: 56.88 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.804 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.4→47.02 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.4→3.55 Å / Total num. of bins used: 12
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